PDB-4htj: Crystallographic structure of the membrane-proximal ectodomain of...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4htj

タイトル

Crystallographic structure of the membrane-proximal ectodomain of the human receptor-type protein-tyrosine phosphatase phogrin at pH 4.6

要素

Receptor-type tyrosine-protein phosphatase N2

キーワード

HYDROLASE / phogrin / IA-2beta / protein-tyrosine phosphatase / transmembrane protein / diabetes / autoimmunity / Glycoprotein / Receptor / ferredoxin-like fold

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of secretion / transmembrane receptor protein tyrosine phosphatase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / neurotransmitter secretion / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / ficolin-1-rich granule membrane / protein dephosphorylation / protein-tyrosine-phosphatase / secretory granule membrane / secretory granule ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.011 Å

データ登録者

Noguera, M.E. / Jakoncic, J. / Poskus, E. / Ermacora, M.R.

引用

ジャーナル: J.Struct.Funct.Genom. / 年: 2015
タイトル: X-ray structure of the mature ectodomain of phogrin.
著者: Noguera, M.E. / Primo, M.E. / Jakoncic, J. / Poskus, E. / Solimena, M. / Ermacora, M.R.

履歴

登録	2012年11月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年11月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年12月19日	Group: Database references
改定 1.2	2013年3月20日	Group: Database references
改定 1.3	2013年7月24日	Group: Database references
改定 1.4	2015年3月18日	Group: Database references
改定 1.5	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.6	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4htj.cif.gz	50.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4htj.ent.gz	36.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4htj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/4htj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/4htj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4htiC 2qt7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1rrb-d 2k0d-d 2kc1-d 2y1r-13 3jtp-2 3nis-2 4hti-d 2bf3-2 3b7h-d 3jtp-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (12) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (5) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase N2

10.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.742, 54.742, 149.147
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-624- HOH
2	1	A-626- HOH

#1: タンパク質	Receptor-type tyrosine-protein phosphatase N2 / R-PTP-N2 / Islet cell autoantigen-related protein / IAR / ICAAR / Phogrin 分子量: 10826.067 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 502 - 599 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPRN2, KIAA0387 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92932, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Receptor-type tyrosine-protein phosphatase N2 / R-PTP-N2 / Islet cell autoantigen-related protein / IAR / ICAAR / Phogrin

分子量: 10826.067 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 502 - 599 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPRN2, KIAA0387 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92932, protein-tyrosine-phosphatase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.72 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 25 % w/v Polyethylene glycol 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X6A / 波長: 0.9184 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月16日 / 詳細: TOROIDAL FOCUSING MIRROR

放射

モノクロメーター: SI(111) CHANNEL CUT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9184 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→20 Å / Num. all: 9208 / Num. obs: 9208 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12.5 % / R_merge(I) obs: 0.063 / Χ²: 1.515 / Net I/σ(I): 13.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2-2.03	9.7	0.791	292	1.51	1	61.9
2.03-2.07	11.5	0.704	454	1.508	1	99.1
2.07-2.11	11.8	0.62	477	1.549	1	99.6
2.11-2.15	11.8	0.451	457	1.561	1	99.6
2.15-2.2	12	0.376	462	1.616	1	99.1
2.2-2.25	12.1	0.381	452	1.626	1	99.6
2.25-2.31	12.1	0.265	470	1.593	1	99.2
2.31-2.37	12.4	0.272	475	1.686	1	99.2
2.37-2.44	12.5	0.203	455	1.675	1	99.3
2.44-2.52	12.5	0.157	470	1.644	1	99.4
2.52-2.61	13	0.149	476	1.667	1	98.8
2.61-2.71	13.1	0.122	460	1.629	1	98.3
2.71-2.84	13.1	0.097	469	1.584	1	98.7
2.84-2.99	13.3	0.077	475	1.562	1	98.1
2.99-3.17	13.7	0.062	479	1.552	1	98.2
3.17-3.42	13.7	0.049	477	1.394	1	97.3
3.42-3.76	13.7	0.043	469	1.274	1	96.7
3.76-4.3	13.3	0.04	485	1.235	1	95.1
4.3-5.39	12.8	0.038	478	1.161	1	92.1
5.39-20	11.4	0.042	476	1.332	1	81.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2QT7

2qt7

解像度: 2.011→18.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2377	440	4.8 %	RANDOM
R_work	0.2025	-	-	-
obs	0.204	9206	97.46 %	-
all	-	9208	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 105.18 Å² / B_iso mean: 46.7844 Å² / B_iso min: 29.22 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.23 Å²	-0.11 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.23 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.011→18.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	676	0	0	34	710

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.019	692
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2	1.989	939
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.144	5	90
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.522	25.161	31
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.13	15	125
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.078	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.125	0.2	114
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	516

