PDB-4hpv: Crystal structure of S-Adenosylmethionine synthetase from Sulfolo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hpv

タイトル

Crystal structure of S-Adenosylmethionine synthetase from Sulfolobus solfataricus

要素

S-adenosylmethionine synthase

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro

機能・相同性

機能・相同性情報

methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / one-carbon metabolic process / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfolobus solfataricus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.214 Å

データ登録者

Wang, F. / Hurley, K.A. / Helmich, K.E. / Singh, S. / Bingman, C.A. / Thorson, J.S. / Phillips Jr., G.N. / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro)

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2014
タイトル: Understanding molecular recognition of promiscuity of thermophilic methionine adenosyltransferase sMAT from Sulfolobus solfataricus.
著者: Wang, F. / Singh, S. / Zhang, J. / Huber, T.D. / Helmich, K.E. / Sunkara, M. / Hurley, K.A. / Goff, R.D. / Bingman, C.A. / Morris, A.J. / Thorson, J.S. / Phillips, G.N.

履歴

登録	2012年10月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年11月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月19日	Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
改定 1.2	2014年4月2日	Group: Database references
改定 1.3	2014年10月8日	Group: Database references
改定 1.4	2017年11月15日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_radiation_wavelength / software / Item: _diffrn_radiation_wavelength.wavelength

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hpv.cif.gz	168.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hpv.ent.gz	140.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hpv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4hpv_validation.pdf.gz	436 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4hpv_full_validation.pdf.gz	440.4 KB	表示
XML形式データ	4hpv_validation.xml.gz	31 KB	表示
CIF形式データ	4hpv_validation.cif.gz	44 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/4hpv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/4hpv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4k0bC 4l2zC 4l7iC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4l2z-1 4l4q-d 6s81-d 4ws9-1 4ws9-3 4ws9-2 4k0b-1 4l7i-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NatPro-GO.119311

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: S-adenosylmethionine synthase

B: S-adenosylmethionine synthase

90.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: S-adenosylmethionine synthase

B: S-adenosylmethionine synthase

A: S-adenosylmethionine synthase

B: S-adenosylmethionine synthase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
181 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	151.304, 151.304, 221.145
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-576- HOH
2	1	B-602- HOH

詳細

The biological assembly is a tetramer generated from the dimer in the asymmetric unit by the operations: -y+1,-x+1,-z+1/6

#1: タンパク質	S-adenosylmethionine synthase / AdoMet synthase / Methionine adenosyltransferase 分子量: 45330.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 遺伝子: mat, SSO0199, Ssol_1180 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q980S9, methionine adenosyltransferase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

S-adenosylmethionine synthase / AdoMet synthase / Methionine adenosyltransferase

分子量: 45330.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 遺伝子: mat, SSO0199, Ssol_1180 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q980S9, methionine adenosyltransferase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.48 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: Protein Solution (6.8-13.5 mg/ml protein, 25mM Tris pH 8.0) mixed in a 1:1 ratio with the well solution (1.4M Sodium phosphate monobasic monohydrate / Potassium phosphate dibasic, pH 5.6) ...詳細: Protein Solution (6.8-13.5 mg/ml protein, 25mM Tris pH 8.0) mixed in a 1:1 ratio with the well solution (1.4M Sodium phosphate monobasic monohydrate / Potassium phosphate dibasic, pH 5.6) Cryoprotected with 20% DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

結晶

マシュー密度: 4.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.48 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: Protein Solution (6.8-13.5 mg/ml protein, 25mM Tris pH 8.0) mixed in a 1:1 ratio with the well solution (1.4M Sodium phosphate monobasic monohydrate / Potassium phosphate dibasic, pH 5.6) ...

