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- PDB-4hsr: Crystal Structure of a class III engineered cephalosporin acylase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hsr
タイトルCrystal Structure of a class III engineered cephalosporin acylase
要素
  • glutaryl-7-aminocephalosporanic acid acylase alpha chain
  • glutaryl-7-aminocephalosporanic acid acylase beta chain
キーワードHYDROLASE / protein engineering / substrate specificity / transition state analogue / N-terminal hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


Penicillin Acylase III; Chain A, Domain 2 / Penicillin Amidohydrolase, domain 1 / Penicillin Amidohydrolase; domain 1 / Penicillin amidase (Acylase) alpha subunit, N-terminal domain / Aminohydrolase, alpha-helical knob region / Penicillin G acylase, beta-roll domain / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain, beta-sheet knob region / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / 4-Layer Sandwich ...Penicillin Acylase III; Chain A, Domain 2 / Penicillin Amidohydrolase, domain 1 / Penicillin Amidohydrolase; domain 1 / Penicillin amidase (Acylase) alpha subunit, N-terminal domain / Aminohydrolase, alpha-helical knob region / Penicillin G acylase, beta-roll domain / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain, beta-sheet knob region / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / 4-Layer Sandwich / Arc Repressor Mutant, subunit A / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5,5-dihydroxy-L-norvaline
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Vrielink, A. / Golden, E. / Patterson, R. / Tie, W.J. / Anandan, A. / Flematti, G. / Molla, G. / Rosini, E. / Pollegioni, L.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2013
タイトル: Structure of a class III engineered cephalosporin acylase: comparisons with class I acylase and implications for differences in substrate specificity and catalytic activity.
著者: Golden, E. / Paterson, R. / Tie, W.J. / Anandan, A. / Flematti, G. / Molla, G. / Rosini, E. / Pollegioni, L. / Vrielink, A.
履歴
登録2012年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月10日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: glutaryl-7-aminocephalosporanic acid acylase alpha chain
B: glutaryl-7-aminocephalosporanic acid acylase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,3333
ポリマ－84,1842
非ポリマー1491
水10,106561
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13640 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area24850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.161, 77.018, 192.138
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 glutaryl-7-aminocephalosporanic acid acylase alpha chain


分子量: 24850.951 Da / 分子数: 1 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas (バクテリア) / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS
#2: タンパク質 glutaryl-7-aminocephalosporanic acid acylase beta chain


分子量: 59333.277 Da / 分子数: 1 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas (バクテリア) / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS
#3: 化合物 ChemComp-GLJ / 5,5-dihydroxy-L-norvaline


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 561 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細PROTEIN IS AN ENGINEERED CONSTRUCT DERIVED FROM PSEUDOMONAS PENICILLIN ACYLASE 2 (UNP P15558 ...PROTEIN IS AN ENGINEERED CONSTRUCT DERIVED FROM PSEUDOMONAS PENICILLIN ACYLASE 2 (UNP P15558 RESIDUES 1-229 FOR ALPHA CHAIN, 240-774 FOR BETA CHAIN).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.94 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 10-20% PEG8000, 10 mM Tris-HCl, pH 8.0-8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9536 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月24日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9536 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→96.07 Å / Num. all: 55855 / Num. obs: 55855 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 22.12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.254 / Net I/σ(I): 8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceIceデータ収集
SHELXS位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.13→96.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 7.013 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19836 2831 5.1 %RANDOM
Rwork0.15166 ---
all0.15397 55855 --
obs0.15397 52947 96.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.286 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.25 Å20 Å2-0 Å2
2--1.43 Å20 Å2
3----1.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.13→96.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5757 0 10 561 6328
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0196010
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0161.9438212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8835770
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.97522.058277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.90115876
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8881566
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1390.2873
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0214760
LS精密化 シェル解像度: 2.13→2.184 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 118 -
Rwork0.212 2282 -
obs--59.08 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1396-0.0776-0.01960.49130.18020.6453-0.00890.02250.0574-0.04960.0092-0.0067-0.06780.058-0.00030.0141-0.0112-0.00290.02010.00480.030120.904363.9023123.2759
20.15570.0086-0.01410.232-0.02120.39560.011-0.00340.003-0.03220.00110.00780.03410.0355-0.01210.00810.0034-0.00130.03280.01660.019419.032850.3933123.9698
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A14 - 229
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 535
3X-RAY DIFFRACTION2B601

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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