LS精密化シェル

解像度: 2.011→2.062 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.273	27	-
R_work	0.277	621	-
all	-	648	-
obs	-	-	98.48 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	14.223	4.0901	2.6733	1.19	0.4624	7.9534	0.0485	-0.0824	-0.6005	0.0042	-0.0473	-0.1747	0.5122	0.1201	-0.0011	0.4371	-0.0029	0.007	0.3892	0.0264	0.1145	-9.508	-25.854	-6.155
2	8.9144	-2.6287	1.4619	6.5098	-3.7864	17.3176	-0.2579	0.0298	0.6378	0.0846	-0.46	-0.1423	-0.9464	0.2796	0.718	0.4298	-0.0127	-0.0665	0.3351	0.0317	0.1558	-13.496	-13.208	-12.091
3	50.4701	4.1808	10.4355	0.9079	5.839	46.2507	-0.6931	2.1697	2.0061	-0.2873	0.3209	0.1641	-2.2493	1.6291	0.3722	0.5086	-0.071	-0.0723	0.3889	0.1629	0.2031	-5.259	-12.644	-12.319
4	8.1456	-1.088	-0.7751	5.4407	7.3987	31.2516	0.0116	0.2073	0.3611	0.1911	0.4013	-0.5282	0.1001	1.6727	-0.413	0.3919	0.0345	-0.1152	0.4454	-0.0511	0.2105	-2.75	-14.687	-3.438
5	23.5626	-18.9636	17.2355	16.4248	-10.058	29.2804	-0.266	-0.613	-0.0175	0.0323	0.2092	0.2976	-0.1704	-0.63	0.0568	0.4451	0.0328	-0.1658	0.4596	-0.1199	0.3073	-2.021	-17.924	6.14
6	32.7426	-2.5232	14.6338	17.2444	14.3284	20.555	-0.0975	0.0788	0.6886	-0.2773	0.158	-0.4716	-0.3062	0.1596	-0.0605	0.3701	-0.0225	-0.0277	0.387	0.0355	0.1244	3.004	-22.163	-0.435
7	29.7294	-5.7604	19.0886	8.1348	-3.5642	20.8417	0.7332	0.8908	-1.3671	-0.0228	0.0999	0.0391	0.5503	1.0641	-0.8332	0.3089	0.0145	-0.0027	0.3775	0.0031	0.0878	-4.017	-22.368	-11.967
8	24.9139	-7.2275	14.4844	2.3595	-3.3083	11.5508	0.4666	-0.0541	-0.3068	-0.0683	0	0.0245	0.3997	-0.1371	-0.4667	0.3786	-0.0117	-0.0347	0.3577	-0.0026	0.1177	-5.732	-24.012	-6.807
9	14.8247	-5.1087	-0.8447	12.3141	5.0128	16.8799	-0.1375	-0.4131	-1.047	0.3915	0.3698	0.5505	0.3822	-0.1486	-0.2324	0.3292	0.0035	-0.0141	0.322	0.0863	0.1094	1.607	-28.239	6.586
10	49.1328	3.8994	27.3409	1.2653	-3.476	48.6773	0.3238	0.1491	-2.6538	-0.3829	0.3497	-0.3583	2.5441	-1.6981	-0.6734	0.5842	-0.1733	0.0788	0.5915	-0.1075	0.338	-8.35	-27.675	2.946
11	15.8226	-1.4835	1.9357	23.7088	18.3835	14.8799	-0.2471	-1.3882	-0.8242	1.2787	0.1968	0.2425	0.8849	-0.2065	0.0503	0.5698	0.147	0.0036	0.8466	0.0145	0.1335	-12.543	-21.228	5.996
12	23.2142	-1.7987	7.4155	16.0959	-5.3239	28.9032	-0.7194	-2.3663	0.8739	1.3137	0.3285	0.1923	-0.9327	-1.119	0.3908	0.4012	0.1542	-0.0421	0.542	-0.1848	0.0779	-13.457	-11.935	3.372
13	23.028	-2.3793	8.2708	16.8209	5.8326	9.0275	-0.6155	-0.8259	1.0678	0.1323	-0.0224	-0.0364	-0.8497	-0.5997	0.638	0.6152	0.0533	-0.115	0.3789	-0.0978	0.1186	-12.975	-11.361	-2.686
14	3.7411	-6.1515	-0.1926	17.657	0.6928	5.3084	0.0878	0.3394	-0.1033	0.505	-0.3977	-0.0272	0.6024	0.0377	0.3099	0.3875	-0.0055	0.03	0.397	-0.0167	0.0863	-13.094	-29.249	-6.583

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	510 - 515
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	516 - 520
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	521 - 525
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	526 - 532
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	533 - 539
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	540 - 545
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	546 - 551
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	552 - 558
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	559 - 566
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	567 - 571
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	572 - 577
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	578 - 583
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	584 - 589
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	590 - 598

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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