PDB-4hs9: Methanol tolerant mutant of the Proteus mirabilis lipase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hs9

タイトル

Methanol tolerant mutant of the Proteus mirabilis lipase

要素

Lipase

キーワード

HYDROLASE / lipase / alpha/beta hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Proteus mirabilis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Korman, T.P.

引用

ジャーナル: Biotechnol Biofuels / 年: 2013
タイトル: Dieselzymes: development of a stable and methanol tolerant lipase for biodiesel production by directed evolution.
著者: Korman, T.P. / Sahachartsiri, B. / Charbonneau, D.M. / Huang, G.L. / Beauregard, M. / Bowie, J.U.

履歴

登録	2012年10月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _citation.country / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.country / _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hs9.cif.gz	133.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hs9.ent.gz	102.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hs9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/4hs9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/4hs9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4gw3 4gxn
類似構造データ	3m2b-d 4oq7-d 2v2e-d 2aqd-d 4jmz-d 3i46-1 6q75-1 3w67-5 1cmq-d 1dj5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Lipase

ヘテロ分子

34.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.099, 54.849, 96.013
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Lipase 分子量: 33913.082 Da / 分子数: 1 変異: N17S, R33T, L64I, A70T, M119I, G181C, G202E, K208N, F225L, S238C, I255F, G266S, D270N, Q277L 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Proteus mirabilis (バクテリア) / 株: ATCC / 遺伝子: LipA / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21Gold(DE3) / 参照: UniProt: B4EVM3, triacylglycerol lipase

#1: タンパク質

Lipase

分子量: 33913.082 Da / 分子数: 1
変異: N17S, R33T, L64I, A70T, M119I, G181C, G202E, K208N, F225L, S238C, I255F, G266S, D270N, Q277L
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Proteus mirabilis (バクテリア) / 株: ATCC / 遺伝子: LipA / プラスミド: pET28 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21Gold(DE3) / 参照: UniProt: B4EVM3, triacylglycerol lipase

-
非ポリマー , 6種, 122分子

#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₈ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.13 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 1X MMT Buffer pH 5.0, 20% PEG1500, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→90 Å / Num. obs: 23372 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.068 / Χ²: 0.998 / Net I/σ(I): 10.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.8-1.86	5.6	0.299	2300	0.944	1	97
1.86-1.94	6.3	0.21	2369	0.999	1	99.7
1.94-2.03	6.3	0.154	2379	1.001	1	99.8
2.03-2.13	6.1	0.119	2359	1.003	1	99.4
2.13-2.27	5.9	0.095	2354	1.001	1	98.2
2.27-2.44	5.8	0.077	2304	1.008	1	96.2
2.44-2.69	6.2	0.063	2385	0.999	1	98.9
2.69-3.08	5.8	0.053	2366	1.007	1	97.3
3.08-3.88	5.2	0.045	2156	1.009	1	87.8
3.88-90	5.5	0.064	2400	1.003	1	92.1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	47.63 Å
Translation	2.5 Å	47.63 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.3.0	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
CrystalClear		データ収集
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→47.63 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / WR_factor R_free: 0.22 / WR_factor R_work: 0.1775 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8875 / SU B: 4.655 / SU ML: 0.074 / SU R Cruickshank DPI: 0.1388 / SU R_free: 0.1254 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2052	1184	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1709	-	-	-
obs	0.1726	23320	96.44 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 91.61 Å² / B_iso mean: 31.831 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.08 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.24 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→47.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2237	0	48	117	2402

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.019	2329
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2207
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.976	1.958	3146
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.958	3.001	5071
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.162	5	286
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.103	24.862	109
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.603	15	371
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.591	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.123	0.2	348
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2650
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	545

