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- PDB-4hgd: Structural insights into yeast Nit2: C169S mutant of yeast Nit2 i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hgd
タイトルStructural insights into yeast Nit2: C169S mutant of yeast Nit2 in complex with an endogenous peptide-like ligand
要素Probable hydrolase NIT2
キーワードHYDROLASE / nitrilase superfamily / omega-amidase
機能・相同性
機能・相同性情報


deaminated glutathione amidase / [acetyl-CoA carboxylase]-phosphatase activity / deaminated glutathione amidase activity / bis(5'-adenosyl)-triphosphatase activity / amide catabolic process / nucleobase-containing compound metabolic process / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Nit1/2, carbon-nitrogen hydrolase domain / Uncharacterised protein family UPF0012, conserved site / Uncharacterized protein family UPF0012 signature. / Nitrilase/N-carbamoyl-D-aminoacid amidohydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase superfamily / Carbon-nitrogen hydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase domain profile. / Carbon-nitrogen hydrolase / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / N-(4-carboxy-4-oxobutanoyl)-L-cysteinylglycine / Deaminated glutathione amidase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Liu, H. / Qiu, X. / Zhang, M. / Gao, Y. / Niu, L. / Teng, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structures of enzyme-intermediate complexes of yeast Nit2: insights into its catalytic mechanism and different substrate specificity compared with mammalian Nit2
著者: Liu, H. / Gao, Y. / Zhang, M. / Qiu, X. / Cooper, A.J.L. / Niu, L. / Teng, M.
履歴
登録2012年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月7日Group: Structure summary
改定 1.22014年1月22日Group: Database references
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年3月20日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_nat

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable hydrolase NIT2
B: Probable hydrolase NIT2
C: Probable hydrolase NIT2
D: Probable hydrolase NIT2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,08125
ポリマ－153,1114
非ポリマー2,97021
水5,945330
1
A: Probable hydrolase NIT2
D: Probable hydrolase NIT2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,17914
ポリマ－76,5552
非ポリマー1,62312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3830 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area22920 Å2
手法PISA
2
B: Probable hydrolase NIT2
C: Probable hydrolase NIT2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,90311
ポリマ－76,5552
非ポリマー1,3479
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3840 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area23950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.632, 126.915, 77.624
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.61, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Probable hydrolase NIT2


分子量: 38277.746 Da / 分子数: 4 / 変異: C169S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: J0706, NIT2, YJL126W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P47016, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#4: 化合物
ChemComp-KGT / N-(4-carboxy-4-oxobutanoyl)-L-cysteinylglycine


分子量: 306.292 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N2O7S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.47 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 17.5% PEG4000, 0.1M sodium cacodylate pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月18日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→50 Å / Num. all: 80059 / Num. obs: 76148 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(I): 2.38
反射 シェル解像度: 2.03→2.07 Å / 冗長度: 2 % / % possible all: 93.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4H5U

4h5u


解像度: 2.04→35.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 10.288 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.216 / ESU R Free: 0.177 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22832 3803 5 %RANDOM
Rwork0.18945 ---
all0.2049 76125 --
obs0.1914 72215 94.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.395 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.59 Å20 Å2-0.07 Å2
2--1.73 Å20 Å2
3----0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→35.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9210 0 178 330 9718
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.00770.0229576
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0741.98112974
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.80951187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.99524.247405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.754151595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7321560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.21459
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0217166
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3991.55975
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.75429630
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.11533601
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8354.53342
LS精密化 シェル解像度: 2.04→2.091 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 245 -
Rwork0.282 4752 -
obs--84.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.04760.1002-0.32510.2324-0.01160.63460.04770.0910.0081-0.0285-0.0039-0.00430.0413-0.087-0.04370.0403-0.0091-0.02280.01770.01150.0383-25.785-22.226.167
20.9181-0.1920.20620.2507-0.11190.3785-0.0271-0.08320.07150.0180.008-0.0089-0.001-0.05470.0190.03770.0068-0.01820.0151-0.01770.06097.115-19.84133.333
31.1629-0.40860.28080.604-0.21350.60130.0246-0.1429-0.05660.0030.0136-0.02620.017-0.0128-0.03820.0264-0.0071-0.02780.02170.01570.050932.208-44.51348.156
41.5528-0.371-0.01591.33180.75690.77890.1123-0.31170.18640.026-0.09630.095-0.0267-0.1021-0.0160.0409-0.0260.05050.0978-0.07580.1212-1.7312.715-8.64
50.0620.02850.02060.07660.11010.1683-0.0116-0.03590.0223-0.00170.0542-0.0209-0.00450.0931-0.04260.06790.005-0.02880.0961-0.02620.0968-3.418-24.95217.629
61.15521.37792.3772.51122.94474.97250.1705-0.1670.06330.08490.0234-0.47680.6157-0.4804-0.19390.4643-0.25090.11340.64160.17140.67530.809-18.62731.141
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 306
2X-RAY DIFFRACTION2B4 - 306
3X-RAY DIFFRACTION3C5 - 307
4X-RAY DIFFRACTION4D5 - 306
5X-RAY DIFFRACTION5A401 - 405
6X-RAY DIFFRACTION5B401 - 402
7X-RAY DIFFRACTION5C401 - 403
8X-RAY DIFFRACTION5D401 - 403
9X-RAY DIFFRACTION6A406
10X-RAY DIFFRACTION6B403
11X-RAY DIFFRACTION6C404
12X-RAY DIFFRACTION6D404

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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