[日本語] English
万見
- PDB-4hl0: Crystal structure of full-length Toxascaris leonina galectin -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hl0
タイトルCrystal structure of full-length Toxascaris leonina galectin
要素galectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Carbohydrate Recognition Domain / Galectin / a regulatory molecule / the host immune system
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Galactoside-binding lectin / Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Toxascaris leonina (ゆうえんかいちゅう)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Jeong, M.S.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structure of full-length Toxascaris leonina galectin with two carbohydrate-recognition domains.
著者: Jeong, M.S. / Hwang, H.G. / Yu, H.S. / Jang, S.B.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: X-ray structures of human galectin-9 C-terminal domain in complexes with a biantennary oligosaccharide and sialyllactose.
著者: Yoshida, H. / Teraoka, M. / Nishi, N. / Nakakita, S. / Nakamura, T. / Hirashima, M. / Kamitori, S.
履歴
登録2012年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月30日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: galectin
B: galectin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,9912
ポリマ－62,9912
非ポリマー00
水7,981443
1
A: galectin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4951
ポリマ－31,4951
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: galectin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4951
ポリマ－31,4951
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.573, 82.827, 122.987
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 galectin


分子量: 31495.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxascaris leonina (ゆうえんかいちゅう)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F1KZZ8*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 443 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細A SEQUENCE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 10% 2-propanol, 0.1M MES buffer pH 6.0, 0.2M Ca(OAc)2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6B / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月19日
放射モノクロメーター: Cu FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 97056 / Num. obs: 54560 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Mean I/σ(I) obs: 25.7 / Num. unique all: 97056 / Rsym value: 0.102 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→30 Å / σ(F): 1 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.293 2595 RANDOM
Rwork0.254 --
all0.293 51779 -
obs0.254 49184 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4452 0 0 443 4895
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.03 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 2592 -
Rwork0.254 --
obs-49184 99.3 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る