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万見
- PDB-4hpl: PCGF1 Ub fold (RAWUL)/BCOR PUFD Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hpl
タイトルPCGF1 Ub fold (RAWUL)/BCOR PUFD Complex
要素
  • BCL-6 corepressor
  • Polycomb group RING finger protein 1
キーワードTRANSCRIPTION / POLYCOMB / BCOR / BCL-6 CO-REPRESSOR / PCGF1 / RAWUL / NSPC1 / E3-LIGASE / CHROMOSOMAL PROTEIN / TRANSCRIPTION REGULATION / CHROMATIN REGULATOR / TRANSCRIPTION REPRESSOR / LIGASE / METAL-BINDING / NUCLEUS / REPRESSOR / UBL CONJUGATION PATHWAY / ZINC-FINGER
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of tooth mineralization / BCOR complex / specification of axis polarity / PRC1 complex / blastocyst hatching / negative regulation of bone mineralization / PcG protein complex / odontogenesis / roof of mouth development / heat shock protein binding ...negative regulation of tooth mineralization / BCOR complex / specification of axis polarity / PRC1 complex / blastocyst hatching / negative regulation of bone mineralization / PcG protein complex / odontogenesis / roof of mouth development / heat shock protein binding / promoter-specific chromatin binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / histone deacetylase binding / transcription corepressor activity / heart development / DNA-binding transcription factor binding / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
BCL-6 corepressor, PCGF1 binding domain / BCL-6 corepressor, non-ankyrin-repeat domain / BCL-6 co-repressor, non-ankyrin-repeat region / BCL-6 corepressor, PCGF1 binding domain / PCGF Ub-like fold discriminator superfamily / : / BCORL-PCGF1-binding domain / Mlu1-box Binding Protein; DNA-binding Domain / RAWUL domain / RAWUL domain RING finger- and WD40-associated ubiquitin-like ...BCL-6 corepressor, PCGF1 binding domain / BCL-6 corepressor, non-ankyrin-repeat domain / BCL-6 co-repressor, non-ankyrin-repeat region / BCL-6 corepressor, PCGF1 binding domain / PCGF Ub-like fold discriminator superfamily / : / BCORL-PCGF1-binding domain / Mlu1-box Binding Protein; DNA-binding Domain / RAWUL domain / RAWUL domain RING finger- and WD40-associated ubiquitin-like / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ring finger / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BCL-6 corepressor / Polycomb group RING finger protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Junco, S.E. / Wang, R. / Gaipa, J. / Taylor, A.B. / Gearhart, M.D. / Bardwell, V.J. / Hart, P.J. / Kim, C.A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structure of the Polycomb Group Protein PCGF1 in Complex with BCOR Reveals Basis for Binding Selectivity of PCGF Homologs.
著者: Junco, S.E. / Wang, R. / Gaipa, J.C. / Taylor, A.B. / Schirf, V. / Gearhart, M.D. / Bardwell, V.J. / Demeler, B. / Hart, P.J. / Kim, C.A.
履歴
登録2012年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BCL-6 corepressor
B: Polycomb group RING finger protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7542
ポリマ－24,7542
非ポリマー00
水1,42379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2990 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area10500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.681, 67.681, 75.742
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Space group name H-MP62
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1801-

HOH

21A-1810-

HOH

31A-1814-

HOH

41B-310-

HOH

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要素

#1: タンパク質 BCL-6 corepressor / BCoR


分子量: 13679.508 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1634-1748 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCOR, KIAA1575 / プラスミド: pET-30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6W2J9
#2: タンパク質 Polycomb group RING finger protein 1 / Nervous system Polycomb-1 / NSPc1 / RING finger protein 68 / PCGF1 Ub fold (RAWUL)


分子量: 11074.042 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 167-255 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NSPC1, PCGF1, RNF68 / プラスミド: pet-3c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9BSM1
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.2 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 50 mM MES, 8.5% polyethylene glycol (PEG) 8000, 300 mM sodium bromide, 10% ethylene glycol, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.919 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→19.54 Å / Num. obs: 13386 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.1 % / Biso Wilson estimate: 31.8 Å2 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 10.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 1949 / Rsym value: 0.586 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1161)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→19.54 Å / SU ML: 0.27 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.03 / 位相誤差: 32.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2606 1325 9.92 %random
Rwork0.2121 ---
obs0.2168 13359 99.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1612 0 0 79 1691
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081647
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1562231
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.224619
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068254
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005283
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.08010.35721460.31711334X-RAY DIFFRACTION100
2.0801-2.17460.33061480.26531326X-RAY DIFFRACTION100
2.1746-2.28910.30361480.24231322X-RAY DIFFRACTION100
2.2891-2.43230.2941530.2391329X-RAY DIFFRACTION100
2.4323-2.61970.32191440.24981336X-RAY DIFFRACTION100
2.6197-2.88250.33591470.23431323X-RAY DIFFRACTION100
2.8825-3.29790.2741450.21851355X-RAY DIFFRACTION100
3.2979-4.14850.25091430.19171336X-RAY DIFFRACTION100
4.1485-19.540.19641510.17831373X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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