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- PDB-4hi0: Crystal Structure of Helicobacter pylori Urease Accessory Protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hi0
タイトルCrystal Structure of Helicobacter pylori Urease Accessory Protein UreF/H/G complex
要素
  • Urease accessory protein UreF
  • Urease accessory protein UreG
  • Urease accessory protein UreH
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Metallochaperone / Urease (ウレアーゼ) / Cytosol (細胞質基質)
機能・相同性
機能・相同性情報


: / nickel cation binding / : / GTPase activity / GTP binding / identical protein binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Urease accessory protein UreG / Urease accessory protein UreD / UreD urease accessory protein / Urease accessory protein UreF / Urease accessory protein UreF / Urease accessory protein UreF / UreF domain superfamily / UreF / CobW/HypB/UreG, nucleotide-binding domain / CobW/HypB/UreG, nucleotide-binding domain ...Urease accessory protein UreG / Urease accessory protein UreD / UreD urease accessory protein / Urease accessory protein UreF / Urease accessory protein UreF / Urease accessory protein UreF / UreF domain superfamily / UreF / CobW/HypB/UreG, nucleotide-binding domain / CobW/HypB/UreG, nucleotide-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Urease accessory protein UreF / Urease accessory protein UreG / Urease accessory protein UreH
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Fong, Y.H. / Chen, Y.W. / Wong, K.B.
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2013
タイトル: Structure of UreG/UreF/UreH complex reveals how urease accessory proteins facilitate maturation of Helicobacter pylori urease.
著者: Fong, Y.H. / Wong, H.C. / Yuen, M.H. / Lau, P.H. / Chen, Y.W. / Wong, K.B.
履歴
登録2012年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月15日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Urease accessory protein UreF
B: Urease accessory protein UreH
C: Urease accessory protein UreF
D: Urease accessory protein UreH
E: Urease accessory protein UreG
F: Urease accessory protein UreG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,6718
ポリマ－160,7856
非ポリマー8862
水5,459303
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18200 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area48400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.124, 96.429, 237.452
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain 'B' and (resseq 6:260 )
211chain 'D' and (resseq 6:260 )
112chain 'A' and (resseq 28:254 )
212chain 'C' and (resseq 28:254 )
113chain 'E' and (resseq 1:196 )
213chain 'F' and (resseq 1:196 )

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Urease accessory protein UreF


分子量: 28651.834 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 26695 / 遺伝子: HP_0069, ureF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q09065
#2: タンパク質 Urease accessory protein UreH


分子量: 29757.135 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 26695 / 遺伝子: HP_0067, ureH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q09067
#3: タンパク質 Urease accessory protein UreG


分子量: 21983.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 26695 / 遺伝子: HP_0068, ureG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q09066
#4: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.62 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 1.5M ammonium sulfate, 100mM sodium acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月15日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→30 Å / Num. all: 72009 / Num. obs: 71616 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.35→2.49 Å / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→29.875 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2421 1922 2.78 %random
Rwork0.1915 ---
all0.1929 70969 --
obs0.1929 69047 --
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.242 Å2 / ksol: 0.338 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.7198 Å20 Å2-0 Å2
2--6.0053 Å20 Å2
3----12.7251 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→29.875 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10646 0 56 303 11005
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00810890
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.18714714
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0934116
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0821682
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051890
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11B2005X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12D2005X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.066
21A1809X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22C1809X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.051
31E1509X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32F1509X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.042
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.40880.3272850.24722858X-RAY DIFFRACTION57
2.4088-2.47390.31031290.24874548X-RAY DIFFRACTION90
2.4739-2.54660.31461330.23554617X-RAY DIFFRACTION92
2.5466-2.62880.32851300.24424664X-RAY DIFFRACTION92
2.6288-2.72270.3311380.24384742X-RAY DIFFRACTION94
2.7227-2.83160.33841410.22774864X-RAY DIFFRACTION96
2.8316-2.96040.30871370.22574917X-RAY DIFFRACTION97
2.9604-3.11630.25221420.22344984X-RAY DIFFRACTION98
3.1163-3.31130.2911450.21135050X-RAY DIFFRACTION99
3.3113-3.56660.24161450.20745064X-RAY DIFFRACTION99
3.5666-3.92480.20821460.17635087X-RAY DIFFRACTION99
3.9248-4.49110.21051480.14775160X-RAY DIFFRACTION100
4.4911-5.65210.18821470.15075168X-RAY DIFFRACTION99
5.6521-29.87720.18871560.17435402X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -23.7661 Å / Origin y: -10.9267 Å / Origin z: 38.3547 Å
111213212223313233
T0.1337 Å2-0.0063 Å20.0482 Å2-0.1488 Å2-0.0203 Å2--0.2192 Å2
L0.3082 °20.1475 °20.332 °2-0.3994 °20.3414 °2--2.1475 °2
S0.0567 Å °-0.1398 Å °0.053 Å °0.1204 Å °0.0178 Å °0.0095 Å °-0.2074 Å °-0.3058 Å °-0.0306 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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