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- PDB-4hnj: Crystallographic structure of BCL-xL domain-swapped dimer in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hnj
タイトルCrystallographic structure of BCL-xL domain-swapped dimer in complex with PUMA BH3 peptide at 2.9A resolution
要素
  • Bcl-2-binding component 3
  • Bcl-2-like protein 1
キーワードApoptosis/PROTEIN BINDING / BCL2-family / domain-swapped dimer / apoptosis regulation / BCL-xL (Bcl-xL) / PUMA / Apoptosis-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of growth / positive regulation of fibroblast apoptotic process / apoptotic process in bone marrow cell / T cell apoptotic process / The NLRP1 inflammasome / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / dendritic cell apoptotic process / dendritic cell proliferation ...positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of growth / positive regulation of fibroblast apoptotic process / apoptotic process in bone marrow cell / T cell apoptotic process / The NLRP1 inflammasome / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / dendritic cell apoptotic process / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of execution phase of apoptosis / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity / 受精 / positive regulation of thymocyte apoptotic process / regulation of mitochondrial membrane permeability / negative regulation of protein localization to plasma membrane / regulation of growth / fibroblast apoptotic process / execution phase of apoptosis / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / Bcl-2 family protein complex / FOXO-mediated transcription of cell death genes / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / response to cycloheximide / cellular response to alkaloid / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / hepatocyte apoptotic process / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / BH3 domain binding / germ cell development / apoptotic mitochondrial changes / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / negative regulation of anoikis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / ovarian follicle development / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / response to endoplasmic reticulum stress / intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of autophagy / release of cytochrome c from mitochondria / regulation of cytokinesis / regulation of mitochondrial membrane potential / epithelial cell proliferation / response to cytokine / cellular response to ionizing radiation / determination of adult lifespan / apoptotic signaling pathway / cellular response to amino acid stimulus / positive regulation of protein-containing complex assembly / cellular response to gamma radiation / synaptic vesicle membrane / エンドサイトーシス / RAS processing / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / male gonad development / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of neuron apoptotic process / cellular response to hypoxia / 精子形成 / 核膜 / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / neuron apoptotic process / defense response to virus / in utero embryonic development / mitochondrial outer membrane / negative regulation of neuron apoptotic process / ミトコンドリア内膜 / ミトコンドリアマトリックス / protein heterodimerization activity / 中心体 / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / 小胞体 / protein homodimerization activity / ミトコンドリア / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Bcl-2-binding component 3 / Bcl-2-binding component 3, p53 upregulated modulator of apoptosis / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 ...Bcl-2-binding component 3 / Bcl-2-binding component 3, p53 upregulated modulator of apoptosis / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2ファミリー / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Bcl2-like / Bcl-2ファミリー / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Bcl-2-like protein 1 / Bcl-2-binding component 3, isoforms 1/2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Fisher, J.C. / Yun, M.K. / White, S.W.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: PUMA binding induces partial unfolding within BCL-xL to disrupt p53 binding and promote apoptosis.
著者: Follis, A.V. / Chipuk, J.E. / Fisher, J.C. / Yun, M.K. / Grace, C.R. / Nourse, A. / Baran, K. / Ou, L. / Min, L. / White, S.W. / Green, D.R. / Kriwacki, R.W.
履歴
登録2012年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月6日Group: Database references
改定 1.22013年3月6日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bcl-2-like protein 1
B: Bcl-2-like protein 1
C: Bcl-2-binding component 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3933
ポリマ－50,3933
非ポリマー00
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.829, 94.829, 111.542
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number93
Space group name H-MP4222

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要素

#1: タンパク質 Bcl-2-like protein 1 / / Bcl2-L-1 / Apoptosis regulator Bcl-X


分子量: 23669.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2L1, BCL2L, BCLX / プラスミド: pET-28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q07817
#2: タンパク質・ペプチド Bcl-2-binding component 3 / JFY-1 / p53 up-regulated modulator of apoptosis


分子量: 3053.326 Da / 分子数: 1 / Fragment: BH3 domain peptide / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BXH1
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.56 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.2 M CaCl2, 0.1 M NaOAc, 20% V/V isopropanol, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月21日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 11798 / Num. obs: 11326 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 1.34 / Observed criterion σ(I): 1.34 / 冗長度: 21.7 % / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 38.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allDiffraction-ID% possible all
2.9-38.8788168.9
3-3.129.81039190.4
3.12-3.2712.71150199.4
3.27-3.6520.423171100
3.65-4.9628.335171100
4.96-5026.72515199.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345データ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1R2D

1r2d


解像度: 2.9→42.878 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7923 / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2536 542 4.82 %RANDOM
Rwork0.2057 ---
obs0.2079 11256 95.49 %-
all-11788 --
溶媒の処理減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 68.845 Å2 / ksol: 0.339 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 197.81 Å2 / Biso mean: 93.8646 Å2 / Biso min: 34.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.0736 Å20 Å2-0 Å2
2--9.0736 Å2-0 Å2
3----18.1471 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→42.878 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2330 0 0 4 2334
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042381
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7753221
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05341
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002416
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.017824
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9-3.19560.36171370.27632253239083
3.1956-3.65770.21791290.192745287499
3.6577-4.60750.21881390.153827722911100
4.6075-42.88290.26431370.23182944308199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7994-0.89120.57711.5291-0.14843.15770.30420.21920.1363-0.211-0.08430.1449-0.3285-0.3133-0.20680.47580.10670.02880.4124-0.00520.408142.17974.0749-13.7386
23.0632-0.53030.16573.27140.12872.5659-0.3395-0.40890.2832-0.4812-0.2171-0.1514-0.520.60890.08890.55940.3216-0.06330.66740.02390.425732.050926.2863-28.7465
34.5473.53644.51063.43713.42584.4945-0.1767-0.52111.01730.1637-0.12610.5425-0.4536-0.69680.74990.6390.38810.0480.99740.00730.749224.896616.6157-12.3952
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN AA-1 - 196
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN BB-1 - 195
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN CC302 - 323

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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