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万見
- PDB-4hp2: Invariom refinement of a new dimeric monoclinic 2 solvate of thio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hp2
タイトルInvariom refinement of a new dimeric monoclinic 2 solvate of thiostrepton at 0.64 angstrom resolution
要素Thiostrepton
キーワードANTIBIOTIC / THIOPEPTIDE / ANTIBACTERIAL / THIAZOLE / THIAZOLINE / OXAZOLE / RIBOSOME / TRANSLATION INHIBITION
機能・相同性Thiazolylpeptide-type bacteriocin precursor / defense response to bacterium / extracellular region / THIOSTREPTON / DIMETHYLFORMAMIDE / diethyl ether / Thiostrepton
機能・相同性情報
生物種Streptomyces azureus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / SHELXS/DIRECT-METHODS / 解像度: 0.64 Å
データ登録者Proepper, K. / Holstein, J.J. / Huebschle, C.B. / Bond, C.S. / Dittrich, B.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Invariom refinement of a new monoclinic solvate of thiostrepton at 0.64 angstrom resolution.
著者: Propper, K. / Holstein, J.J. / Hubschle, C.B. / Bond, C.S. / Dittrich, B.
履歴
登録2012年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / diffrn_source
Item: _diffrn_detector.detector / _diffrn_detector.type ..._diffrn_detector.detector / _diffrn_detector.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type
改定 2.02025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiostrepton
B: Thiostrepton
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,64116
ポリマ－3,6122
非ポリマー1,02914
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)21.394, 22.870, 22.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.45, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Thiostrepton / Alaninamide / Bryamycin / Gargon / Thiactin


タイプ: Thiopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1805.985 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 56-72 / 由来タイプ: 天然
詳細: Thiostrepton is a hetrocyclic thiopeptide belonging to the thiocillin family, consisting of four thiazole, one thiozoline and one piperideine rings. A modified quinoline linked to main-chain ...詳細: Thiostrepton is a hetrocyclic thiopeptide belonging to the thiocillin family, consisting of four thiazole, one thiozoline and one piperideine rings. A modified quinoline linked to main-chain residue 1 and side-chain of residue 12. Post translational maturation of thiazole and oxazole containing antibiotics involves the enzymic condensation of a Cys or Ser with the alpha-carbonyl of the preceding amino acid to form a thioether or ether bond, then dehydration to form a double bond with the alpha-amino nitrogen. Thiazoline or oxazoline ring are dehydrogenated to form thiazole or oxazole rings. the pyridinyl involves the cross-linking of a Ser and a Cys-Ser pair usually separated by 7 or 8 residues along the peptide chain. The Ser residues are dehydrated to didehydroalanines, then bonded between their beta carbons. The alpha carbonyl of the Cys condenses with alpha carbon of the first Ser to form a pyridinyl ring. The ring may be mutiply dehydrogenated to form a pyridine ring with loss of the amino nitrogen of the first Ser. The amidation of Ser-17 probably does not occur by the same mechanism, oxidative cleavage of glycine, as in eukaryotes.
由来: (天然) Streptomyces azureus (バクテリア) / 株: MST-AS4632 / 参照: UniProt: P0C8P8, THIOSTREPTON
#2: 化合物
ChemComp-DMF / DIMETHYLFORMAMIDE / ジメチルホルムアミド


分子量: 73.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO
#3: 化合物
ChemComp-ETZ / diethyl ether / ジエチルエ-テル


分子量: 74.122 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THIOSTREPTON IS A MEMBER OF A SULPHUR-RICH HETEROCYCLIC PEPTIDES CLASS. ALL SHARE A MACROCYLIC ...THIOSTREPTON IS A MEMBER OF A SULPHUR-RICH HETEROCYCLIC PEPTIDES CLASS. ALL SHARE A MACROCYLIC CORE, CONSISTING OF A NITROGEN CONTAINING, SIX-MEMBERED RING CENTRAL TO DEHYDROAMINO ACIDS AND A SUBSET OF FIVE MEMBER RING STRUCTURES INCLUDING THIAZOLES, THIAZOLINES AND OXAZOLES. HERE, THIOSTREPTON IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES)
Has protein modificationY
配列の詳細A MODIFIED QUINOLINE QUA LINKED TO THE MAIN-CHAIN OF ILE 2 AND THE SIDE-CHAIN OF THR 13. BB9 14 ...A MODIFIED QUINOLINE QUA LINKED TO THE MAIN-CHAIN OF ILE 2 AND THE SIDE-CHAIN OF THR 13. BB9 14 INCLUDES HYDROGEN ATOM H6, THE DEHYDROPIPERIDINE CORE HYDROGEN POSITION AT THE SIX MEMBER RING SYSTEM AMONG SER 6, BB9 14 AND MH6 15.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 16.88 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: DIMETHYLFORMAMID, DIETHYLETHER, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.65
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.65 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.64→50 Å / Num. obs: 72903 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 3.61 % / Rmerge(I) obs: 0.0505 / Net I/σ(I): 16.88
反射 シェル解像度: 0.64→0.65 Å / 冗長度: 0.67 % / Rmerge(I) obs: 0.1457 / Mean I/σ(I) obs: 3.46 / % possible all: 46.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: SHELXS/DIRECT-METHODS / 解像度: 0.64→50 Å / 交差検証法: LEAST SQUARES / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rwork0.0678 --
all0.0756 72903 -
obs0.0678 62211 91 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.64→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数228 0 70 2 300

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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