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- PDB-4hpq: Crystal Structure of the Atg17-Atg31-Atg29 Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hpq
タイトルCrystal Structure of the Atg17-Atg31-Atg29 Complex
要素
  • Atg17
  • Atg29
  • Atg31
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Autophagy
機能・相同性
機能・相同性情報


Atg1/ULK1 kinase complex / phagophore assembly site membrane / autophagy of mitochondrion / piecemeal microautophagy of the nucleus / phagophore assembly site / protein kinase activator activity / autophagosome assembly / autophagy / protein transport / molecular adaptor activity
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #2570 / Autophagy-related protein 31 / Autophagy-related protein 17 / Autophagy-related protein 31 / Autophagy-related protein 29 / Autophagy-related protein 29 superfamily / Atg29, N-terminal / Autophagy-related protein 31 / Atg29 N-terminal domain / Autophagy protein ATG17-like domain ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #2570 / Autophagy-related protein 31 / Autophagy-related protein 17 / Autophagy-related protein 31 / Autophagy-related protein 29 / Autophagy-related protein 29 superfamily / Atg29, N-terminal / Autophagy-related protein 31 / Atg29 N-terminal domain / Autophagy protein ATG17-like domain / Autophagy protein ATG17-like domain / Mutm (Fpg) Protein; Chain: A, domain 2 / Arc Repressor Mutant, subunit A / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
KLTH0C07942p / Autophagy-related protein 29 / Autophagy-related protein 17
類似検索 - 構成要素
生物種Lachancea thermotolerans CBS 6340 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Stanley, R.E. / Ragusa, M.J. / Hurley, J.H.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2012
タイトル: Architecture of the atg17 complex as a scaffold for autophagosome biogenesis.
著者: Ragusa, M.J. / Stanley, R.E. / Hurley, J.H.
履歴
登録2012年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月9日Group: Database references
改定 1.22018年1月10日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / entity_src_gen
Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment ..._entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment / _entity.pdbx_mutation / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Atg29
B: Atg31
C: Atg17
D: Atg29
E: Atg31
F: Atg17


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,6476
ポリマ－147,6476
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16930 Å2
ΔGint-112.5 kcal/mol
Surface area67400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.370, 64.200, 184.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.79, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.178807, -0.001487, 0.983883), (-0.027445, -0.999617, 0.003477), (0.983501, -0.027625, -0.17878)-33.01707, -20.25072, 31.99539

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要素

#1: タンパク質 Atg29 / KLTH0C07942p


分子量: 7222.390 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lachancea thermotolerans CBS 6340 (菌類)
株: ATCC 56472 / CBS 6340 / NRRL Y-8284 / プラスミド: pst39 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C5DF24
#2: タンパク質 Atg31 / KLTH0D11660p


分子量: 18288.232 Da / 分子数: 2 / Mutation: L87M, L110M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lachancea thermotolerans CBS 6340 (菌類)
株: ATCC 56472 / CBS 6340 / NRRL Y-8284 / プラスミド: pst39 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C5DEB9
#3: タンパク質 Atg17 / KLTH0D15642p


分子量: 48312.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lachancea thermotolerans CBS 6340 (菌類)
株: ATCC 56472 / CBS 6340 / NRRL Y-8284 / プラスミド: pst39 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C5DFJ6
配列の詳細THE COMPLETE CRYSTALLIZED SEQUENCE OF CHAIN A AND D IS: ...THE COMPLETE CRYSTALLIZED SEQUENCE OF CHAIN A AND D IS: MNSENTIVYVRVAGRARNGFVDPLKFYWDLERDRSLWSSVSKLDNTKKTIDWKRLSREFKAPEHFIRKRSYALFAKHLKLLERQIE.THE C-TERMINAL RESIUES 51-79 ARE IN THE REGION WITH POOR ELECTRON DENSITY AND REPRESENTED AS UNKNOWN RESIDUES (UNK) IN THE COORDINATES SINCE THE SEQUENC REGISTER IS NOT KNOWN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.24 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 50 mM Tris pH8, 4-10% peg 2KMME, 10-20% ethylene glycol, 100 mM NaCL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12001
22001
放射光源
由来サイトビームラインID
シンクロトロンAPS 22-BM1
シンクロトロンAPS 22-ID2
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2012年6月4日
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD2012年2月5日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1double crystal - liquid nitrogen cooledSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2double crystal - liquid nitrogen cooledSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.055→50 Å / Num. all: 59513 / Num. obs: 47730 / % possible obs: 80.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 3.055→3.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.254 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 29

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.06→46.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.851 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.812 / SU B: 20.473 / SU ML: 0.377 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.224 / ESU R Free: 0.529 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.33622 2329 5.1 %RANDOM
Rwork0.30312 ---
obs0.3048 43481 75.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 71.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.32 Å2-0 Å21.14 Å2
2---0.55 Å2-0 Å2
3----0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.06→46.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9220 0 0 0 9220
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0199336
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.029012
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4681.95612586
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.891320656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.41651146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.83825.208480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg25.598151732
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.1881564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.21448
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0210638
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022134
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.056→3.135 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 25 -
Rwork0.377 586 -
obs--13.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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