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万見
- PDB-4hg5: Structural insights into yeast Nit2: wild-type yeast Nit2 in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hg5
タイトルStructural insights into yeast Nit2: wild-type yeast Nit2 in complex with oxaloacetate
要素Probable hydrolase NIT2
キーワードHYDROLASE / nitrilase superfamily / omega-amidase
機能・相同性
機能・相同性情報


deaminated glutathione amidase / [acetyl-CoA carboxylase]-phosphatase activity / deaminated glutathione amidase activity / amide catabolic process / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Uncharacterised protein family UPF0012, conserved site / Nit1/2, carbon-nitrogen hydrolase domain / Uncharacterized protein family UPF0012 signature. / Nitrilase/N-carbamoyl-D-aminoacid amidohydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase superfamily / Carbon-nitrogen hydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase domain profile. / Carbon-nitrogen hydrolase / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / OXALOACETATE ION / Deaminated glutathione amidase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Liu, H. / Qiu, X. / Zhang, M. / Gao, Y. / Niu, L. / Teng, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structures of enzyme-intermediate complexes of yeast Nit2: insights into its catalytic mechanism and different substrate specificity compared with mammalian Nit2
著者: Liu, H. / Gao, Y. / Zhang, M. / Qiu, X. / Cooper, A.J.L. / Niu, L. / Teng, M.
履歴
登録2012年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月7日Group: Structure summary
改定 1.22014年1月22日Group: Database references
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable hydrolase NIT2
B: Probable hydrolase NIT2
C: Probable hydrolase NIT2
D: Probable hydrolase NIT2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,80219
ポリマ－153,1754
非ポリマー1,62715
水6,954386
1
A: Probable hydrolase NIT2
C: Probable hydrolase NIT2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,49210
ポリマ－76,5882
非ポリマー9048
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3790 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area24120 Å2
手法PISA
2
B: Probable hydrolase NIT2
D: Probable hydrolase NIT2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,3109
ポリマ－76,5882
非ポリマー7237
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3810 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area23730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.498, 125.840, 77.879
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.41, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Probable hydrolase NIT2


分子量: 38293.809 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: J0706, NIT2, YJL126W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P47016, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-OAA / OXALOACETATE ION


分子量: 131.064 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H3O5
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 386 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.03 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 17.5% PEG4000, 0.1M sodium cacodylate, 100mM sodium oxaloacetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97917 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月26日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97917 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→50 Å / Num. all: 96835 / Num. obs: 96835 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 3.13
反射 シェル解像度: 1.91→1.94 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.817 / Mean I/σ(I) obs: 3.13 / Num. unique all: 4823 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4H5U

4h5u


解像度: 1.91→32.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22882 4648 5 %RANDOM
Rwork0.19996 ---
all0.2262 92862 --
obs0.20141 87971 95.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.347 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å20 Å2-0.24 Å2
2--0.45 Å20 Å2
3----0.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→32.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9309 0 96 386 9791
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.00710.0229650
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0631.98113080
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.62251205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.66724.354418
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.229151657
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0181562
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.21475
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0217194
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4281.56010
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.81329697
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.15133640
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9544.53373
LS精密化 シェル解像度: 1.91→1.96 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 339 -
Rwork0.248 6503 -
obs--96.37 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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