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- PDB-4hpf: Structure of the human SLO3 gating ring -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hpf
タイトルStructure of the human SLO3 gating ring
要素Potassium channel subfamily U member 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN / potassium channel / pH-gated
機能・相同性
機能・相同性情報


Sperm Motility And Taxes / reproductive process / sperm flagellum / monoatomic ion channel complex / potassium channel activity / potassium ion transmembrane transport / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Ca2+-activated K+ channel Slowpoke, TrkA_C like domain / Calcium-activated potassium channel BK, alpha subunit / : / : / Calcium-activated BK potassium channel alpha subunit / Calcium-activated potassium channel slowpoke-like RCK domain / RCK N-terminal domain profile. / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Potassium channel subfamily U member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Leonetti, M.D. / Yuan, P. / MacKinnon, R.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Functional and structural analysis of the human SLO3 pH- and voltage-gated K+ channel.
著者: Leonetti, M.D. / Yuan, P. / Hsiung, Y. / Mackinnon, R.
履歴
登録2012年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月5日Group: Database references
改定 1.22017年8月9日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Potassium channel subfamily U member 1
B: Potassium channel subfamily U member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,4412
ポリマ－162,4412
非ポリマー00
水00
1
A: Potassium channel subfamily U member 1
B: Potassium channel subfamily U member 1

A: Potassium channel subfamily U member 1
B: Potassium channel subfamily U member 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)324,8834
ポリマ－324,8834
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area7240 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area88850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.540, 157.940, 249.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 331 - 1042 / Label seq-ID: 3 - 693

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Potassium channel subfamily U member 1 / Calcium-activated potassium channel subunit alpha-3 / Calcium-activated potassium channel / ...Calcium-activated potassium channel subunit alpha-3 / Calcium-activated potassium channel / subfamily M subunit alpha-3 / KCa5 / Slowpoke homolog 3


分子量: 81220.688 Da / 分子数: 2 / 断片: cytoplasmic domain, see remark 999 / 変異: loop deletion: residues 831-851 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCNMA3, KCNMC1, KCNU1, SLO3 / プラスミド: pFastBac / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A8MYU2
配列の詳細CYTOPLASMIC DOMAIN, UNP RESIDUES 330-1162 WITH THE DELETION OF LOOP RESIDUES 831-851

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: PEG12000, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075, 1.29
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月21日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0751
21.291
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 36517 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1.8 / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Χ2: 1.233 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allΧ2Diffraction-ID% possible allRmerge(I) obs
3.3-3.428.335960.9941100
3.42-3.558.436121.07311000.748
3.55-3.728.536131.16611000.497
3.72-3.918.436211.25511000.352
3.91-4.168.436231.32811000.239
4.16-4.488.436211.32411000.166
4.48-4.938.436501.3411000.142
4.93-5.648.336851.33611000.12
5.64-7.18.236801.29611000.104
7.1-507.738161.212199.30.073

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.5 Å40.8 Å
Translation5.5 Å40.8 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MT5

3mt5


解像度: 3.4→48.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.876 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.862 / WRfactor Rfree: 0.284 / WRfactor Rwork: 0.2541 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8212 / SU B: 54.013 / SU ML: 0.388 / SU R Cruickshank DPI: 0.5039 / SU Rfree: 0.5085 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.508 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2669 1563 5.1 %RANDOM
Rwork0.2467 ---
obs0.2477 30751 89.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 149.7 Å2 / Biso mean: 68.324 Å2 / Biso min: 28.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.46 Å20 Å2-0 Å2
2---0.32 Å20 Å2
3----0.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→48.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8241 0 0 0 8241
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.028410
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025492
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0261.96111429
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.824313410
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.11251070
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.74123.67327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.877151309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1531540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.21356
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0219301
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021739
Refine LS restraints NCS数: 6791 / タイプ: TIGHT THERMAL / Rms dev position: 1.62 Å / Weight position: 0.5
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.488 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 37 -
Rwork0.322 882 -
all-919 -
obs--38.55 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.75011.0039-0.66922.8766-1.53724.927-0.01270.1175-0.1751-0.18410.0990.20890.6992-0.0706-0.08630.14110.0629-0.07980.1292-0.11060.1467-31.6486-27.831-25.9172
21.43170.15840.97283.88841.36384.0044-0.08250.09310.168-0.27980.08780.1847-0.7230.1885-0.00530.1573-0.03840.04220.09330.05660.1263-31.819725.6343-27.8579
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A331 - 1043
2X-RAY DIFFRACTION2B331 - 1043

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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