PDB-4hia: Crystal Structure of Rhodobacter Sphaeroides LOV protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hia

タイトル

Crystal Structure of Rhodobacter Sphaeroides LOV protein

要素

LOV protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / LOV / PAS / HTH

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.952 Å

データ登録者

Crane, B.R. / Conrad, K.S. / Bilwes, A.M.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Light-induced subunit dissociation by a light-oxygen-voltage domain photoreceptor from Rhodobacter sphaeroides.
著者: Conrad, K.S. / Bilwes, A.M. / Crane, B.R.

履歴

登録	2012年10月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年1月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年5月22日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hia.cif.gz	90.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hia.ent.gz	68.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hia.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4hia_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4hia_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	4hia_validation.xml.gz	19.2 KB	表示
CIF形式データ	4hia_validation.cif.gz	27.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/4hia ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/4hia	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4hj3C 4hj4C 4hj6C 4hnbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4hj6-d 4hj3-d 4hj4-d 3v5c-3 4ig9-3 1psw-d 3uh1-d 4hnb-d 3ops-2 1kkh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (1) #207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (1)

登録構造単位

A: LOV protein

B: LOV protein

ヘテロ分子

40.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.356, 73.183, 95.288
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	LOV protein 分子量: 19445.977 Da / 分子数: 2 / 変異: L32V / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) 株: ATCC 17025 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: M1E1F8*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.52 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9 詳細: LiSO4, 0.1 M HEPES, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CHESS

/ ビームライン: A1

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

相対比: 1

反射

解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 28328 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 13.8 % / R_merge(I) obs: 0.092 / Χ²: 0.966 / Net I/σ(I): 9.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.95-1.98	9.7	0.395	1265	0.638	1	90.9
1.98-2.02	11.2	0.362	1393	0.655	1	100
2.02-2.06	11.8	0.32	1387	0.674	1	100
2.06-2.1	12.5	0.269	1414	0.751	1	100
2.1-2.15	13.6	0.256	1386	0.771	1	100
2.15-2.2	14.6	0.234	1408	0.819	1	100
2.2-2.25	14.7	0.194	1399	0.932	1	100
2.25-2.31	14.7	0.184	1407	0.942	1	100
2.31-2.38	14.6	0.171	1415	0.947	1	100
2.38-2.46	14.7	0.147	1404	1.029	1	100
2.46-2.54	14.7	0.14	1409	1.029	1	100
2.54-2.65	14.6	0.124	1397	1.092	1	100
2.65-2.77	14.6	0.11	1425	1.163	1	100
2.77-2.91	14.6	0.098	1424	1.055	1	100
2.91-3.1	14.6	0.083	1417	1.11	1	100
3.1-3.33	14.5	0.073	1437	1.047	1	100
3.33-3.67	14.4	0.064	1457	1.115	1	100
3.67-4.2	14.3	0.058	1438	1.129	1	100
4.2-5.29	14.1	0.052	1474	1.074	1	100
5.29-50	13.1	0.048	1572	1.004	1	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.8_1069	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.952→47.644 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8664 / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2012	2000	7.08 %
R_work	0.173	-	-
obs	0.175	28265	99.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 115.73 Å² / B_iso mean: 22.6386 Å² / B_iso min: 7.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.952→47.644 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2736	0	82	332	3150

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2866
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.096	3882
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	406
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	518
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.744	1064

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9523-2.0011	0.2313	138	0.1763	1817	1955	98
2.0011-2.0552	0.2478	141	0.1782	1846	1987	100
2.0552-2.1157	0.2155	140	0.17	1846	1986	100
2.1157-2.184	0.2273	141	0.1667	1851	1992	100
2.184-2.262	0.191	142	0.1638	1860	2002	100
2.262-2.3526	0.219	141	0.1666	1854	1995	100
2.3526-2.4596	0.2148	142	0.1711	1861	2003	100
2.4596-2.5893	0.2417	141	0.1857	1860	2001	100
2.5893-2.7515	0.227	143	0.1865	1867	2010	100
2.7515-2.964	0.2256	142	0.1896	1874	2016	100
2.964-3.2622	0.2081	144	0.182	1891	2035	100
3.2622-3.734	0.1784	144	0.1612	1893	2037	100
3.734-4.7038	0.1357	147	0.1462	1921	2068	100
4.7038-47.6582	0.2102	154	0.1933	2024	2178	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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