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- PDB-4hmw: Crystal structure of PhzG from Burkholderia lata 383 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hmw
タイトルCrystal structure of PhzG from Burkholderia lata 383
要素Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / apo structure
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydrophenazinedicarboxylate synthase / pyridoxamine phosphate oxidase activity / phenazine biosynthetic process / pyridoxine biosynthetic process / FMN binding
類似検索 - 分子機能
: / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase / Pyridoxine 5'-phosphate oxidase, dimerisation, C-terminal / Pyridoxine 5'-phosphate oxidase C-terminal dimerisation region / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase, putative / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / FMN-binding split barrel / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Dihydrophenazinedicarboxylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.53 Å
データ登録者Xu, N.N. / Ahuja, E.G. / Blankenfeldt, W.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Trapped intermediates in crystals of the FMN-dependent oxidase PhzG provide insight into the final steps of phenazine biosynthesis
著者: Xu, N. / Ahuja, E.G. / Janning, P. / Mavrodi, D.V. / Thomashow, L.S. / Blankenfeldt, W.
履歴
登録2012年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase
B: Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3614
ポリマ－48,4482
非ポリマー9132
水9,764542
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7180 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area17630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.416, 94.416, 51.751
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase


分子量: 24224.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Burkholderia (バクテリア) / 株: 383 / 遺伝子: Bcep18194_B1572 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 pLysS / 参照: UniProt: Q396C5, pyridoxal 5'-phosphate synthase
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 542 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.25 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 16-20% (w/v) PEG 3350, 0.1 M trisodium citrate, pH 5.2-5.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K
PH範囲: 5.2-5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99988 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月11日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99988 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.53→47 Å / Num. obs: 77682

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOLREP位相決定
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XSCALEデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.53→43.729 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.07 / SU ML: 0.17 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 18.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1788 3880 5 %
Rwork0.1329 --
obs0.1352 77651 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 81.01 Å2 / Biso mean: 29.2727 Å2 / Biso min: 8.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.53→43.729 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3220 0 62 542 3824
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0123496
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.364797
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.098519
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007620
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6371329
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.53-1.54870.30641460.259926472793100
1.5487-1.56830.3221310.254526622793100
1.5683-1.58890.28691520.242826432795100
1.5889-1.61070.30121340.24526402774100
1.6107-1.63370.26521400.219926492789100
1.6337-1.65810.27571130.217226512764100
1.6581-1.6840.28131450.215426402785100
1.684-1.71160.32281350.2126812816100
1.7116-1.74110.25081150.189125782693100
1.7411-1.77280.2331240.17127112835100
1.7728-1.80690.23631310.162426072738100
1.8069-1.84380.21251470.150826542801100
1.8438-1.88380.18331300.14352620275099
1.8838-1.92770.21731370.1422623276098
1.9277-1.97590.19091380.136426252763100
1.9759-2.02930.19431580.128625982756100
2.0293-2.0890.18881350.12222602273798
2.089-2.15640.15911430.117326632806100
2.1564-2.23350.1621420.108926342776100
2.2335-2.32290.17711330.1122568270199
2.3229-2.42860.15391600.103726042764100
2.4286-2.55670.14011360.104226962832100
2.5567-2.71680.18371380.11612615275399
2.7168-2.92660.16451430.123426232766100
2.9266-3.2210.17191370.120326382775100
3.221-3.68690.14031510.114526312782100
3.6869-4.64420.13921460.100526412787100
4.6442-43.74650.15641400.136626272767100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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