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- PDB-4hh1: Dark-state structure of AppA wild-type without the Cys-rich regio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hh1
タイトルDark-state structure of AppA wild-type without the Cys-rich region from Rb. sphaeroides
要素AppA protein
キーワードFLAVOPROTEIN / SIGNALING PROTEIN / BLUF domain / SCHIC domain / photoreceptor / PpsR
機能・相同性
機能・相同性情報


blue light photoreceptor activity / FAD binding
類似検索 - 分子機能
: / : / AppA, four helix bundle / AppA, sensor containing heme instead of cobalamin / Methionine synthase domain / Sensors of blue-light using FAD / BLUF domain profile. / BLUF domain / Sensors of blue-light using FAD / Cobalamin-binding domain ...: / : / AppA, four helix bundle / AppA, sensor containing heme instead of cobalamin / Methionine synthase domain / Sensors of blue-light using FAD / BLUF domain profile. / BLUF domain / Sensors of blue-light using FAD / Cobalamin-binding domain / Methionine synthase domain / Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 / Acylphosphatase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits - #100 / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / AppA protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / rigid body / 解像度: 3.501 Å
データ登録者Winkler, A. / Heintz, U. / Lindner, R. / Reinstein, J. / Shoeman, R. / Schlichting, I.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: A ternary AppA-PpsR-DNA complex mediates light regulation of photosynthesis-related gene expression.
著者: Winkler, A. / Heintz, U. / Lindner, R. / Reinstein, J. / Shoeman, R.L. / Schlichting, I.
履歴
登録2012年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月10日Group: Database references
改定 1.22013年7月17日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AppA protein
B: AppA protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,6634
ポリマ－87,7502
非ポリマー9132
水00
1
A: AppA protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3312
ポリマ－43,8751
非ポリマー4561
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: AppA protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3312
ポリマ－43,8751
非ポリマー4561
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3720 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area34050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.530, 70.530, 383.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number153
Space group name H-MP3212

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要素

#1: タンパク質 AppA protein


分子量: 43875.023 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 3-399 / 変異: C399S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
株: 2.4.1 / 遺伝子: appA / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q53119
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.3M tris chloride buffer, 1.3M sodium chloride, 0.3M magnesium chloride, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年5月27日 / 詳細: Dynamically bendable mirror
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→58 Å / Num. all: 14286 / Num. obs: 14223 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 84.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.154 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 3.5→3.6 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.836 / Mean I/σ(I) obs: 2.45 / Num. unique all: 1111 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: rigid body / 解像度: 3.501→58 Å / SU ML: 0.33 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2257 705 4.96 %random
Rwork0.186 ---
all0.188 14286 --
obs0.188 14209 99.53 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 80.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.501→58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5800 0 62 0 5862
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085960
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0368104
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.782188
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064961
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071045
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5014-3.77170.27591250.24382652X-RAY DIFFRACTION100
3.7717-4.15120.27011390.20872716X-RAY DIFFRACTION100
4.1512-4.75160.20951340.17092656X-RAY DIFFRACTION100
4.7516-5.98560.23071780.18532678X-RAY DIFFRACTION100
5.9856-58.21170.18991290.16342802X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0212-0.0180.0160.0775-0.0310.0561-0.1212-0.10980.04310.1293-0.0389-0.11150.1290.2252-0.01250.73830.1902-0.00040.581-0.04870.414154.398922.8871212.6781
20.03390.0332-0.0470.063-0.01150.09330.23090.15470.0492-0.0198-0.0618-0.0476-0.15920.1923-00.62850.08410.06370.3942-0.05780.409242.617642.7791204.8053
30.04040.01740.06420.03210.01330.13890.15670.00940.19570.05720.0479-0.0087-0.0730.23590.02530.6562-0.27850.15590.554-0.14160.527751.794156.7319219.6573
40.0463-0.0062-0.02180.14080.03620.0247-0.06090.0574-0.0893-0.07550.00770.09560.0292-0.0291-0.18540.6885-0.2635-0.04660.27420.01720.48729.485423.8236.2402
50.03380.0386-0.01080.05830.00390.06920.0897-0.06630.048-0.03150.0048-0.0439-0.0660.01850.12920.7261-0.34840.05590.36390.00770.46821.505444.7368241.3884
60.18770.0908-0.05840.17280.16870.32480.18440.00190.00510.04070.0521-0.0692-0.1165-0.29430.05480.5832-0.07520.14560.25870.0630.353711.557155.5416224.7924
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 14 through 117)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 118 through 263)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 264 through 398 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 15 through 117 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 118 through 263 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 264 through 398 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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