PDB-4hg2: The Structure of a Putative Type II Methyltransferase from Anaero...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hg2

タイトル

The Structure of a Putative Type II Methyltransferase from Anaeromyxobacter dehalogenans.

要素

Methyltransferase type 11

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Program for the Characterization of Secreted Effector Proteins / PCSEP / S-adenosylmethionine / AdoMet_MTases

機能・相同性

機能・相同性情報

S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能

生物種

Anaeromyxobacter dehalogenans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Cuff, M.E. / Chhor, G. / Clancy, S. / Brown, R.N. / Cort, J.R. / Heffron, F. / Nakayasu, E.S. / Adkins, J.N. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Program for the Characterization of Secreted Effector Proteins (PCSEP)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The Structure of a Putative Type II Methyltransferase from Anaeromyxobacter dehalogenans.
著者: Cuff, M.E. / Chhor, G. / Clancy, S. / Brown, R.N. / Cort, J.R. / Heffron, F. / Nakayasu, E.S. / Adkins, J.N. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2012年10月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_radiation / software / Item: _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hg2.cif.gz	218.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hg2.ent.gz	175.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hg2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/4hg2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/4hg2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2x81-d 4my6-d 2i1a-1 2o1m-2 6p5h-d 5x0f-d 5knj-1 1j6r-1 5id8-3 3h9f-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-apc102431

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Methyltransferase type 11

B: Methyltransferase type 11

ヘテロ分子

57.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Methyltransferase type 11

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
29 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Methyltransferase type 11

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
28.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.067, 88.447, 64.664
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.990, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

#1: タンパク質	Methyltransferase type 11 分子量: 28578.996 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Anaeromyxobacter dehalogenans (バクテリア) 株: 2CP-C / 遺伝子: Adeh_3042 / プラスミド: pMCSG73 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q2IE03
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 722 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.82 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M MES pH 6.5, 12% PEG 20K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月9日

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97915 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 4.1 % / Av σ(I) over netI: 18.91 / 数: 294290 / R_merge(I) obs: 0.086 / Χ²: 1.13 / D res high: 1.6 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 71301 / % possible obs: 99.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.34	50	97.7	1	0.055	2.435	4
3.45	4.34	99.8	1	0.051	2.085	4
3.01	3.45	99.9	1	0.064	2.147	4
2.74	3.01	99.9	1	0.075	1.949	4.1
2.54	2.74	100	1	0.083	1.679	4.1
2.39	2.54	100	1	0.085	1.388	4.2
2.27	2.39	100	1	0.092	1.254	4.2
2.17	2.27	100	1	0.096	1.173	4.2
2.09	2.17	100	1	0.107	1.059	4.2
2.02	2.09	100	1	0.121	0.968	4.2
1.95	2.02	100	1	0.141	0.879	4.2
1.9	1.95	100	1	0.162	0.783	4.2
1.85	1.9	100	1	0.201	0.694	4.2
1.8	1.85	100	1	0.242	0.67	4.2
1.76	1.8	100	1	0.29	0.629	4.2
1.72	1.76	100	1	0.335	0.573	4.1
1.69	1.72	100	1	0.387	0.59	4.1
1.66	1.69	100	1	0.48	0.585	4.1
1.63	1.66	100	1	0.538	0.645	4.1
1.6	1.63	100	1	0.635	0.508	4.1

反射

解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 71301 / Num. obs: 71301 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 17 Å² / R_merge(I) obs: 0.086 / Χ²: 1.127 / Net I/σ(I): 7.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.6-1.63	4.1	0.635	3554	0.508	1	100
1.63-1.66	4.1	0.538	3589	0.645	1	100
1.66-1.69	4.1	0.48	3494	0.585	1	100
1.69-1.72	4.1	0.387	3608	0.59	1	100
1.72-1.76	4.1	0.335	3537	0.573	1	100
1.76-1.8	4.2	0.29	3584	0.629	1	100
1.8-1.85	4.2	0.242	3557	0.67	1	100
1.85-1.9	4.2	0.201	3525	0.694	1	100
1.9-1.95	4.2	0.162	3564	0.783	1	100
1.95-2.02	4.2	0.141	3591	0.879	1	100
2.02-2.09	4.2	0.121	3550	0.968	1	100
2.09-2.17	4.2	0.107	3544	1.059	1	100
2.17-2.27	4.2	0.096	3573	1.173	1	100
2.27-2.39	4.2	0.092	3579	1.254	1	100
2.39-2.54	4.2	0.085	3567	1.388	1	100
2.54-2.74	4.1	0.083	3558	1.679	1	100
2.74-3.01	4.1	0.075	3588	1.949	1	99.9
3.01-3.45	4	0.064	3591	2.147	1	99.9
3.45-4.34	4	0.051	3581	2.085	1	99.8
4.34-50	4	0.055	3567	2.435	1	97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
CCP4		位相決定
O		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.6→30.35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / WR_factor R_free: 0.18 / WR_factor R_work: 0.1549 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.9066 / SU B: 2.847 / SU ML: 0.051 / SU R Cruickshank DPI: 0.0765 / SU R_free: 0.0764 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.076
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1786	3594	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1521	-	-	-
all	0.1535	71051	-	-
obs	0.1535	71051	99.76 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 62.46 Å² / B_iso mean: 20.3055 Å² / B_iso min: 8.22 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.09 Å²	0 Å²	-0.04 Å²
2-	-	0.77 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→30.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3690	0	44	722	4456

