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- PDB-5ytz: Crystal structure of echinomycin-d(ACGTCGT)2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ytz
タイトルCrystal structure of echinomycin-d(ACGTCGT)2 complex
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*TP*CP*GP*(UD))-3')
  • Echinomycin
キーワードANTIBIOTIC/DNA / Echinomycin / DNA intercalator / antibiotic / Echinomycin-DNA complex / mismatched base pairs / T-T mismatch / pyrimidine-pyrimidine base pairing / DNA mismatch repair (MMR) / non-canonical duplex structure / ANTIBIOTIC-DNA complex
機能・相同性Echinomycin / : / : / 2-CARBOXYQUINOXALINE / : / DNA
機能・相同性情報
生物種Streptomyces echinatus (バクテリア)
unidentified (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Hou, M.H. / Wu, P.C. / Kao, Y.F.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Cooperative recognition of T:T mismatch by echinomycin causes structural distortions in DNA duplex
著者: Wu, P.C. / Tzeng, S.L. / Chang, C.K. / Kao, Y.F. / Waring, M.J. / Hou, M.H.
履歴
登録2017年11月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_molecule_features / struct_ref
Item: _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_db_accession
改定 1.22018年9月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*TP*CP*GP*(UD))-3')
B: DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*TP*CP*GP*(UD))-3')
D: Echinomycin
F: Echinomycin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,82011
ポリマ－5,9754
非ポリマー8467
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5610 Å2
ΔGint14 kcal/mol
Surface area2470 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)41.759, 41.759, 138.415
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x,z+3/4
#3: y+1/2,-x,z+3/4
#4: x+1/2,-y,-z+3/4
#5: -x+1/2,y,-z+3/4
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1,x+1/2,z+5/4
#11: y+1,-x+1/2,z+5/4
#12: x+1,-y+1/2,-z+5/4
#13: -x+1,y+1/2,-z+5/4
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

MN

21B-101-

MN

31D-103-

K

41A-210-

HOH

51A-221-

HOH

61B-205-

HOH

71B-236-

HOH

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要素

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DNA鎖 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABDF

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*TP*CP*GP*(UD))-3')


分子量: 2178.280 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義)
#2: タンパク質・ペプチド Echinomycin


タイプ: Cyclic depsipeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 809.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: ECHINOMYCIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE. BICYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI, AND A THIOACETAL BOND BETWEEN RESIDUES 3 AND 7. THE TWO QUINOXALINE CHROMOPHORES ...詳細: ECHINOMYCIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE. BICYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI, AND A THIOACETAL BOND BETWEEN RESIDUES 3 AND 7. THE TWO QUINOXALINE CHROMOPHORES ARE LINKED TO THE D-SERINE RESIDUES, RESIDUES 1 AND 5.
由来: (天然) Streptomyces echinatus (バクテリア) / 参照: NOR: NOR01126, Echinomycin

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非ポリマー , 4種, 107分子

#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物
ChemComp-QUI / 2-CARBOXYQUINOXALINE / キノキサリン-2-カルボン酸


タイプ: Cyclic depsipeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 174.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H6N2O2
詳細: ECHINOMYCIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE. BICYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI, AND A THIOACETAL BOND BETWEEN RESIDUES 3 AND 7. THE TWO QUINOXALINE CHROMOPHORES ...詳細: ECHINOMYCIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE. BICYCLIZATION IS ACHIEVED BY LINKING THE N- AND THE C- TERMINI, AND A THIOACETAL BOND BETWEEN RESIDUES 3 AND 7. THE TWO QUINOXALINE CHROMOPHORES ARE LINKED TO THE D-SERINE RESIDUES, RESIDUES 1 AND 5.
参照: Echinomycin
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細THE ECHINOMYCIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE, A MEMBER OF THE QUINOXALINE CLASS OF ANTIBIOTICS. ...THE ECHINOMYCIN IS A BICYCLIC OCTADEPSIPEPTIDE, A MEMBER OF THE QUINOXALINE CLASS OF ANTIBIOTICS. HERE, ECHINOMYCIN IS REPRESENTED BY GROUPING TOGETHER THE SEQUENCE (SEQRES) AND TWO LIGANDS (HET) QUI.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20mM MES (pH 6.0), 10mM MgCl2, 2mM spermine 4HCl, 2% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 10mM MnSO4 and 10mM KBr by equilibrating against 500 ul of 30% MPD reservoir solution.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.92014 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92014 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→30 Å / Num. obs: 16665 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 17.3 % / Biso Wilson estimate: 9.93 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 0.141 / Num. unique obs: 908 / Rsym value: 0.141 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
Cootモデル構築
PHASER7.0.005位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3go3

3go3


解像度: 1.55→27.16 Å / SU ML: 0.139 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.383 / 位相誤差: 24.757
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 1649 9.895 %
Rwork0.206 --
obs0.209 16665 98.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 22.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→27.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数106 286 51 100 543
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008482
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.344680
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d34.649178
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07968
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00730
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5517-1.59740.27141200.24711112X-RAY DIFFRACTION87
1.5974-1.64890.28861360.23321220X-RAY DIFFRACTION95
1.6489-1.70780.23481410.21111240X-RAY DIFFRACTION100
1.7078-1.77620.25181310.24271281X-RAY DIFFRACTION100
1.7762-1.8570.23071440.20951270X-RAY DIFFRACTION100
1.857-1.95490.2521480.21661260X-RAY DIFFRACTION100
1.9549-2.07740.22981430.21361280X-RAY DIFFRACTION100
2.0774-2.23770.21861340.21281264X-RAY DIFFRACTION100
2.2377-2.46270.26441370.21181283X-RAY DIFFRACTION100
2.4627-2.81880.25131390.20781270X-RAY DIFFRACTION100
2.8188-3.55010.22221360.18471260X-RAY DIFFRACTION99
3.5501-27.16350.21391400.18841276X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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