PDB-4hs2: Crystal Structure of the Human SPOP C-terminal Domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hs2

タイトル

Crystal Structure of the Human SPOP C-terminal Domain

要素

Speckle-type POZ protein

キーワード

PROTEIN BINDING / protein interaction domain / Oligomerisation

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of proteolysis / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / molecular function inhibitor activity / localization / Hedgehog 'on' state / protein polyubiquitination / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / nuclear speck / ubiquitin protein ligase binding / nucleoplasm ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.53 Å

データ登録者

Van Geersdaele, L.K. / Stead, M.A. / Carr, S.B. / Wright, S.C.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structural basis of high-order oligomerization of the cullin-3 adaptor SPOP.
著者: van Geersdaele, L.K. / Stead, M.A. / Harrison, C.M. / Carr, S.B. / Close, H.J. / Rosbrook, G.O. / Connell, S.D. / Wright, S.C.

履歴

登録	2012年10月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年9月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月15日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hs2.cif.gz	43.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hs2.ent.gz	29.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hs2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4hs2_validation.pdf.gz	403.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4hs2_full_validation.pdf.gz	403.8 KB	表示
XML形式データ	4hs2_validation.xml.gz	5.2 KB	表示
CIF形式データ	4hs2_validation.cif.gz	6.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/4hs2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/4hs2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4j8zC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5r4j-d 6dbc-d 5w0i-d 1xcv-d 5tcm-3 1y7y-d 6axq-2 3v43-d 4evu-d 6q2u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Speckle-type POZ protein

11.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Speckle-type POZ protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.650, 57.650, 102.810
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-411- HOH

#1: タンパク質	Speckle-type POZ protein / HIB homolog 1 / Roadkill homolog 1 分子量: 11941.446 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain (UNP residues 270-374) / 変異: L273D, L282D, L285K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPOP / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS; B834 / 参照: UniProt: O43791
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Speckle-type POZ protein / HIB homolog 1 / Roadkill homolog 1

分子量: 11941.446 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain (UNP residues 270-374) / 変異: L273D, L282D, L285K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPOP / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS; B834 / 参照: UniProt: O43791

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.44 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 26% PEG 1500, 7% isopropanol, 0.1M CaCl2, 0.1M imidazole pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	Diamond	I04-1	1	0.9173
シンクロトロン	Diamond	I02	2	0.9795

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月15日

放射

ID	プロトコル	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9173	1
2	0.9795	1

Reflection

冗長度: 71.5 % / Av σ(I) over netI: 3.4 / 数: 442290 / R_sym value: 0.185 / D res high: 2.125 Å / D res low: 51.405 Å / Num. obs: 6183 / % possible obs: 100

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
9.5	51.4	99.8	1	0.031	0.031	53.4
6.72	9.5	100	1	0.042	0.042	58.6
5.49	6.72	100	1	0.082	0.082	65.8
4.75	5.49	100	1	0.076	0.076	70.9
4.25	4.75	100	1	0.068	0.068	74.9
3.88	4.25	100	1	0.081	0.081	64.8
3.59	3.88	100	1	0.101	0.101	69.4
3.36	3.59	99.6	1	0.122	0.122	72.8
3.17	3.36	100	1	0.172	0.172	74.7
3	3.17	100	1	0.192	0.192	75.6
2.86	3	100	1	0.249	0.249	77.8
2.74	2.86	100	1	0.262	0.262	72.7
2.64	2.74	100	1	0.327	0.327	68.7
2.54	2.64	100	1	0.363	0.363	73.5
2.45	2.54	100	1	0.442	0.442	76
2.38	2.45	99.7	1	0.457	0.457	76.2
2.3	2.38	100	1	0.557	0.557	75.7
2.24	2.3	100	1	0.644	0.644	74.7
2.18	2.24	100	1	0.885	0.885	71.9
2.12	2.18	100	1	0.899	0.899	60.1

反射

解像度: 1.528→51.405 Å / Num. all: 16004 / Num. obs: 16004 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.6 % / R_sym value: 0.056 / Net I/σ(I): 24.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1,2

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.53-1.57	8.3	0.647	1.2	9540	1143	0.647	99.9
1.57-1.61	10.8	0.525	1.5	12300	1140	0.525	99.9
1.61-1.66	12.3	0.411	1.9	13349	1081	0.411	99.9
1.66-1.71	12.3	0.335	2.3	13129	1067	0.335	99.9
1.71-1.76	12.3	0.25	3.1	12460	1017	0.25	99.8
1.76-1.83	12.3	0.201	3.9	12229	998	0.201	99.8
1.83-1.9	12.4	0.168	4.7	12026	973	0.168	100
1.9-1.97	12.2	0.119	6.4	11462	941	0.119	99.9
1.97-2.06	12.2	0.089	8.7	11143	915	0.089	100
2.06-2.16	12.3	0.068	11	10418	846	0.068	100
2.16-2.28	12.2	0.058	12.6	10188	836	0.058	100
2.28-2.42	12.2	0.049	14.7	9599	788	0.049	100
2.42-2.58	12.1	0.047	14.3	8826	727	0.047	99.6
2.58-2.79	11.9	0.041	14.6	8315	701	0.041	100
2.79-3.06	11.3	0.039	16.3	7347	653	0.039	100
3.06-3.42	11.2	0.037	16.5	6620	592	0.037	100
3.42-3.94	11.4	0.036	16.4	6037	531	0.036	99.8
3.94-4.83	11	0.031	18.7	5127	465	0.031	100
4.83-6.83	10.9	0.032	19	4020	369	0.032	100
6.83-51.405	8.6	0.028	22.3	1894	221	0.028	91.5

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHELXS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.53→27.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.975 / WR_factor R_free: 0.1444 / WR_factor R_work: 0.1267 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.9316 / SU B: 1.61 / SU ML: 0.027 / SU R Cruickshank DPI: 0.0512 / SU R_free: 0.0469 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.047 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1512	794	5 %	RANDOM
R_work	0.132	-	-	-
obs	0.1329	15153	99.73 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 123.41 Å² / B_iso mean: 21.2669 Å² / B_iso min: 11.07 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.1 Å²	-0.05 Å²	0 Å²
2-	-	-0.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.53→27.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	489	0	0	62	551

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	558
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	337
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.169	1.932	771
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.957	3	842
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.196	5	77
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.925	26	25
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.967	15	90
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.714	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	90
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	666
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	107
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	6.373	3	894
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	30.104	5	25
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	14.281	5	916

LS精密化シェル

解像度: 1.528→1.567 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.278	52	-
R_work	0.218	944	-
all	-	996	-
obs	-	-	99.9 %

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