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- PDB-4hfx: Crystal structure of a transcription elongation factor B polypept... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hfx
タイトルCrystal structure of a transcription elongation factor B polypeptide 3 from Homo sapiens, Northeast Structural Genomics consortium target id HR4748B.
要素Transcription elongation factor B polypeptide 3
キーワードTRANSCRIPTION / Structural Genomics / PSI-Biology / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


elongin complex / site of DNA damage / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation ...elongin complex / site of DNA damage / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3180 / RNA polymerase II transcription factor SIII, subunit A / : / RNA polymerase II transcription factor SIII (Elongin) subunit A / Transcription elongation factor, TFIIS/CRSP70, N-terminal, sub-type / Domain in the N-terminus of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) / TFIIS N-terminal domain profile. / F-box domain profile. / Transcription factor IIS, N-terminal / TFIIS helical bundle-like domain ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3180 / RNA polymerase II transcription factor SIII, subunit A / : / RNA polymerase II transcription factor SIII (Elongin) subunit A / Transcription elongation factor, TFIIS/CRSP70, N-terminal, sub-type / Domain in the N-terminus of transcription elongation factor S-II (and elsewhere) / TFIIS N-terminal domain profile. / F-box domain profile. / Transcription factor IIS, N-terminal / TFIIS helical bundle-like domain / F-box domain / TFIIS/LEDGF domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Seetharaman, J. / Su, M. / Ciccosanti, C. / Sahdev, S. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of a transcription elongation factor B polypeptide 3 from Homo sapiens, Northeast Structural Genomics consortium target id HR4748B. (CASP Target)
著者: Seetharaman, J. / Su, M. / Ciccosanti, C. / Sahdev, S. / Acton, T.B. / Xiao, R. / K Everett, J. / T Montelione, G. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2012年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription elongation factor B polypeptide 3
B: Transcription elongation factor B polypeptide 3
C: Transcription elongation factor B polypeptide 3
D: Transcription elongation factor B polypeptide 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8657
ポリマ－48,5774
非ポリマー2883
水72140
1
A: Transcription elongation factor B polypeptide 3
D: Transcription elongation factor B polypeptide 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3843
ポリマ－24,2882
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2000 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area8240 Å2
手法PISA
2
B: Transcription elongation factor B polypeptide 3
C: Transcription elongation factor B polypeptide 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4814
ポリマ－24,2882
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2480 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area8330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.643, 80.643, 63.222
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.555574, 0.826204, 0.093409), (0.830698, -0.546716, -0.10508), (-0.03575, 0.135974, -0.990067)-5.33186, 0.59902, 34.41256
3given(-0.99994, 0.001111, 0.010909), (-0.001105, -0.999999, 0.000593), (0.01091, 0.000581, 0.99994)40.07086, 23.21929, -0.15835
4given(-0.56932, -0.817277, 0.089069), (-0.821917, 0.563448, -0.083547), (0.018095, -0.120772, -0.992515)36.34018, 20.52642, 35.87799

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要素

#1: タンパク質
Transcription elongation factor B polypeptide 3 / Elongin 110 kDa subunit / Elongin-A / EloA / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit A1 ...Elongin 110 kDa subunit / Elongin-A / EloA / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit A1 / SIII p110


分子量: 12144.203 Da / 分子数: 4 / 断片: F-box domain residues 597-682 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14241
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.66 %
結晶化温度: 277 K / 手法: microbatch under oil method / pH: 9
詳細: 1.88M Na2s2o3, 0.1M TAPS PH9, Microbatch under oil method, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月20日
放射モノクロメーター: KOHZU double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.386
11-K, -H, -L20.113
11-h,-k,l30.389
11K, H, -L40.113
反射解像度: 2.54→50 Å / Num. obs: 15239 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 2.54→2.63 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.377 / Num. unique all: 1257 / Rsym value: 0.348 / % possible all: 81

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHELXS位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.54→28.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 18.604 / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.054 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26283 811 5.5 %RANDOM
Rwork0.23476 ---
obs0.23634 14045 97.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 58.833 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-15.62 Å20 Å20 Å2
2--15.62 Å20 Å2
3----31.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.54→28.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1817 0 15 40 1872
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0191854
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021714
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1171.9842497
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.75233884
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4475212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.78122.376101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.51815308
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.3361528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.2272
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022046
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02446
LS精密化 シェル解像度: 2.537→2.603 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 62 -
Rwork0.357 810 -
obs--76.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5817-0.0115-0.02421.4177-0.45210.459-0.0882-0.28470.11620.1944-0.0364-0.0240.0369-0.02830.12460.06920.00730.02860.1211-0.01040.057213.757623.209324.6943
23.28772.07-0.4861.6276-0.38051.1052-0.08780.10290.0639-0.1142-0.0882-0.0464-0.03430.06320.17590.1318-0.0025-0.01360.1471-0.00140.101231.61584.110111.0919
35.07261.56641.66680.70380.2371.1954-0.123-0.1542-0.2383-0.0085-0.004-0.1920.11890.00030.1270.15290.05380.0170.09270.01840.093825.22371.047822.707
45.21163.1563-1.20671.9196-0.73110.3003-0.10870.1197-0.0665-0.06520.036-0.03420.0304-0.00530.07270.1336-0.00830.03280.17810.030.17387.940917.809912.0402
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A13 - 81
2X-RAY DIFFRACTION2B8 - 81
3X-RAY DIFFRACTION3C8 - 81
4X-RAY DIFFRACTION4D7 - 78

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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