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万見
- PDB-4hod: Crystal structure of LeuT-E290S with bound Cl -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hod
タイトルCrystal structure of LeuT-E290S with bound Cl
要素Transporter
キーワードMEMBRANE PROTEIN / membrane transporter / leucine transporter / leucine
機能・相同性Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile. / sodium ion transmembrane transport / plasma membrane / LEUCINE / Na(+):neurotransmitter symporter (Snf family)
機能・相同性情報
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Kantcheva, A.K. / Quick, M. / Shi, L. / Winther, A.M.L. / Stolzenberg, S. / Weinstein, H. / Javitch, J.A. / Nissen, P.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: The chloride binding site of Neurotransmitter Sodium Symporters
著者: Kantcheva, A.K. / Quick, M. / Shi, L. / Winther, A.M.L. / Stolzenberg, S. / Weinstein, H. / Javitch, J.A. / Nissen, P.
履歴
登録2012年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.name
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,24310
ポリマ－57,5691
非ポリマー1,6749
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Transporter
ヘテロ分子

A: Transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,48720
ポリマ－115,1382
非ポリマー3,34918
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area2430 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area37220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.580, 87.480, 80.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.00, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Transporter / Leucine transporter


分子量: 57568.805 Da / 分子数: 1 / 変異: E290S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: snf, aq_2077 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O67854
#2: 化合物 ChemComp-LEU / LEUCINE / ロイシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO2
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 糖
ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.1 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1-0.2M NaCl, 16-23% PEG 550 MME, 0.1 M Hepes, pH 7.0, 1mM Leu, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンMAX II I911-310.9191
シンクロトロンESRF ID23-120.8726
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2007年12月8日
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2008年12月7日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-IDモノクロメーター
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1horizontally diffracting Si (111) crystal
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91911
20.87261
反射解像度: 3.3→60 Å / Num. all: 9255 / Num. obs: 9091 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 3.3→3.4 Å / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345ccdデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.3→47.622 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.814 / SU ML: 0.9 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 25.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2541 677 7.5 %random
Rwork0.1903 ---
all0.268 9091 --
obs0.1952 9028 97.58 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.27 Å / VDWプローブ半径: 0.6 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 72.59 Å2 / ksol: 0.324 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 185.29 Å2 / Biso mean: 98.4842 Å2 / Biso min: 60.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--32.9562 Å2-0 Å2-5.8432 Å2
2---40.4315 Å2-0 Å2
3----49.4497 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→47.622 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4041 0 112 0 4153
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094287
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8615837
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.4041553
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06667
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004694
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.3003-3.5550.27561350.2236167499
3.555-3.91260.27671370.189168899
3.9126-4.47840.24911380.1736169699
4.4784-5.64090.22251360.1635168399
5.6409-47.62670.2591310.2124161092

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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