PDB-4hqn: Crystal structure of manganese-loaded Plasmodium vivax TRAP protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hqn

タイトル

Crystal structure of manganese-loaded Plasmodium vivax TRAP protein

要素

Sporozoite surface protein 2

キーワード

CELL ADHESION / malaria / sporozoite motility / VWA domain / TSR domain / extensible beta-ribbon / receptor on sporozoite / vaccine target / sporozoite surface

機能・相同性

機能・相同性情報

transmembrane signaling receptor activity / cell surface / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium vivax (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.196 Å

データ登録者

Song, G. / Koksal, A.C. / Lu, C. / Springer, T.A.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Shape change in the receptor for gliding motility in Plasmodium sporozoites.
著者: Song, G. / Koksal, A.C. / Lu, C. / Springer, T.A.

履歴

登録	2012年10月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年12月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月9日	Group: Database references
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hqn.cif.gz	234.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hqn.ent.gz	188.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hqn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4hqn_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4hqn_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4hqn_validation.xml.gz	26.1 KB	表示
CIF形式データ	4hqn_validation.cif.gz	39.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/4hqn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/4hqn	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4hqfC 4hqkC 4hqlC 4hqoC 1shuS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4hql-1 4gjw-2 5w30-d 2vky-d 5w2r-d 5w3b-d 5w2v-d 5w2x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (5) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (3) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Sporozoite surface protein 2

B: Sporozoite surface protein 2

ヘテロ分子

60.8 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Sporozoite surface protein 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Sporozoite surface protein 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	59.586, 96.567, 159.521
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Sporozoite surface protein 2 / Thrombospondin repeat anonymous protein / TRAP

分子量: 29985.148 Da / 分子数: 2 / 断片: adhesive domains (UNP residues 25-283) / 変異: S42Q, N91S, N128S, S180R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Plasmodium vivax (マラリア病原虫)
株: sal I / 遺伝子: SSP2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9TVF0

#2: 多糖

beta-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-L-fucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 326.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpb1-3LFucpa1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a1221m-1a_1-5][a2122h-1b_1-5]/1-2/a3-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(3+1)][a-L-Fucp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION

分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn

#4: 化合物

ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド

分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 517 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.86 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.5 詳細: 15% PEG20000, 0.1 M Tris, pH 8.5, EVAPORATION, temperature 277K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月12日
放射	モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.196→39.88 Å / Num. obs: 47518 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4 % / R_sym value: 0.13 / Net I/σ(I): 10.61
反射シェル	解像度: 2.196→2.24 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.49 / R_sym value: 0.948 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SHU

1shu

解像度: 2.196→39.88 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.16 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2122	2403	5.07 %
R_work	0.1725	-	-
obs	0.1744	47440	99.12 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.196→39.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4000	0	46	517	4563

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4172
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.041	5626
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.545	1584
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	646
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	720

