[日本語] English
万見
- PDB-4hiv: Structure of actinomycin D d(ATGCGGCAT) complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hiv
タイトルStructure of actinomycin D d(ATGCGGCAT) complex
要素
  • ACTINOMYCIN D
  • DNA (5'-D(*AP*TP*GP*CP*GP*GP*CP*AP*T)-3')
キーワードDNA/ANTIBIOTIC / Double helix DNA / Nucleotide flipping-out / sharp kink / left-handed twist / CGG tripleat repeat / Neurological disease / DNA-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性Actinomycin D / : / DNA
機能・相同性情報
生物種Streptomyces antibioticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Lo, Y.S. / Tseng, W.H. / Hou, M.H.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: The structural basis of actinomycin D-binding induces nucleotide flipping out, a sharp bend and a left-handed twist in CGG triplet repeats.
著者: Lo, Y.S. / Tseng, W.H. / Chuang, C.Y. / Hou, M.H.
履歴
登録2012年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月15日Group: Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 3.02024年7月10日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / struct_conn
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.12024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*CP*GP*GP*CP*AP*T)-3')
B: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*CP*GP*GP*CP*AP*T)-3')
C: ACTINOMYCIN D
D: ACTINOMYCIN D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0954
ポリマ－8,0954
非ポリマー00
水2,396133
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.936, 86.936, 49.778
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-161-

HOH

-
要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*GP*CP*GP*GP*CP*AP*T)-3')


分子量: 2755.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質・ペプチド ACTINOMYCIN D


タイプ: Polypeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1291.446 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: ACTINOMYCIN D CONSISTS OF TWO PENTAMER RINGS LINKED BY THE CHROMOPHORE (PXZ)
由来: (天然) Streptomyces antibioticus (バクテリア)
参照: NOR: NOR00228, Actinomycin D
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ACTINOMYCIN D IS A BICYCLIC PEPTIDE, A MEMBER OF THE ACTINOMYCIN FAMILY. HERE, ACTINOMYCIN D IS ...ACTINOMYCIN D IS A BICYCLIC PEPTIDE, A MEMBER OF THE ACTINOMYCIN FAMILY. HERE, ACTINOMYCIN D IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES)
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.62 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 40mM sodium cacodylate, 3mM magnesium chloride, 5mM calcium chloride, 10mM spermine, 8% MPD, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.9062 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月13日
放射モノクロメーター: LN2-Cooled, Fixed-Exit Double Crystal Monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9062 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 4378 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.2 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 54.205
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.6-2.6913.84.111100
2.69-2.813.87.191100
2.8-2.9313.89.861100
2.93-3.0813.917.891100
3.08-3.2813.534.211100
3.28-3.5313.659.91100
3.53-3.8813.254.241100
3.88-4.4412.948.81100
4.44-5.5912.464.6199.7
5.59-3011.390.7198.8

-
解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化解像度: 2.6→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.29 181 RANDOM
Rwork0.26 --
obs0.26 4378 -
all-6495 -
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.299 Å21.151 Å20 Å2
2--1.299 Å20 Å2
3----2.598 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.42 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a-0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数180 366 0 133 679
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004705
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.408
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDRfactor Rfree error% reflection obs (%)
2.6-2.720.0940.42X-RAY DIFFRACTION0.0457.4
2.72-2.860.307100.349X-RAY DIFFRACTION0.09715.4
2.86-3.040.431120.302X-RAY DIFFRACTION0.12525.6
3.04-3.280.268310.305X-RAY DIFFRACTION0.04844.2
3.28-3.60.299410.279X-RAY DIFFRACTION0.04762.1
3.6-4.120.329530.303X-RAY DIFFRACTION0.04574.8
4.12-5.190.303850.28X-RAY DIFFRACTION0.03387.1
5.19-25.10.419880.437X-RAY DIFFRACTION0.04596

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る