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- PDB-4hl4: Crystal structure of the human TBC1D20 RabGAP domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hl4
タイトルCrystal structure of the human TBC1D20 RabGAP domain
要素TBC1 domain family member 20
キーワードHYDROLASE ACTIVATOR / Tbc / RabGAP / Rab1b / Catalytic Domain / Fluorides / GTPase-Activating Proteins / Rab GTP-Binding Protein / GTP Hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


acrosome assembly / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / COPII-coated vesicle cargo loading / positive regulation by host of viral genome replication / lens fiber cell morphogenesis / lipid droplet organization / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / TBC/RABGAPs / COPII-mediated vesicle transport / seminiferous tubule development ...acrosome assembly / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / COPII-coated vesicle cargo loading / positive regulation by host of viral genome replication / lens fiber cell morphogenesis / lipid droplet organization / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / TBC/RABGAPs / COPII-mediated vesicle transport / seminiferous tubule development / virion assembly / Golgi organization / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / GTPase activator activity / positive regulation of GTPase activity / small GTPase binding / nuclear membrane / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #1310 / GTPase-activating protein TBC20/Gyp8-like / Ypt/Rab-GAP domain of gyp1p, domain 3 / Domain in Tre-2, BUB2p, and Cdc16p. Probable Rab-GAPs. / Rab-GTPase-TBC domain / Rab-GTPase-TBC domain superfamily / Rab-GTPase-TBC domain / TBC/rab GAP domain profile. / Cyclin A; domain 1 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 ...Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #1310 / GTPase-activating protein TBC20/Gyp8-like / Ypt/Rab-GAP domain of gyp1p, domain 3 / Domain in Tre-2, BUB2p, and Cdc16p. Probable Rab-GAPs. / Rab-GTPase-TBC domain / Rab-GTPase-TBC domain superfamily / Rab-GTPase-TBC domain / TBC/rab GAP domain profile. / Cyclin A; domain 1 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / TBC1 domain family member 20
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Gazdag, E.M. / Gavriljuk, K. / Itzen, A. / Koetting, C. / Gerwert, K. / Goody, R.S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Catalytic mechanism of a mammalian Rab-RabGAP complex in atomic detail.
著者: Gavriljuk, K. / Gazdag, E.M. / Itzen, A. / Kotting, C. / Goody, R.S. / Gerwert, K.
履歴
登録2012年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TBC1 domain family member 20
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8744
ポリマ－33,6901
非ポリマー1843
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.550, 73.550, 113.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 TBC1 domain family member 20


分子量: 33689.727 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 14-305 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TBC1D20, C20orf140 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96BZ9
#2: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.03 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1M sodium acetate pH 4.5, 0.8M di-potassium hydrogen phospate, 0.8M sodium dihydrogen phosphate, 0.025M beryllium fluoride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSLS X10SA10.9793
シンクロトロンSLS X10SA20.9786
検出器
タイプID検出器日付
PSI PILATUS 6M1PIXEL2011年10月9日
PSI PILATUS 6M2PIXEL2011年10月30日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111) CHANNELSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111) CHANNELSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
20.97861
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 18695 / Num. obs: 18508 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
SOLVE位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→42.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 12.531 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / ESU R: 0.237 / ESU R Free: 0.19 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23489 926 5 %RANDOM
Rwork0.20259 ---
obs0.20425 17582 100 %-
all-18508 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 64.211 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.34 Å21.67 Å20 Å2
2--3.34 Å20 Å2
3----5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→42.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2220 0 12 45 2277
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0222301
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8671.9713138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5425285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.73223.868106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.94815375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg26.611514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2358
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211759
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1421.51421
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.03222294
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1443880
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8834.5841
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 66 -
Rwork0.215 1255 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -30.3498 Å / Origin y: 1.5934 Å / Origin z: 17.7047 Å
111213212223313233
T0.1237 Å20.1277 Å20.0218 Å2-0.1859 Å20.026 Å2--0.192 Å2
L0.7603 °20.0964 °2-0.1423 °2-2.395 °2-0.5405 °2--3.6174 °2
S0.075 Å °0.1339 Å °0.0046 Å °-0.3063 Å °-0.1935 Å °-0.1852 Å °-0.0007 Å °0.3398 Å °0.1185 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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