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万見
- PDB-4hse: Crystal structure of ClpB NBD1 in complex with guanidinium chlori... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hse
タイトルCrystal structure of ClpB NBD1 in complex with guanidinium chloride and ADP
要素Chaperone protein ClpB
キーワードCHAPERONE / nucleotide binding domain / AAA+ protein / molecular chaperone
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to heat / protein refolding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chaperonin ClpB / ClpA/B, conserved site 2 / Chaperonins clpA/B signature 2. / ClpA/B, conserved site 1 / Chaperonins clpA/B signature 1. / ClpA/ClpB, AAA lid domain / AAA lid domain / Clp amino terminal domain, pathogenicity island component / Clp, repeat (R) domain / Clp repeat (R) domain profile. ...Chaperonin ClpB / ClpA/B, conserved site 2 / Chaperonins clpA/B signature 2. / ClpA/B, conserved site 1 / Chaperonins clpA/B signature 1. / ClpA/ClpB, AAA lid domain / AAA lid domain / Clp amino terminal domain, pathogenicity island component / Clp, repeat (R) domain / Clp repeat (R) domain profile. / : / Clp, N-terminal domain superfamily / ClpA/B family / Clp ATPase, C-terminal / AAA domain (Cdc48 subfamily) / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANIDINE / Chaperone protein ClpB
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Zeymer, C. / Werbeck, N.D. / Schlichting, I. / Reinstein, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: The molecular mechanism of hsp100 chaperone inhibition by the prion curing agent guanidinium chloride.
著者: Zeymer, C. / Werbeck, N.D. / Schlichting, I. / Reinstein, J.
履歴
登録2012年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月13日Group: Database references
改定 1.22013年4月3日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chaperone protein ClpB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5654
ポリマ－45,0431
非ポリマー5223
水1,54986
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.990, 60.990, 213.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Chaperone protein ClpB


分子量: 45043.410 Da / 分子数: 1 / 断片: ClpB NBD1-M (141-534) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: clpB, TTHA1487 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: Q9RA63
#2: 化合物 ChemComp-GAI / GUANIDINE / グアニジン


分子量: 59.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH5N3
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Tris/HCl pH 7.5, 1.0 M LiCl, 18 (w/v) % PEG 6000, 10 mM MgCl2, 10 mM GdmCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月17日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SAGITALLY FOCUSING SI(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 24236 / Num. obs: 24236 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 39.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.391 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 2926 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1QVR residues 141-534

1qvr


解像度: 2.2→47.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 13.583 / SU ML: 0.166 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.272 / ESU R Free: 0.218 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26631 1207 5 %RANDOM
Rwork0.22536 ---
obs0.22742 23027 100 %-
all-23027 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.543 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.79 Å20.39 Å20 Å2
2--0.79 Å20 Å2
3----1.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2946 0 32 86 3064
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0223041
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1892.014101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.795376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.10223.529153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.01115599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8661540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2470
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212257
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4591.51849
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.92322969
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6631192
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.954.51127
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 87 -
Rwork0.258 1652 -
obs-1652 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3009-1.2189-0.55021.78560.65431.479-0.1019-0.0232-0.2020.23530.04450.2932-0.1185-0.18450.05740.07130.02650.04330.21220.05350.05840.356316.5053-14.8097
22.5917-0.91350.42082.1456-0.92721.243-0.0944-0.0216-0.30890.19-0.0097-0.32360.04250.17850.10410.0629-0.0179-0.03130.35310.0480.204835.39758.057-24.5659
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A151 - 395
2X-RAY DIFFRACTION2A396 - 532

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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