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- PDB-4hin: 2.4A Resolution Structure of Bovine Cytochrome b5 (S71L) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hin
タイトル2.4A Resolution Structure of Bovine Cytochrome b5 (S71L)
要素Cytochrome b5
キーワードELECTRON TRANSPORT / CYTOCHROME B5 / HEME
機能・相同性
機能・相同性情報


Vitamin C (ascorbate) metabolism / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / mitochondrial outer membrane / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Flavocytochrome B2; Chain A, domain 1 / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain / Cytochrome b5, heme-binding site / Cytochrome b5 family, heme-binding domain signature. / Cytochrome b5 family, heme-binding domain profile. / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain superfamily / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain ...: / Flavocytochrome B2; Chain A, domain 1 / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain / Cytochrome b5, heme-binding site / Cytochrome b5 family, heme-binding domain signature. / Cytochrome b5 family, heme-binding domain profile. / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain superfamily / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome b5
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Lovell, S. / Battaile, K.P. / Parthasarathy, S. / Sun, N. / Terzyan, S. / Zhang, X. / Rivera, M. / Kuczera, K. / Benson, D.R.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 2.4A Resolution Structure of Bovine Cytochrome b5 (S71L)
著者: Parthasarathy, S. / Sun, N. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Terzyan, S. / Zhang, X. / Rivera, M. / Kuczera, K. / Benson, D.R.
履歴
登録2012年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome b5
B: Cytochrome b5
C: Cytochrome b5
D: Cytochrome b5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,72612
ポリマ－38,0064
非ポリマー2,7208
水64936
1
A: Cytochrome b5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1813
ポリマ－9,5011
非ポリマー6802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome b5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1813
ポリマ－9,5011
非ポリマー6802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cytochrome b5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1813
ポリマ－9,5011
非ポリマー6802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Cytochrome b5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1813
ポリマ－9,5011
非ポリマー6802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.530, 92.709, 48.990
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.110, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Cytochrome b5


分子量: 9501.460 Da / 分子数: 4 / 変異: S71L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: CYB5A, CYB5 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P00171
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 20% (w/v) PEG 8000, 100 mM Tris, 200 mM MgCl2, 10 mM CuCl2, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→92.71 Å / Num. all: 15234 / Num. obs: 15234 / % possible obs: 99.23 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.41 % / Rmerge(I) obs: 0.128 / Net I/σ(I): 7.8759
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique all% possible all
2.4-2.533.510.662.37792222199.5
2.53-2.683.480.527277209099.13
2.68-2.873.320.376532196698.98
2.87-3.13.420.296315184699.62
3.1-3.393.540.195977168799.61
3.39-3.793.340.125148154399.61
3.79-4.383.410.074611135299.18
4.38-5.373.290.063790115299.25
5.37-7.593.340.06294087998.38
7.59-92.713.20.04159249897.12

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.57 Å46.35 Å
Translation2.57 Å46.35 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALACCP4_3.3.16データスケーリング
MOLREP位相決定
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
JDirectorデータ収集
XDSデータ削減
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1EHB

1ehb


解像度: 2.4→46.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9172 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8874 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU R Cruickshank DPI: 0.422 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2451 761 5 %RANDOM
Rwork0.2086 ---
obs0.2104 15213 99.19 %-
all-15213 --
原子変位パラメータBiso max: 101 Å2 / Biso mean: 41.6801 Å2 / Biso min: 15.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.2211 Å20 Å2-4.5176 Å2
2---7.9199 Å20 Å2
3---9.141 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.332 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→46.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2600 0 176 36 2812
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1201SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes80HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes445HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2860HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion343SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3015SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2860HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3940HARMONIC21.01
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.34
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.84
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.57 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2912 149 5.42 %
Rwork0.2293 2602 -
all0.2326 2751 -
obs--99.19 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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