PDB-4hnb: Crystal Structure of Rhodobacter Sphaeroides LOV protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hnb

タイトル

Crystal Structure of Rhodobacter Sphaeroides LOV protein

要素

LOV protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / LOV PAS HTH / signaling

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.34 Å

データ登録者

Crane, B.R. / Conrad, K.S. / Bilwes, A.M.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Light-induced subunit dissociation by a light-oxygen-voltage domain photoreceptor from Rhodobacter sphaeroides.
著者: Conrad, K.S. / Bilwes, A.M. / Crane, B.R.

履歴

登録	2012年10月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年1月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年5月22日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hnb.cif.gz	83.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hnb.ent.gz	63.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hnb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hn/4hnb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hn/4hnb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4hiaC 4hj3C 4hj4C 4hj6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4hj3-d 4hj6-d 4hj4-d 4hia-d 3zn5-2 5itq-d 4avb-1 5v7b-d 5x9y-2 4lmp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (1) #207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (1)

登録構造単位

A: LOV protein

B: LOV protein

ヘテロ分子

40 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: LOV protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: LOV protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.346, 109.346, 85.479
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	LOV protein 分子量: 19531.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) 株: ATCC 17025 / 遺伝子: Rhodobacter sphaeroides / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: M1E1F8*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE 分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-FNR / 1-DEOXY-1-(7,8-DIMETHYL-2,4-DIOXO-3,4-DIHYDRO-2H-BENZO[G]PTERIDIN-1-ID-10(5H)-YL)-5-O-PHOSPHONATO-D-RIBITOL / TWO ELECTRON REDUCED FLAVIN MONONUCLEOTIDE 分子量: 458.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₃N₄O₉P
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.43 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES, 4.3 M NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.34→38.956 Å / Num. obs: 21851 / % possible obs: 88.7 % / 冗長度: 3.6 %
反射シェル	解像度: 2.34→2.38 Å / % possible all: 93.1

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
HKL-2000	データ収集
CNS	精密化
HKL-2000	データ削減
HKL-2000	データスケーリング
CNS	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.34→38.956 Å

	R_factor	反射数	Selection details
R_free	0.244	1991	random
R_work	0.204	-	-
obs	0.2075	21827	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.34→38.956 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2743	0	62	75	2880

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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