PDB-4hh5: N-terminal domain (1-163) of ClpV1 ATPase from E.coli EAEC Sci1 T6SS.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hh5

タイトル

N-terminal domain (1-163) of ClpV1 ATPase from E.coli EAEC Sci1 T6SS.

要素

Putative type VI secretion protein

キーワード

PROTEIN BINDING / Alpha helical protein / ATPase domain / SciI

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to heat / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Douzi, B. / Spinelli, S. / Legrand, P. / Lensi, V. / Brunet, Y.R. / Cascales, E. / Cambillau, C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Role and specificity of ClpV ATPases in T6SS secretion.
著者: Douzi, B. / Spinelli, S. / Legrand, P. / Lensi, V. / Brunet, Y.R. / Cascales, E. / Cambillau, C.

履歴

登録	2012年10月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hh5.cif.gz	74.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hh5.ent.gz	56.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hh5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4hh5_validation.pdf.gz	420.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4hh5_full_validation.pdf.gz	420.6 KB	表示
XML形式データ	4hh5_validation.xml.gz	9.1 KB	表示
CIF形式データ	4hh5_validation.cif.gz	12.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/4hh5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/4hh5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4hh6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3sdw-d 3sgw-d 4uqw-1 4fyb-1 3u04-d 6jet-1 3s0t-1 4b4n-d 5usg-d 6pw7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (4) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (4) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative type VI secretion protein

ヘテロ分子

18.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.860, 58.710, 65.670
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Putative type VI secretion protein 分子量: 18384.877 Da / 分子数: 1 / 断片: fragment 1-159 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: EAEC 042 / 遺伝子: ClpV1, EC042_4530 / プラスミド: pETG20A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: D3GUW1
#2: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.58 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.931 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月3日詳細: Kirkpatrick-Baez pair of bi-morph mirrors plus channel cut cryogenically cooled monochromator crystal
放射	モノクロメーター: Kirkpatrick-Baez pair of bi-morph mirrors plus channel cut cryogenically cooled monochromator crystal プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. all: 19805 / Num. obs: 10703 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 28.35 Å² / R_merge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 27.1
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.352 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Num. unique all: 1405 / % possible all: 92.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SHELXS		位相決定
BUSTER	2.11.2	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→43.77 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9352 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9338 / SU R Cruickshank DPI: 0.194 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2054	512	4.78 %	RANDOM
R_work	0.1853	-	-	-
all	0.1863	10703	-	-
obs	0.1863	10703	95.84 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.58 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.1693 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	4.6559 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.8251 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.206 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→43.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1265	0	1	107	1373

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.008	1303	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.04	1778	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	0	449	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	0	36	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	0	188	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	0	1303	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.65
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	19.53
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	0	164	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	0	1568	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2→2.24 Å / Total num. of bins used: 5

