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- PDB-4hs4: Crystal structure of a putative chromate reductase from Gluconace... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hs4
タイトルCrystal structure of a putative chromate reductase from Gluconacetobacter hansenii, Gh-ChrR, containing a Y129N substitution.
要素Chromate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / TRIPLE-LAYERED / A/B/A STRUCTURE / NAD(P)H-DEPENDENT FMN REDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN binding / oxidoreductase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
NADPH-dependent FMN reductase-like / NADPH-dependent FMN reductase / Flavodoxin domain / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Chromate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Gluconacetobacter hansenii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Zhang, Y. / Robinson, H. / Buchko, G.W.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Mechanistic insights of chromate and uranyl reduction by the NADPH-dependent FMN reductase, ChrR, from Gluconacetobacter hansenii
著者: Buchko, G.W. / Zhang, Y. / Robinson, H.
履歴
登録2012年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromate reductase
B: Chromate reductase
C: Chromate reductase
D: Chromate reductase
E: Chromate reductase
F: Chromate reductase
G: Chromate reductase
H: Chromate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,66011
ポリマ－170,2918
非ポリマー1,3693
水11,133618
1
G: Chromate reductase
H: Chromate reductase
ヘテロ分子

A: Chromate reductase
B: Chromate reductase
ヘテロ分子

C: Chromate reductase
D: Chromate reductase
E: Chromate reductase
F: Chromate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,66011
ポリマ－170,2918
非ポリマー1,3693
水1448
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
crystal symmetry operation3_455-x-1,y+1/2,-z+1/21
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19740 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area53570 Å2
手法PISA
2
A: Chromate reductase

E: Chromate reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5732
ポリマ－42,5732
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_445-x-1,y-1/2,-z+1/21
Buried area2590 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area15740 Å2
手法PISA
3
B: Chromate reductase
ヘテロ分子

F: Chromate reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0293
ポリマ－42,5732
非ポリマー4561
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_445-x-1,y-1/2,-z+1/21
Buried area2560 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area15790 Å2
手法PISA
4
C: Chromate reductase
D: Chromate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0293
ポリマ－42,5732
非ポリマー4561
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2540 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area15730 Å2
手法PISA
5
G: Chromate reductase
H: Chromate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0293
ポリマ－42,5732
非ポリマー4561
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2570 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area15780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.422, 92.146, 188.013
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Chromate reductase


分子量: 21286.361 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gluconacetobacter hansenii (バクテリア)
株: ATCC 23769 / 遺伝子: GXY_09224 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D5QFC5
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 618 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.52 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.5 uL protein at 16 mg/mL (300 mM NaCl, 50 mM NaPO4, 250 mM imidazole, pH 8) plus 1.5 uL precipatant (20% (w/v) PEG3350, 200 mM magnesium formate), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.1→44.96 Å / Num. all: 93997 / Num. obs: 91997 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1161)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→44.96 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2317 2000 2.17 %Random
Rwork0.2078 ---
obs0.2083 91997 99.64 %-
all-93997 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→44.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10976 0 93 618 11687
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00811299
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.18615470
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5864077
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0711857
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062003
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0998-2.15230.28161400.23516303X-RAY DIFFRACTION99
2.1523-2.21050.27791440.24266310X-RAY DIFFRACTION99
2.2105-2.27550.27381420.24286322X-RAY DIFFRACTION100
2.2755-2.3490.29491370.2346365X-RAY DIFFRACTION100
2.349-2.43290.27531420.23126378X-RAY DIFFRACTION100
2.4329-2.53030.25331460.22956383X-RAY DIFFRACTION100
2.5303-2.64550.25241380.23176394X-RAY DIFFRACTION100
2.6455-2.7850.2641410.23036392X-RAY DIFFRACTION100
2.785-2.95940.25411450.23496416X-RAY DIFFRACTION100
2.9594-3.18780.2441440.22946433X-RAY DIFFRACTION100
3.1878-3.50850.25081390.22876490X-RAY DIFFRACTION100
3.5085-4.0160.20371440.19166506X-RAY DIFFRACTION100
4.016-5.05860.18971440.17146547X-RAY DIFFRACTION100
5.0586-44.97120.21571540.18866758X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -32.0167 Å / Origin y: 20.167 Å / Origin z: 52.0941 Å
111213212223313233
T0.1987 Å2-0.0208 Å20.0039 Å2-0.2019 Å20.0167 Å2--0.1926 Å2
L0.106 °2-0.1103 °2-0.0721 °2-0.1366 °20.125 °2--0.0545 °2
S-0.0637 Å °-0.0299 Å °0.0045 Å °0.0178 Å °0.0675 Å °-0.0167 Å °-0.0096 Å °0.0494 Å °0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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