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万見
- PDB-4hno: High resolution crystal structure of DNA Apurinic/apyrimidinic (A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hno
タイトルHigh resolution crystal structure of DNA Apurinic/apyrimidinic (AP) endonuclease IV Nfo from Thermatoga maritima
要素Probable endonuclease 4
キーワードHYDROLASE / endonuclease 4 / endodeoxyribonuclease IV / endo IV / nfo / metalloprotein / DNA damage / DNA repair / base excision repair
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyribonuclease IV / deoxyribonuclease IV (phage-T4-induced) activity / phosphoric diester hydrolase activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / base-excision repair / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
AP endonucleases family 2 signature 1. / AP endonucleases family 2 signature 2. / AP endonuclease 2, zinc binding site / AP endonucleases family 2 signature 3. / AP endonucleases family 2 profile. / AP endonuclease 2 / AP endonuclease family 2 / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel ...AP endonucleases family 2 signature 1. / AP endonucleases family 2 signature 2. / AP endonuclease 2, zinc binding site / AP endonucleases family 2 signature 3. / AP endonucleases family 2 profile. / AP endonuclease 2 / AP endonuclease family 2 / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Probable endonuclease 4
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.9194 Å
データ登録者Shin, D.S. / Hosfield, D.J. / Arvai, A.S. / Tsutakawa, S.E. / Tainer, J.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Conserved Structural Chemistry for Incision Activity in Structurally Non-homologous Apurinic/Apyrimidinic Endonuclease APE1 and Endonuclease IV DNA Repair Enzymes.
著者: Tsutakawa, S.E. / Shin, D.S. / Mol, C.D. / Izumi, T. / Arvai, A.S. / Mantha, A.K. / Szczesny, B. / Ivanov, I.N. / Hosfield, D.J. / Maiti, B. / Pique, M.E. / Frankel, K.A. / Hitomi, K. / ...著者: Tsutakawa, S.E. / Shin, D.S. / Mol, C.D. / Izumi, T. / Arvai, A.S. / Mantha, A.K. / Szczesny, B. / Ivanov, I.N. / Hosfield, D.J. / Maiti, B. / Pique, M.E. / Frankel, K.A. / Hitomi, K. / Cunningham, R.P. / Mitra, S. / Tainer, J.A.
履歴
登録2012年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月13日Group: Database references
改定 1.22013年4月10日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable endonuclease 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,22411
ポリマ－32,5511
非ポリマー67310
水7,692427
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.370, 123.370, 35.395
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Probable endonuclease 4 / Endodeoxyribonuclease IV / Endonuclease IV


分子量: 32550.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: nfo, TM_0362 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WYJ7, deoxyribonuclease IV

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非ポリマー , 7種, 437分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 427 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.42 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 100 mM Tris-HCl pH 9.0, 4 mM DTT, 1.5% saturated MgSO4, 16% ethylene glycol, 20% mPEG2K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.78 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年7月15日
放射モノクロメーター: MIRRORS POLAR 0.000 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.78 Å / 相対比: 1
ReflectionAv σ(I) over netI: 26.51 / 数: 582465 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Χ2: 1.21 / D res high: 0.92 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 204938 / % possible obs: 95.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squared
2.113096.610.0441.203
1.672.1197.710.0561.201
1.461.6799.410.0981.251
1.331.4698.810.1361.24
1.231.3395.310.061.649
1.161.2395.810.0741.547
1.11.1696.410.0891.387
1.051.196.610.1181.215
1.011.0596.710.1671.051
0.981.0195.410.2420.95
0.950.9893.810.3240.874
0.920.9588.610.420.799
反射解像度: 0.9194→30 Å / Num. all: 213629 / Num. obs: 204938 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 5 / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 2.84 % / Biso Wilson estimate: 26.5 Å2 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
0.9194-0.950.42188.6
0.95-0.980.324193.8
0.98-1.010.242195.4
1.01-1.050.167196.7
1.05-1.10.118196.6
1.1-1.160.089196.4
1.16-1.230.074195.8
1.23-1.330.06195.3
1.33-1.460.136198.8
1.46-1.670.098199.4
1.67-2.110.056197.7
2.11-300.044196.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 0.52 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.241
最高解像度最低解像度
Translation4.5 Å8 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR2.1位相決定
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QTW

1qtw


解像度: 0.9194→24.511 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.12 / SU ML: 0.06 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 11.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.139 10253 5 %
Rwork0.1248 --
obs0.1255 204917 95.92 %
all-204931 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 17.0195 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.9194→24.511 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2267 0 27 427 2721
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0172475
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3113352
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.775961
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08349
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008431
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
0.9194-0.92980.23962880.21965717X-RAY DIFFRACTION84
0.9298-0.94080.21953150.19726078X-RAY DIFFRACTION91
0.9408-0.95230.18813130.1786184X-RAY DIFFRACTION92
0.9523-0.96430.17833370.17146337X-RAY DIFFRACTION94
0.9643-0.9770.17743210.1616341X-RAY DIFFRACTION94
0.977-0.99040.16533420.15546415X-RAY DIFFRACTION96
0.9904-1.00450.15733190.14746459X-RAY DIFFRACTION95
1.0045-1.01950.14943330.13586473X-RAY DIFFRACTION96
1.0195-1.03550.14983310.12556517X-RAY DIFFRACTION96
1.0355-1.05240.12933330.11846537X-RAY DIFFRACTION97
1.0524-1.07060.13453720.11136456X-RAY DIFFRACTION96
1.0706-1.090.12193470.1046473X-RAY DIFFRACTION97
1.09-1.1110.10953490.10336539X-RAY DIFFRACTION96
1.111-1.13370.11413620.09816480X-RAY DIFFRACTION97
1.1337-1.15830.11483340.09466497X-RAY DIFFRACTION96
1.1583-1.18530.11073720.09746459X-RAY DIFFRACTION96
1.1853-1.21490.11883590.16470X-RAY DIFFRACTION96
1.2149-1.24780.10713180.09766447X-RAY DIFFRACTION95
1.2478-1.28450.11513290.16451X-RAY DIFFRACTION95
1.2845-1.32590.1143270.09996434X-RAY DIFFRACTION95
1.3259-1.37330.11863330.16606X-RAY DIFFRACTION98
1.3733-1.42830.11593840.10016719X-RAY DIFFRACTION100
1.4283-1.49330.12133550.09816750X-RAY DIFFRACTION100
1.4933-1.5720.1113470.10136741X-RAY DIFFRACTION100
1.572-1.67050.14783140.11876793X-RAY DIFFRACTION99
1.6705-1.79940.13523660.12436643X-RAY DIFFRACTION98
1.7994-1.98050.14613370.1226661X-RAY DIFFRACTION97
1.9805-2.26690.13293630.12116592X-RAY DIFFRACTION97
2.2669-2.85530.14363880.12756778X-RAY DIFFRACTION99
2.8553-24.51980.15993650.15516617X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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