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2342	125	4.32 %
R_work	0.179	2770	-
all	0.1814	2895	-
obs	-	2770	95.84 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0638	-0.1316	0.2066	0.0529	0.0381	0.0056	-0.0006	0.0031	-0.0013	-0.0031	-0.0013	-0.0036	-0.0017	-0.0012	0.0019	0.0008	-0.0033	-0.0675	-0.006	-0.0092	0.0033	-7.7409	0.2603	1.3962
2	0.0063	0.0879	0.0727	0.03	-0.0292	0.078	0.0005	-0.0007	-0.0015	0.0005	0.0003	0.0052	0.0032	-0.0048	-0.0008	0.0217	-0.0258	-0.037	-0.0009	-0.0044	-0.0247	-9.1594	12.8534	11.347
3	0	-0.0714	-0.0607	0.0464	-0.0993	0.0208	0	-0.0006	0.0014	-0.0016	-0.0019	-0.0014	0.001	-0.0012	0.0019	0.0211	0.0236	0.0154	-0.0098	0.0077	-0.0075	0.0116	19.4578	6.9553
4	0.0223	-0.3082	-0.2856	0.1112	0.0472	0.0428	-0.0021	-0.0017	0.0001	0.0034	0.0009	-0.0008	0.0016	0.004	0.0012	0.0102	0.0141	0.0455	-0.0075	0.0238	-0.0032	7.9368	16.6698	3.4611
5	0.0373	0.0978	-0.2099	0.1376	-0.1234	0.0027	0.0004	-0.0014	-0.004	-0.0023	-0.0026	-0.0054	-0.0008	0.0072	0.0023	-0.0088	-0.0115	0.0501	0.0019	0.042	0.0062	2.714	18.9923	13.9979
6	0.0521	-0.0435	-0.0028	0.0027	-0.0447	0.0003	0	-0.0002	0.0007	-0.0017	-0.0005	-0.001	-0.0002	0.0023	0.0004	-0.0072	0.0123	0.0205	0.0029	0.0038	0.0054	-2.3444	20.5313	25.5366
7	0.0651	-0.1404	0.2747	0	-0.1601	0.1192	0.0029	-0.0019	0.0021	-0.0037	-0.0089	-0.0043	-0.0002	-0.0064	0.006	-0.0105	-0.0175	-0.0151	-0.0017	0.0495	0.0115	6.1417	21.2057	27.199
8	0	-0.0228	-0.0789	0.0485	-0.0663	0.027	-0.001	0.0023	0.0023	-0.0002	0.0015	0.001	-0.0012	-0.0006	-0.0005	-0.0035	-0.006	0.0334	0.006	0.0305	-0.0038	14.1426	19.9498	12.7481
9	0	-0.023	-0.1161	0.0704	0.1016	0.0137	-0.0007	0.0013	0.0014	0.0018	-0.0018	0.003	0	0.0006	0.0025	0.0078	0.0013	0.0201	-0.0019	-0.0014	0.0014	8.4165	13.6868	-1.4414
10	0.0017	-0.1	-0.1118	0.0221	-0.082	0.0006	0.0002	0.0028	0.0022	-0.0037	-0.0002	-0.0042	-0.0011	0.0002	0	0.0142	0.0538	0.0136	-0.0157	0.015	-0.0019	1.74	4.6561	11.1149
11	0.001	-0.0074	-0.0099	0	-0.0146	0.0309	0.0004	-0.0004	-0.0011	0.0023	-0.0014	0.0034	0.0011	-0.0013	0.001	0.0039	0.0047	-0.0212	-0.0038	-0.0243	0.0011	-8.8912	2.528	19.6108
12	0.0345	-0.0937	-0.1373	0.0015	0.1872	0.1336	0.0008	-0.0018	0.0029	-0.0053	0.0022	0.0053	-0.002	0.0021	-0.003	0.0005	0.0064	0.0236	0.0058	-0.0243	-0.007	-6.7781	9.6748	19.406
13	0.0444	-0.087	-0.0162	0.0693	-0.0065	0.0477	0.0003	-0.0021	0.0006	0.0004	0.0003	-0.0045	0	0.0001	-0.0006	-0.0024	0.012	0.0164	0.0006	0.0009	0.0026	7.3769	5.1646	19.6964
14	0.0844	-0.0868	0.0455	0.0496	-0.0238	0.0399	0.0011	-0.0021	0.0001	-0.0011	0.0003	-0.0048	0.0037	-0.0008	-0.0013	-0.0051	0.0068	-0.0066	0.0048	0.0125	0.0015	9.7427	12.9009	25.1391
15	0.0284	-0.008	-0.1264	0.0166	-0.0539	0.0026	0.0009	0	-0.0019	0.0028	0.0028	0.0024	0.0046	0.0018	-0.0038	-0.0114	-0.019	-0.007	-0.0015	0.0107	0.0069	-4.6318	7.9998	31.253
16	0.0406	-0.0486	-0.1117	0	0.0128	0	0.0007	-0.0009	0.0032	-0.0005	-0.0003	-0.0007	0.0014	-0.0047	-0.0003	-0.0085	0.0084	0.0146	0.0042	0.0057	0.0053	-13.0274	18.2076	25.7662

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|1 - A\|10 }	A	1 - 10
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|11 - A\|20 }	A	11 - 20
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ A\|21 - A\|30 }	A	21 - 30
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ A\|31 - A\|40 }	A	31 - 40
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ A\|41 - A\|50 }	A	41 - 50
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ A\|51 - A\|60 }	A	51 - 60
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ A\|61 - A\|70 }	A	61 - 70
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ A\|71 - A\|80 }	A	71 - 80
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ A\|81 - A\|90 }	A	81 - 90
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ A\|91 - A\|100 }	A	91 - 100
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{ A\|101 - A\|110 }	A	101 - 110
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{ A\|111 - A\|120 }	A	111 - 120
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{ A\|121 - A\|130 }	A	121 - 130
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{ A\|131 - A\|140 }	A	131 - 140
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{ A\|141 - A\|150 }	A	141 - 150
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{ A\|151 - A\|163 }	A	151 - 163

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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