PDB-4hde: The crystal structure of a SCO1/SenC family lipoprotein from Baci...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hde

タイトル

The crystal structure of a SCO1/SenC family lipoprotein from Bacillus anthracis str. Ames

要素

SCO1/SenC family lipoprotein

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / structural genomics / The Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.317 Å

データ登録者

Tan, K. / Zhou, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a SCO1/SenC family lipoprotein from Bacillus anthracis str. Ames
著者: Tan, K. / Zhou, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2012年10月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hde.cif.gz	86.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hde.ent.gz	65.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hde.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/4hde ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/4hde	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4wdc-d 3td2-d 5u4u-d 1o71-2 4tsl-1 3zwg-7 3zwg-4 4r0s-1 3zwg-9 1tzq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: IDP05583

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: SCO1/SenC family lipoprotein

19.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.985, 48.468, 88.551
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS EXPERIMENTALLY UNKNOWN. It is predicted to be a monomer.

#1: タンパク質	SCO1/SenC family lipoprotein 分子量: 19828.539 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 29-195 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames / 遺伝子: BAS2093, BA_2249, GBAA_2249 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q81R11, UniProt: A0A6L7H5L6*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.03 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.05M Magnessium chloride, 0.1M HEPES:NaOH, 30%(w/v)PEG MME550, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97937 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月12日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97937 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.317→23 Å / Num. all: 35792 / Num. obs: 35792 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 33.9
反射シェル	解像度: 1.317→1.34 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.653 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 1795 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
ARP		モデル構築
WARP		モデル構築
HKL-3000		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.317→22.56 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.38 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.185	1791	5.01 %	random
R_work	0.1617	-	-	-
obs	0.1629	35718	98.08 %	-
all	-	35718	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 36.775 Å² / k_sol: 0.334 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.5197 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.9094 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.3897 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.317→22.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1359	0	0	249	1608

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1423
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.042	1930
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.799	548
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	211
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	250

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3172-1.3528	0.2704	131	0.2512	2423	X-RAY DIFFRACTION	93
1.3528-1.3926	0.2276	149	0.228	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3926-1.4376	0.2269	125	0.2096	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4376-1.4889	0.2346	132	0.192	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4889-1.5485	0.2046	115	0.1755	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5485-1.619	0.1946	123	0.1663	2649	X-RAY DIFFRACTION	99
1.619-1.7043	0.1939	139	0.159	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7043-1.8111	0.1824	149	0.1575	2630	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8111-1.9508	0.196	158	0.1633	2596	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9508-2.147	0.1878	128	0.1626	2627	X-RAY DIFFRACTION	99
2.147-2.4573	0.1913	139	0.1625	2629	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4573-3.0947	0.2068	159	0.1648	2596	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0947-22.5634	0.1467	144	0.1427	2677	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6442	1.9794	-1.1531	2.2887	-0.7712	1.8292	-0.0626	-0.0016	-0.0957	-0.0274	0.0266	0.0056	0.0157	-0.0545	0.0528	0.062	0.021	0.0017	0.0728	-0.0058	0.0669	26.8879	25.358	-18.8147
2	1.1227	0.0639	0.425	2.3491	-0.0999	1.7921	-0.0341	-0.0291	0.0448	0.171	0.0056	-0.0218	-0.0415	0.0095	0.0229	0.0877	-0.0016	0.0141	0.1294	0.0016	0.1057	33.6121	24.9109	-8.0228
3	1.1332	0.0805	-0.0509	1.7623	0.186	0.7884	-0.0011	0.0221	0.1252	0.0355	0.0051	0.0396	-0.1157	-0.0229	0.0023	0.1204	-0.0016	0.0019	0.1216	0.0017	0.08	30.456	34.8519	-10.9488
4	2.4496	0.4252	1.5112	2.0906	0.4956	5.273	0.0333	-0.0714	-0.104	0.0524	-0.0126	-0.0733	0.1504	-0.0924	-0.0067	0.1153	-0.0154	0.0236	0.1333	0.0085	0.1365	25.4781	16.0233	-7.6433

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 28:55)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 56:100)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 101:165)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 166:195)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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