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- PDB-4hgx: Crystal structure of xylose isomerase domain containing protein (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hgx
タイトルCrystal structure of xylose isomerase domain containing protein (stm4435) from salmonella typhimurium lt2 with unknown ligand
要素Xylose isomerase domain containing protein
キーワードISOMERASE / xylose isomerase domain / unknown ligand
機能・相同性
機能・相同性情報


isomerase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Uncharacterised conserved protein UCP036778, sugar epimerase-type / : / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Cytoplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Boyko, K.M. / Gorbacheva, M.A. / Korzhenevskiy, D.A. / Dorovatovsky, P.V. / Rakitina, T.V. / Lipkin, A.V. / Shumilin, I.A. / Minor, W. / Popov, V.O.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of xylose isomerase domain containing protein (stm4435) from salmonella typhimurium lt2 with unknown ligand
著者: Boyko, K.M. / Gorbacheva, M.A. / Korzhenevskiy, D.A. / Dorovatovsky, P.V. / Rakitina, T.V. / Lipkin, A.V. / Shumilin, I.A. / Minor, W. / Popov, V.O.
履歴
登録2012年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xylose isomerase domain containing protein
B: Xylose isomerase domain containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,8716
ポリマ－61,6222
非ポリマー2494
水1,892105
1
A: Xylose isomerase domain containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9363
ポリマ－30,8111
非ポリマー1242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Xylose isomerase domain containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9363
ポリマ－30,8111
非ポリマー1242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.180, 93.180, 125.210
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

#1: タンパク質 Xylose isomerase domain containing protein


分子量: 30811.057 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: lt2 / 遺伝子: STM4435 / プラスミド: pET-24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3 / 参照: UniProt: Q8ZK48
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.22 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.01M Cobalt(II) chloride hexahydrate, 0.1M MES monohydrate pH 6.5, 1.8M Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: KURCHATOV SNC / ビームライン: K4.4 / 波長: 0.985 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月21日 / 詳細: NON
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.985 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→29.46 Å / Num. all: 17564 / Num. obs: 17523 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 40.35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.159 / Net I/σ(I): 17.88
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.6-2.960.6314.9768747549799.3
2.96-3.160.3678.9526489208999.9
3.16-3.40.25112.9524548191599.9
3.4-3.70.16618.822469174999.9
3.7-4.20.11125.28247511936100
4.2-4.80.07534.3717708139599.9
4.8-60.08330.1417615140899.9
6-80.07133.451078287499.3
8-300.03162.22772666095
30

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
AUTOMARデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Q02

2q02


解像度: 2.6→29.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.855 / WRfactor Rfree: 0.2491 / WRfactor Rwork: 0.1558 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7674 / SU B: 14.299 / SU ML: 0.304 / SU Rfree: 0.4071 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.407 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3024 883 5.1 %RANDOM
Rwork0.1907 ---
obs0.1962 17477 99.44 %-
all-22226 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 118.77 Å2 / Biso mean: 36.9779 Å2 / Biso min: 10.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å20 Å20 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3---0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4167 0 10 105 4282
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0194253
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2761.9635762
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.2385537
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.59424.15200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.03715703
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.4531533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1350.2662
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213245
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.422 67 -
Rwork0.261 1028 -
all-1095 -
obs--96.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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