PDB-4hte: Crystal Structure of the C-terminal domain of Nicking Enzyme from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hte

タイトル

Crystal Structure of the C-terminal domain of Nicking Enzyme from Staphylococcus aureus

要素

Nicking enzyme

キーワード

HYDROLASE / vancomycin resistance plasmid / DNA relaxase / conjugative transfer / NES Cterminal domain / alpha-helical

機能・相同性

機能・相同性情報

:
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Betts, L.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Molecular basis of antibiotic multiresistance transfer in Staphylococcus aureus.
著者: Edwards, J.S. / Betts, L. / Frazier, M.L. / Pollet, R.M. / Kwong, S.M. / Walton, W.G. / Ballentine, W.K. / Huang, J.J. / Habibi, S. / Del Campo, M. / Meier, J.L. / Dervan, P.B. / Firth, N. / Redinbo, M.R.

履歴

登録	2012年11月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年1月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年2月13日	Group: Database references
改定 1.2	2013年3月6日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2018年4月4日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hte.cif.gz	194.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hte.ent.gz	168.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hte.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4hte_validation.pdf.gz	427.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4hte_full_validation.pdf.gz	431.4 KB	表示
XML形式データ	4hte_validation.xml.gz	13.8 KB	表示
CIF形式データ	4hte_validation.cif.gz	17.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/4hte ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ht/4hte	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ht4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qkd-3 1v4p-d 5m3v-d 6bwh-d 4qik-2 4biy-2 4bj6-1 4ko6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nicking enzyme

ヘテロ分子

42.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.284, 75.284, 179.849
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

詳細

biological unit is the same as asym.

#1: タンパク質	Nicking enzyme / OriT nickase / OriT nickase Nes / OriT relaxase Nes 分子量: 42173.566 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 254-593 / 変異: E404A, K4045, E406A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: nes, NES from pLW1043, PGO1_p08, SAP014A_018, SAP015D_002, SAP068A_007, SAP069A_033, SAP079A_020, SAP080A_038, SAP082A_025, VRA0057 プラスミド: pCPD-lasso / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 AI / 参照: UniProt: O87361
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#1: タンパク質

Nicking enzyme / OriT nickase / OriT nickase Nes / OriT relaxase Nes

分子量: 42173.566 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 254-593 / 変異: E404A, K4045, E406A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: nes, NES from pLW1043, PGO1_p08, SAP014A_018, SAP015D_002, SAP068A_007, SAP069A_033, SAP079A_020, SAP080A_038, SAP082A_025, VRA0057
プラスミド: pCPD-lasso / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 AI / 参照: UniProt: O87361

#2: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.86 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 12-16% PEG 6000, 0.1 M Tris-HCl pH 8.0, 0.5 M LiCl, 12.5% glycerol, and 5% PEG-400, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97935,0.97954, 0.94936

検出器

検出器: CCD / 日付: 2011年8月1日

放射

プロトコル: MULTIPLE WAVELENGTH ANOMALOUS SCATTERING / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97935	1
2	0.97954	1
3	0.94936	1

反射

解像度: 3→100 Å / Num. obs: 11051 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.4 % / R_merge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 8.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
3-3.05	9.7	0.77	2.8	1	100
3.05-3.11	9.7	0.595	4.06	1	100
3.11-3.17	9.6	0.527	4.06	1	100
3.17-3.23	9.7	0.466	4.9	1	100
3.23-3.3	9.6	0.364		1	100
3.3-3.38	9.6	0.284		1	100
3.38-3.46	9.6	0.217		1	100
3.46-3.56	9.6	0.199		1	100
3.56-3.66	9.7	0.151		1	100
3.66-3.78	9.5	0.134		1	100
3.78-3.91	9.5	0.107		1	100
3.91-4.07	9.6	0.089		1	100
4.07-4.26	9.5	0.082		1	100
4.26-4.48	9.4	0.072		1	100
4.48-4.76	9.4	0.066		1	100
4.76-5.13	9.3	0.067		1	100
5.13-5.65	9.3	0.067		1	100
5.65-6.46	9.1	0.064		1	100
6.46-8.14	8.9	0.05		1	99.3
8.14-100	8.1	0.036	70	1	95.3

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
PHENIX	1.7.3_928	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 3→45.809 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.56 / SU ML: 0.41 / σ(F): 0.79 / 位相誤差: 29.2 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2916	1097	10.01 %
R_work	0.2674	-	-
obs	0.2699	10958	99.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 18.338 Å² / k_sol: 0.298 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.8312 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.8312 Å²	-0 Å²
3-	-	-	3.6623 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→45.809 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2675	0	1	0	2676

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2717
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.553	3688
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.263	977
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	410
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.001	491

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.0001-3.1366	0.4302	134	0.3684	1210	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1366-3.3019	0.4064	132	0.3327	1188	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3019-3.5087	0.3093	135	0.2975	1205	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5087-3.7795	0.3105	135	0.2721	1223	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7795-4.1596	0.2456	135	0.2418	1210	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1596-4.761	0.2358	137	0.2217	1239	X-RAY DIFFRACTION	100
4.761-5.9962	0.3181	139	0.2892	1251	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9962-45.8142	0.2547	150	0.2373	1335	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1466	0.9526	0.0562	2.4054	-0.651	1.6034	0.0754	-1.0759	0.2304	0.5547	-0.1568	0.1308	0.4763	-0.1402	0.1541	1.3643	-0.1389	0.2309	0.1981	0.044	0.4449	52.5715	9.8758	169.6853
2	2.7167	-1.6422	-0.8524	2.8324	0.8951	2.6023	0.0827	-0.2619	-0.1046	0.4867	-0.0131	0.0339	-0.2494	0.9393	0.0204	0.8126	-0.0611	0.1099	0.2347	-0.0125	0.3598	68.3403	30.3374	163.4201
3	5.2117	1.19	1.8731	2.6152	0.918	4.6648	0.0806	-0.1306	0.1881	-0.0043	0.1747	-0.309	-0.9039	0.3779	-0.1383	0.5526	-0.0962	0.1316	0.6873	0.003	0.3858	80.9071	26.1326	137.802

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and ((resseq 254:389))
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and ((resseq 395:514))
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and ((resseq 516:593))

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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