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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4hec | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a putative uncharacterized protein from Mycobacterium tuberculosis | ||||||
![]() | Putative uncharacterized protein | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / SSGCID / Mycobacterium tuberculosis / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
機能・相同性 | ![]() RNA exonuclease activity / 3'-5' exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / nucleic acid binding / magnesium ion binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Mycobacterium tuberculosis Rv2179c Protein Establishes a New Exoribonuclease Family with Broad Phylogenetic Distribution. 著者: Abendroth, J. / Ollodart, A. / Andrews, E.S. / Myler, P.J. / Staker, B.L. / Edwards, T.E. / Arcus, V.L. / Grundner, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 148.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 115.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 448.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 449.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21934.709 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: H37RV / 遺伝子: MT2234.1, Rv2179c / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: EMBio JCSG+ B4: 10% PEG 8000, 8% Ethylene glycol, 100mM HEPES pH 7.5; MytuD.18400.a.A1.PS01434 at 12.8mg/ml + 2.5mM AMPPNP and MgCl2, cryo: 20% EG; the structure was solved via iodide SAD: a ...詳細: EMBio JCSG+ B4: 10% PEG 8000, 8% Ethylene glycol, 100mM HEPES pH 7.5; MytuD.18400.a.A1.PS01434 at 12.8mg/ml + 2.5mM AMPPNP and MgCl2, cryo: 20% EG; the structure was solved via iodide SAD: a crystal was soaked in reservoir plus 20% ethylene glycol and 750mM NaI, anomalous amplitudes are deposited, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月31日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: RIGAKU VARIMAX / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | 数: 396569 / Rmerge(I) obs: 0.115 / D res high: 2.4 Å / Num. obs: 26188 / % possible obs: 99.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 33216 / Num. obs: 32926 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 28.69 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rsym value: 0.036 / Net I/σ(I): 27.29 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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Phasing MAD | D res high: 2.4 Å / D res low: 43.38 Å / FOM : 0.336 / FOM acentric: 0.374 / FOM centric: 0.12 / 反射: 14132 / Reflection acentric: 12017 / Reflection centric: 2102 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: de novo phasing with iodide ions 解像度: 1.8→38.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 5.611 / SU ML: 0.087 / Isotropic thermal model: isotropic, TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 74.99 Å2 / Biso mean: 25.3846 Å2 / Biso min: 11.85 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→38.39 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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