[日本語] English
万見
- PDB-4htm: Mechanism of CREB Recognition and Coactivation by the CREB Regula... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4htm
タイトルMechanism of CREB Recognition and Coactivation by the CREB Regulated Transcriptional Coactivator CRTC2
要素CREB-regulated transcription coactivator 2
キーワードPROTEIN BINDING / alpha-helix / CREB binding / CREB
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / positive regulation of CREB transcription factor activity / cAMP response element binding protein binding / viral process / gluconeogenesis / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Circadian Clock / glucose homeostasis / protein homotetramerization ...: / : / positive regulation of CREB transcription factor activity / cAMP response element binding protein binding / viral process / gluconeogenesis / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Circadian Clock / glucose homeostasis / protein homotetramerization / chromatin binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transducer of regulated CREB activity, N-terminal / Transducer of regulated CREB activity, middle domain / Transducer of regulated CREB activity, C-terminal / CREB-regulated transcription coactivator / Transducer of regulated CREB activity, N terminus / Transducer of regulated CREB activity middle domain / Transducer of regulated CREB activity, C terminus
類似検索 - ドメイン・相同性
CREB-regulated transcription coactivator 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Luo, Q. / Viste, K. / Urday-Zaa, J.C. / Kumar, G.S. / Tsai, W.-W. / Talai, A. / Mayo, K. / Montminy, M. / Radhakrishnan, I.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Protein kinase N1, a cell inhibitor of Akt kinase, has a central role in quality control of germinal center formation
著者: Luo, Q. / Viste, K. / Urday-Zaa, J.C. / Kumar, G.S. / Tsai, W.-W. / Talai, A. / Mayo, K. / Montminy, M. / Radhakrishnan, I.
履歴
登録2012年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CREB-regulated transcription coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,1494
ポリマ－3,9521
非ポリマー1963
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: CREB-regulated transcription coactivator 2
ヘテロ分子

A: CREB-regulated transcription coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2978
ポリマ－7,9052
非ポリマー3926
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area1340 Å2
ΔGint-241 kcal/mol
Surface area5370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)21.481, 57.631, 23.065
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.58, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド CREB-regulated transcription coactivator 2 / Transducer of regulated cAMP response element-binding protein 2 / TORC-2 / Transducer of CREB protein 2


分子量: 3952.445 Da / 分子数: 1 / 断片: CRTC2 CREB binding domain: unp residues 18-50 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q53ET0
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.68 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100 mM MES, 150 mM zinc acetate, 3 M NaCl and 12% ethanol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 76 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→15 Å / Num. all: 19070 / Num. obs: 2595 / % possible obs: 99.4 % / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 22.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 7.4 % / Mean I/σ(I) obs: 14.9 / Rsym value: 0.134 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→14.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.903 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.84 / SU B: 9.913 / SU ML: 0.165 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.293 / ESU R Free: 0.22 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28438 81 4.3 %RANDOM
Rwork0.24791 ---
obs0.24934 1817 98.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.317 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å20.03 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→14.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数231 0 3 27 261
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.019232
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.7071.959306
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.137527
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg22.9425.38513
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.8911552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg1.685152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0440.233
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0010.02168
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 9 -
Rwork0.329 125 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
119.772-3.62811.815529.17280.5570.986-0.29690.351.0205-0.1294-0.05810.60110.1560.46060.35510.06650.09040.0310.24240.13630.13483.344971.37427.0237
216.79555.2068-2.801427.67035.21928.55570.15950.1058-0.576-0.2520.0522-0.8110.4250.0983-0.21180.07640.00890.00630.0535-0.01850.05093.054661.81555.3083
30.7008-3.26991.192518.4021-1.03688.55470.00320.02480.0925-0.1432-0.007-0.5166-0.16370.18220.00390.034-0.00310.01930.05310.05320.09363.411951.60496.1766
419.21549.31046.36339.879.628116.5434-0.20760.7275-0.863-0.36520.1493-0.01080.03970.2480.05830.05070.023-0.01010.0475-0.04770.09223.031240.14384.928
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 11
2X-RAY DIFFRACTION2A12 - 16
3X-RAY DIFFRACTION3A17 - 25
4X-RAY DIFFRACTION4A26 - 31

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る