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1955-2.2403	0.3083	115	0.2874	2359	X-RAY DIFFRACTION	89
2.2403-2.289	0.3121	141	0.2808	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.289-2.3423	0.3163	133	0.2604	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3423-2.4008	0.2914	152	0.2457	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4008-2.4658	0.2869	150	0.2351	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4658-2.5383	0.2414	146	0.2228	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5383-2.6202	0.2115	143	0.2043	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6202-2.7138	0.2665	149	0.2003	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7138-2.8225	0.2371	132	0.1868	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8225-2.9509	0.2463	163	0.1833	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9509-3.1064	0.2119	132	0.18	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1064-3.3009	0.2312	136	0.1717	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3009-3.5557	0.1847	146	0.1539	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5557-3.9132	0.1756	155	0.1469	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9132-4.4788	0.1659	136	0.1263	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4788-5.6403	0.1735	129	0.1327	2742	X-RAY DIFFRACTION	99
5.6403-39.8868	0.1997	145	0.1706	2828	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0629	0.9805	1.5928	2.7403	1.078	4.3509	0.0799	0.1607	0.0406	-0.1504	-0.0138	0.1253	0.1281	-0.2119	-0.0694	0.1876	0.0183	0.0068	0.3708	0.0316	0.2011	22.0475	-18.4937	-8.3809
2	9.1412	4.5812	7.0966	5.8181	3.0988	8.309	-0.1695	0.9394	-0.1895	-0.4909	0.3986	-0.043	-0.0315	0.5283	-0.1921	0.1925	-0.0121	0.081	0.3744	0.0298	0.1937	28.7839	-17.9186	-13.149
3	2.1765	4.2982	2.1686	5.6788	3.0632	8.9706	-0.2978	0.8772	-0.0334	-0.4177	0.3016	-0.5711	0.1229	1.5187	-0.0046	0.2548	0.0331	0.0674	0.5763	-0.0196	0.3889	40.0352	-16.1775	-13.9278
4	3.5887	-1.9757	-5.0816	10.2432	9.3069	2.3022	-0.1306	0.136	0.6933	-0.6068	0.0097	-0.024	-0.4296	0.286	0.0474	0.2681	0.0008	0.0153	0.4087	0.1201	0.3471	33.1149	-6.7739	-8.5843
5	6.2963	6.6785	-4.8837	7.3711	-4.5935	5.5401	0.8151	0.7699	2.5623	-0.7422	0.434	-0.3587	-2.1386	-0.1858	-1.3254	0.711	0.0463	0.1897	0.7868	0.1262	0.8509	31.1204	0.5797	-13.4234
6	3.1468	2.7011	1.1313	9.0997	2.6585	1.9336	-0.248	0.4963	0.0886	-1.0628	0.3707	0.053	-0.4841	0.0218	-0.1039	0.4031	0.0717	-0.0587	0.601	0.1254	0.4714	18.9641	-11.1952	-24.6427
7	5.7723	7.2491	1.8836	2.1753	8.623	9.7495	-0.8428	0.6742	-0.7988	-0.2994	2.0796	-0.2896	0.3258	1.178	-1.2461	1.2861	0.0377	-0.1329	0.8366	-0.2049	1.2385	17.7969	-44.6921	-57.2948
8	7.6021	5.3926	5.3742	9.9566	9.2361	8.5774	-0.0987	-0.3064	0.9613	0.9178	-0.5104	1.1399	0.4343	-0.4255	0.5205	1.3636	0.0448	0.3075	0.6142	-0.1034	0.9686	14.6757	-40.9991	-55.7886
9	8.4979	2.9648	-5.4866	0.1201	-1.6962	3.5597	0.024	-0.7207	-0.0776	0.1696	0.0343	-0.0198	-0.0437	-0.5403	-0.1483	0.5982	0.1744	0.023	0.9526	0.218	0.4517	11.8707	-10.2358	-39.807
10	5.6381	0.8429	1.1556	4.9045	-0.2174	5.1631	-0.0195	-0.0484	-0.5415	0.2207	-0.2157	-0.8649	0.512	1.0172	0.2125	0.39	0.0953	0.0273	0.6606	0.1765	0.4909	27.2955	-5.3598	-59.1111
11	2.299	5.3171	-5.6004	2.3654	-7.0786	2.2211	-0.0237	0.8497	0.1411	-1.0913	0.7558	0.9406	1.4066	-1.6945	-0.9372	0.5469	-0.0295	-0.0551	0.7237	0.0926	0.4935	9.8049	-4.5254	-65.7299
12	8.8659	3.0383	2.6082	8.9175	-0.5277	4.8981	-0.214	-0.2562	0.035	0.363	-0.2066	-0.2289	-0.2171	0.4528	0.5233	0.3053	0.0542	-0.009	0.4533	0.0745	0.2628	17.112	5.8983	-62.4581
13	2.0607	1.2485	5.2256	4.9669	5.6819	8.6638	-0.7835	-0.3472	1.2925	0.973	0.4404	0.6321	-2.1141	-0.5588	0.5006	0.7635	0.0831	-0.0281	0.8565	0.1926	0.5956	14.3865	11.7849	-57.1452
14	8.1566	7.5468	-7.1384	6.6255	-3.6393	5.9659	0.2616	-0.1288	0.1138	0.6501	-0.0921	-0.0658	-0.8688	-0.439	-0.0866	0.6629	0.0083	-0.1135	1.0208	0.169	0.5115	14.6363	-2.457	-41.2156
15	8.1294	-1.8949	-7.1979	2.2423	1.9726	8.6312	0.0335	0.1318	0.3767	-0.0586	-0.0511	0.1053	-0.1141	0.0119	0.0703	0.2109	-0.0187	-0.026	0.4509	0.009	0.2966	-6.9616	-15.9898	-4.1448

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 30 through 142 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 143 through 163 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 164 through 177 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 178 through 199 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 200 through 215 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 216 through 239 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 240 through 254 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 255 through 283 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 29 through 50 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 51 through 163 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 164 through 177 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 178 through 199 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 200 through 215 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 216 through 239 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 240 through 283 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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