LS精密化シェル

解像度: 1.801→1.848 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.315	79	-
R_work	0.261	1593	-
all	-	1672	-
obs	-	-	94.36 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.3895	3.2627	3.0456	16.8663	12.6985	44.223	0.2021	0.346	0.4655	-0.4967	0.2968	-0.3353	-1.9894	0.7478	-0.4988	0.2563	-0.0334	0.0637	0.1335	0.1082	0.2919	-10.436	17.966	-3.156
2	3.3523	0.7297	-2.1344	1.0163	-0.0679	4.2805	0.0598	0.1657	0.0565	0.1386	-0.0192	0.1601	-0.1399	-0.3744	-0.0406	0.1818	0.0386	0.0096	0.0882	0.0099	0.242	-23.318	5.854	9.586
3	7.2271	0.6717	-1.0037	15.2747	0.022	19.9125	0.084	0.4364	1.178	0.3267	-0.2176	0.761	-0.765	-0.4856	0.1336	0.2757	0.0464	0.0535	0.0439	0.0523	0.4187	-17.543	18.503	5.384
4	2.7765	0.1415	-0.8218	3.6146	-1.8164	3.3114	-0.1335	0.5036	-0.2315	-0.3774	0.0388	0.1495	0.4057	-0.4984	0.0946	0.2079	-0.0357	-0.0088	0.1733	-0.0534	0.2258	-22.658	-1.763	-1.76
5	11.4987	-1.2083	1.5518	11.1598	-3.6835	3.327	0.2185	0.9703	0.3211	-0.1247	-0.0273	0.0245	0.0181	0.1526	-0.1911	0.2667	0.0808	0.0214	0.2752	0.1033	0.1592	-21.243	11.744	-10.35
6	2.1721	0.3961	-0.6541	2.25	-1.1657	4.4486	-0.0551	0.3024	-0.22	-0.2102	-0.0578	-0.0742	0.2503	0.0589	0.1129	0.1951	0.0177	0.0383	0.1152	-0.0169	0.2382	-12.545	0.553	-1.284
7	5.9522	7.8233	-0.8568	10.785	-1.8902	4.3266	-0.0161	-0.0574	-0.2734	-0.0744	-0.0814	-0.2515	0.5224	-0.0303	0.0975	0.3768	0.0676	0.0711	0.0231	0.0457	0.3739	-15.845	-18.811	13.043
8	10.5511	6.8298	11.2389	16.5445	20.1381	56.7328	0.0352	0.1625	-0.719	-0.2142	0.662	0.0651	1.2399	0.8924	-0.6972	0.3909	0.0333	0.1231	0.0335	0.0407	0.4215	-17.751	-25.967	18.996
9	8.6386	-9.1771	1.0966	17.8289	-4.7766	3.9583	0.1835	-0.0073	0.019	-0.2292	-0.1171	0.3099	-0.1001	-0.0756	-0.0664	0.2963	-0.0302	0.0571	0.0182	0.0105	0.2902	-23.89	-11.438	21.88
10	4.6252	0.5599	-4.8634	4.3767	-3.1017	7.915	-0.3897	0.6012	-0.9834	-0.4151	-0.0056	0.1087	1.0881	-0.3159	0.3954	0.4996	0.0492	0.0651	0.1542	-0.2042	0.5737	-15.276	-13.444	2.265
11	0.4521	0.936	-0.325	2.2831	-0.7073	7.9039	-0.0592	0.0312	-0.316	-0.1356	-0.1173	-0.5524	0.3558	1.23	0.1765	0.1858	0.0952	0.0766	0.3559	0.0068	0.3831	-1.596	-0.605	0.701
12	6.9381	-0.2675	-4.5979	2.9925	0.1036	7.87	0.0514	-1.238	-0.0748	0.5422	-0.1658	-0.282	-0.4377	1.0067	0.1144	0.3424	-0.0835	-0.0571	0.251	0.0737	0.2651	-10.835	0.736	26.732
13	28.6598	-17.128	-3.699	25.2049	-0.2168	0.8729	-0.0621	-0.8071	0.1574	1.0358	0.0431	-0.1692	-0.1431	0.1806	0.0189	0.3383	-0.0563	0.0425	0.1313	0.0329	0.3151	-15.998	-4.459	25.073
14	1.4688	0.5126	-1.1462	2.141	-0.6259	3.4283	-0.0274	-0.1289	-0.3048	0.1354	-0.2095	-0.2607	0.2311	0.5357	0.2369	0.1803	0.0567	0.0044	0.1437	0.1055	0.3276	-5.742	-4.779	14.801
15	2.8673	2.1882	-3.1054	2.5972	-3.7111	5.7111	0.1563	-0.1558	0.0029	0.2271	-0.2375	-0.1035	-0.3583	0.406	0.0813	0.2342	-0.0487	-0.0014	0.0838	0.0198	0.2236	-10.789	9.665	12.808

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	6 - 31
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	32 - 38
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	39 - 60
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	61 - 71
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	72 - 107
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	108 - 119
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	120 - 127
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	128 - 148
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	149 - 174
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	175 - 198
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	199 - 213
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	214 - 220
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	221 - 254
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	255 - 287

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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