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	21-ID-G	1	0.97856
シンクロトロン	APS	21-ID-G	2	0.97856

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARMOSAIC 300 mm CCD	1	CCD	2012年2月11日
MARMOSAIC 300 mm CCD	2	CCD	2012年3月8日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Diamond [111]	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Diamond [111]	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97856	1
2	0.97856	1

反射

解像度: 2.21→50 Å / Num. all: 75422 / Num. obs: 74442 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 19.9 % / B_iso Wilson estimate: 42.94 Å² / R_merge(I) obs: 0.118 / Χ²: 0.873 / Net I/σ(I): 6.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.21-2.25	9.2	2830	0.696	1	76.6
2.25-2.29	12.1	3653	0.666	1	98.5
2.29-2.33	14.6	3679	0.684	1	99.4
2.33-2.38	17.7	3685	0.69	1	100
2.38-2.43	19.4	3722	0.703	1	100
2.43-2.49	20.1	3722	0.712	1	100
2.49-2.55	20.4	3712	0.722	1	100
2.55-2.62	20.6	3730	0.756	1	100
2.62-2.7	21	3709	0.77	1	100
2.7-2.78	21.2	3733	0.807	1	100
2.78-2.88	21.5	3752	0.852	1	100
2.88-3	21.8	3731	0.905	1	100
3-3.14	22.1	3760	1.006	1	100
3.14-3.3	22.2	3773	1.074	1	100
3.3-3.51	22.3	3772	1.08	1	100
3.51-3.78	22.2	3799	1.056	1	100
3.78-4.16	22.1	3792	1.075	1	100
4.16-4.76	21.9	3851	1.05	1	100
4.76-6	21.6	3898	1.08	1	100
6-50	20.1	4139	0.654	1	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.8_1069	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	PHASER	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.214→49.526 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.27 / FOM work R set: 0.8324 / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.43 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2201	3730	5.02 %	RAMDOM, ASSIGN TEST SET IN THIN RESOLUTION SHELLS
R_work	0.199	-	-	-
obs	0.2	74289	99.51 %	-
all	-	74655	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 151.22 Å² / B_iso mean: 38.372 Å² / B_iso min: 14.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.214→49.526 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6192	0	0	304	6496

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	6403
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.685	8677
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	1013
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	1127
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.725	2438

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2142-2.2422	0.3698	180	0.3097	2274	2454	91
2.2422-2.2717			0.2835	2680		98
2.2717-2.3029	0.3106	184	0.2698	2506	2690	99
2.3029-2.3358	0.2852	187	0.2651	2504	2691	100
2.3358-2.3706	0.288	187	0.2505	2543	2730	100
2.3706-2.4077			0.2387	2722		100
2.4077-2.4471	0.2831	187	0.2341	2543	2730	100
2.4471-2.4893	0.2678	187	0.2286	2517	2704	100
2.4893-2.5346	0.3007	187	0.2244	2542	2729	100
2.5346-2.5833			0.2209	2736		100
2.5833-2.6361	0.2635	187	0.22	2549	2736	100
2.6361-2.6934	0.2483	187	0.2148	2528	2715	100
2.6934-2.756	0.2518	54	0.2102	2701	2755	100
2.756-2.825	0.2711	133	0.2171	2599	2732	100
2.825-2.9013	0.2504	187	0.208	2573	2760	100
2.9013-2.9867	0.2145	187	0.2134	2560	2747	100
2.9867-3.0831			0.2093	2751		100
3.0831-3.1932	0.2452	187	0.2077	2566	2753	100
3.1932-3.3211	0.2403	187	0.1989	2567	2754	100
3.3211-3.4722	0.2302	187	0.1934	2582	2769	100
3.4722-3.6552			0.1817	2778		100
3.6552-3.8841	0.1967	187	0.1813	2605	2792	100
3.8841-4.1839	0.1824	187	0.1643	2611	2798	100
4.1839-4.6046	0.1754	187	0.1601	2627	2814	100
4.6046-5.2703			0.1596	2846		100
5.2703-6.6375	0.186	187	0.2198	2684	2871	100
6.6375-49.5382	0.1942	187	0.2098	2865	3052	99

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