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- PDB-4hj1: Crystal structure of glycoprotein C from Rift Valley Fever Virus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hj1
タイトルCrystal structure of glycoprotein C from Rift Valley Fever Virus (glycosylated)
要素ENVELOPE GLYCOPROTEIN
キーワードVIRAL PROTEIN / Class II fusion protein / membrane fusion / viral envelope
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell mitochondrial outer membrane / symbiont-mediated perturbation of host apoptosis / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1 - #50 / Immunoglobulin-like - #3770 / Phlebovirus nonstructural NS-M / M polyprotein precursor, phlebovirus / Phlebovirus nonstructural protein NS-M / Phlebovirus glycoprotein G1 / Phlebovirus glycoprotein G1 / Phlebovirus glycoprotein G2, fusion domain / Phlebovirus glycoprotein G2, C-terminal domain / Phlebovirus glycoprotein G2 fusion domain ...Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1 - #50 / Immunoglobulin-like - #3770 / Phlebovirus nonstructural NS-M / M polyprotein precursor, phlebovirus / Phlebovirus nonstructural protein NS-M / Phlebovirus glycoprotein G1 / Phlebovirus glycoprotein G1 / Phlebovirus glycoprotein G2, fusion domain / Phlebovirus glycoprotein G2, C-terminal domain / Phlebovirus glycoprotein G2 fusion domain / Phlebovirus glycoprotein G2 C-terminal domain / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1 / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelopment polyprotein / Envelopment polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Rift Valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Dessau, M. / Modis, Y.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of glycoprotein C from Rift Valley fever virus.
著者: Dessau, M. / Modis, Y.
履歴
登録2012年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月30日Group: Database references
改定 1.22013年2月13日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENVELOPE GLYCOPROTEIN
B: ENVELOPE GLYCOPROTEIN
C: ENVELOPE GLYCOPROTEIN
D: ENVELOPE GLYCOPROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,28922
ポリマ－187,8114
非ポリマー5,47818
水16,880937
1
A: ENVELOPE GLYCOPROTEIN
B: ENVELOPE GLYCOPROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,25810
ポリマ－93,9052
非ポリマー2,3528
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6590 Å2
ΔGint19 kcal/mol
Surface area40820 Å2
手法PISA
2
C: ENVELOPE GLYCOPROTEIN
D: ENVELOPE GLYCOPROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,03112
ポリマ－93,9052
非ポリマー3,12610
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7930 Å2
ΔGint30 kcal/mol
Surface area41000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.680, 56.370, 140.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.55, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
ENVELOPE GLYCOPROTEIN / GP / M polyprotein / Non-structural protein NSm / Glycoprotein G1 / Glycoprotein G2


分子量: 46952.684 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rift Valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス)
発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: A2T075, UniProt: P03518*PLUS

-
糖 , 4種, 8分子

#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4) ...beta-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2-2/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][b-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...beta-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-3[DManpb1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2-2-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{}[(6+1)][b-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 947分子

#6: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 937 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.27 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 18% PEG 5000 MME, 0.1 M MES, O.1 M Ammonium sulfate, 5% glycerol, 1.8 mM UDM, pH 6.2, vapor diffusion, hanging drop, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→139.27 Å / Num. all: 158163 / Num. obs: 154051 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 146309 / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.9-1.950.011.4185.6
1.95-20.011.9195.3
2-2.10.012.8199.7
2.1-2.20.013.74199.5
2.2-2.30.014.65198.1
2.3-2.50.016.37199.4
2.5-30.0110.69198.8
3-40.0120.85198
4-50.0128.35197.7
5-60.0127.13195.5
6-70.0127.41197
7-100.0130.18196.2
10-200.0132.07195.6
20-250.0130.32197.4

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCデータ収集
XDCデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→29.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 9.898 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25464 7722 5 %RANDOM
Rwork0.21406 ---
obs0.21606 146309 97.33 %-
all-158163 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.74 Å2-0 Å21.92 Å2
2--0.39 Å2-0 Å2
3---1.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13047 0 357 937 14341
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01913771
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5081.97918660
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.30151731
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.78824.276580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.624152250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1511580
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.140.22148
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02110176
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 489 -
Rwork0.339 9480 -
obs--85.3 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.25650.0115-0.16850.01470.01910.17-0.00340.03470.0204-0.0217-0.01320.0099-0.002-0.04130.01670.22150.0016-0.00970.15010.00660.1758178.04625.924962.6539
22.18010.1346-0.86750.0611-0.14690.5368-0.1509-0.0594-0.0778-0.0540.0718-0.04380.1235-0.06690.07910.0623-0.07580.02820.246-0.13190.1011129.97-10.240772.8416
31.4033-0.0481-0.43010.02980.03420.1595-0.0550.1128-0.04050.03690.0331-0.01420.02-0.0290.02190.10880.0479-0.0190.19210.07010.1823103.741221.4584137.0223
40.15570.0069-0.12080.0551-0.02720.108-0.00140.00140.01320.0468-0.0213-0.0087-0.01290.02240.02270.2001-0.0023-0.01160.1656-0.00130.176355.64237.2862146.1046
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A688 - 1118
2X-RAY DIFFRACTION2B688 - 1114
3X-RAY DIFFRACTION3C688 - 1117
4X-RAY DIFFRACTION4D688 - 1118

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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