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.019	4067
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	3828
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.791	1.964	5580
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.058	3.005	8756
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.349	5	508
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.645	20.408	196
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.29	15	559
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.128	15	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	574
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	4697
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1023

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.278	259	-
R_work	0.223	4966	-
all	-	5225	-
obs	-	-	99.9 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4187	-0.0672	0.0141	0.4889	-0.0281	0.9205	-0.0102	0.0025	-0.025	0.0153	0.0309	0.022	0.1077	-0.0349	-0.0207	0.06	-0.0048	-0.0003	0.0128	-0.0006	0.0748	31.8164	26.4213	10.352
2	1.271	0.1218	-0.0465	0.8928	-0.6949	2.5477	0.0104	-0.0819	0.0923	-0.0065	-0.077	0.0283	-0.0563	-0.1108	0.0666	0.0887	0.002	-0.0025	0.025	-0.0182	0.1208	12.0871	46.5377	4.6144
3	0.6634	-0.0234	0.831	0.4625	0.0958	1.868	-0.0043	0.0087	-0.0046	0.0208	-0.0037	0.0114	-0.0389	0.0167	0.008	0.0545	0.0013	0.003	0.0005	0.004	0.0804	30.314	40.2609	10.4358
4	2.1913	0.3911	-1.9039	0.4255	-0.1288	1.8087	-0.0312	0.0814	0.039	-0.0133	-0.0093	0.1159	0.0713	-0.113	0.0405	0.099	-0.0127	-0.0109	0.0784	-0.0103	0.143	7.6646	38.4381	0.9883
5	4.3121	-3.4032	-0.8616	3.562	2.4801	4.984	0.0437	0.1381	0.1236	-0.1098	-0.0632	-0.0011	0.0243	-0.2821	0.0195	0.1321	-0.0252	-0.0492	0.1284	0.0437	0.1245	10.4133	44.9797	-11.3179
6	1.0495	-0.1872	1.1067	0.3641	0.0495	1.3701	-0.0155	0.1054	0.0569	-0.0267	-0.0157	-0.0224	-0.0656	0.1227	0.0312	0.066	-0.0101	0.0008	0.0225	0.0032	0.0866	32.3603	38.532	6.4464
7	0.7942	0.4207	-0.1476	0.3548	-0.2205	1.1732	0.0422	-0.0664	0.0198	0.042	-0.0379	-0.0077	-0.0607	0.0017	-0.0043	0.0822	0.003	0.0012	0.0233	-0.0042	0.0653	20.0838	65.7645	28.3716
8	2.0426	0.9837	0.6176	1.5247	0.0609	4.9992	-0.0295	-0.0274	0.1132	0.066	0.0522	0.1573	-0.4892	-0.3087	-0.0227	0.1309	0.0591	0.0192	0.0305	0.0043	0.0897	12.4127	76.3735	23.2752
9	0.1835	0.157	-0.0666	0.7391	-0.2703	0.9779	-0.0147	0.0503	0.0189	-0.0307	0.0103	0.0084	0.0055	-0.0229	0.0044	0.0688	0.0018	0.0014	0.0331	0.0047	0.0762	18.8841	65.0158	14.9098
10	1.697	-0.1601	1.2183	0.5579	-0.8462	3.1199	0.127	0.1161	-0.0813	0.0664	-0.0491	-0.006	0.1833	0.0376	-0.0779	0.1363	-0.0331	-0.0201	0.0346	-0.0133	0.109	-0.349	46.6869	26.6767
11	0.4719	-0.0132	-0.5979	0.8467	0.4929	1.152	-0.0006	0.0027	-0.0802	0.0112	-0.0969	-0.016	0.0391	-0.0493	0.0975	0.0734	-0.0011	-0.003	0.0225	-0.0096	0.0969	16.7526	53.3089	21.328
12	0.2017	0.1574	0.2528	0.5712	0.0568	0.3951	0.0849	-0.0795	-0.0133	0.0832	-0.0632	0.0638	0.0447	-0.1197	-0.0217	0.1321	-0.0122	-0.0082	0.0759	-0.0016	0.1106	2.7063	53.3767	30.6424

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	17 - 138
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	139 - 162
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	163 - 190
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	191 - 218
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	219 - 233
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	234 - 251
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	17 - 61
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	62 - 86
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	87 - 136
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	137 - 162
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	163 - 189
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	190 - 252

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)