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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4hi5 | ||||||
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タイトル | crystal structure of F37A mutant of borna disease virus matrix protein | ||||||
要素 | Matrix protein | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / VIRAL MATRIX PROTEIN / RNA BINDING / MEMBRANE BINDING / VIRUSES / SSRNA NEGATIVE-STRAND VIRUSES / MONONEGAVIRALES / BORNAVIRIDAE / BORNAVIRUS / VIRION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 virion component / host cell cytoplasm / structural constituent of virion / host cell plasma membrane / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Borna disease virus (ボルナ病ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å | ||||||
データ登録者 | Dautel, P. / Kolenko, P. / Stubbs, M.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Matrix protein variants provide support for alternative borna disease virus infection pathway 著者: Dautel, P. / Kolenko, P. / Stubbs, M.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4hi5.cif.gz | 41.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4hi5.ent.gz | 28.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4hi5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4hi5_validation.pdf.gz | 732.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4hi5_full_validation.pdf.gz | 733.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4hi5_validation.xml.gz | 7.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4hi5_validation.cif.gz | 8.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/4hi5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/4hi5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16201.722 Da / 分子数: 1 / 変異: F37A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Borna disease virus (ボルナ病ウイルス) 遺伝子: M / プラスミド: PMAL-C2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0C794 |
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#2: 化合物 | ChemComp-C5P / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.87 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1 詳細: 0.2 M MgCl2, 30% w/v PEG400, 0.1 M HEPES, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月10日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.6→70 Å / Num. obs: 2918 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.134 / Net I/σ(I): 13.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3F1J 解像度: 3.6→70 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.901 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.87 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.775 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. STRUCTURE SOLUTION AND REFINEMENT WERE PERFORMED USING FREE R FOR CROSS-VALIDATION THROUGHOUT: WORKING R = 0.2352; FREE R = 0.3125 FROM A ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. STRUCTURE SOLUTION AND REFINEMENT WERE PERFORMED USING FREE R FOR CROSS-VALIDATION THROUGHOUT: WORKING R = 0.2352; FREE R = 0.3125 FROM A RANDOM TEST SET COMPRISING 10% OF ALL REFLECTIONS (273 TOTAL). FINAL REFINEMENT WAS PERFORMED USING ALL REFLECTIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 105.14 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.6→70 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.601→3.694 Å / Total num. of bins used: 20 /
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