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- PDB-4hd9: Crystal structure of native human MAdCAM-1 D1D2 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hd9
タイトルCrystal structure of native human MAdCAM-1 D1D2 domain
要素Mucosal addressin cell adhesion molecule 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunoglobulin superfamily / rolling and firm adhesion / integrin alpha4beta7
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of lymphocyte migration / integrin binding involved in cell-matrix adhesion / leukocyte tethering or rolling / positive regulation of leukocyte migration / heterotypic cell-cell adhesion / receptor clustering / Integrin cell surface interactions / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell ...positive regulation of lymphocyte migration / integrin binding involved in cell-matrix adhesion / leukocyte tethering or rolling / positive regulation of leukocyte migration / heterotypic cell-cell adhesion / receptor clustering / Integrin cell surface interactions / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cell adhesion / immune response / signal transduction / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Adhesion molecule, immunoglobulin-like / Mucosal addressin cell adhesion molecule 1 / Adhesion molecule, immunoglobulin-like / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins ...Adhesion molecule, immunoglobulin-like / Mucosal addressin cell adhesion molecule 1 / Adhesion molecule, immunoglobulin-like / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mucosal addressin cell adhesion molecule 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Springer, T. / Yu, Y. / Zhu, J.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: A Different Fold with an Integrin-Binding Loop Specialized for Flexibility in Mucosal Addressin Cell Adhesion Molecule-1
著者: Springer, T. / Yu, Y. / Zhu, J. / Wang, J.-H. / Huang, P.-S.
履歴
登録2012年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mucosal addressin cell adhesion molecule 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5702
ポリマ－22,3481
非ポリマー2211
水4,450247
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.476, 99.988, 69.668
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-599-

HOH

21A-602-

HOH

31A-623-

HOH

41A-645-

HOH

51A-646-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Mucosal addressin cell adhesion molecule 1 / MAdCAM-1 / hMAdCAM-1


分子量: 22348.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MADCAM1 / 器官 (発現宿主): OVARY
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
株 (発現宿主): Lec3.2.8.1 / 参照: UniProt: Q13477
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10% PEG4K, 0.5M Li2SO4, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月31日
放射モノクロメーター: Cryogenically-cooled double crystal Si(111) monochromator.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→22.56 Å / Num. all: 23698 / Num. obs: 23698 / % possible obs: 72.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→22.56 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2144 2232 9.81 %Random
Rwork0.1711 ---
all0.177 22754 --
obs0.1753 22754 90.65 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→22.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1466 0 14 247 1727
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091692
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3412335
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.35648
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072277
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007315
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.73710.2885510.2357490X-RAY DIFFRACTION36
1.7371-1.77750.3667850.2568787X-RAY DIFFRACTION57
1.7775-1.82190.23841110.23781134X-RAY DIFFRACTION80
1.8219-1.87120.26411640.22371300X-RAY DIFFRACTION93
1.8712-1.92620.2151180.19741353X-RAY DIFFRACTION96
1.9262-1.98830.20481630.17821393X-RAY DIFFRACTION99
1.9883-2.05930.22731480.17711382X-RAY DIFFRACTION99
2.0593-2.14170.20181530.15881382X-RAY DIFFRACTION100
2.1417-2.23910.18721720.15671379X-RAY DIFFRACTION99
2.2391-2.35710.20291420.16251428X-RAY DIFFRACTION100
2.3571-2.50460.23441620.17271389X-RAY DIFFRACTION99
2.5046-2.69760.22531600.17091416X-RAY DIFFRACTION99
2.6976-2.96860.22691510.15941410X-RAY DIFFRACTION99
2.9686-3.39690.22071440.16321413X-RAY DIFFRACTION98
3.3969-4.27490.19441430.15441425X-RAY DIFFRACTION98
4.2749-22.56150.20371650.17831441X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.5499-1.94174.21192.3823-1.81146.1738-0.07840.48240.2820.0725-0.1205-0.3967-0.38961.0310.16810.1473-0.0523-0.01730.23620.03880.153448.75464.972731.5211
25.4713-0.86530.69077.3440.45755.7867-0.0233-0.1102-0.15910.3286-0.04350.02810.11130.43140.06380.1361-0.0042-0.01440.17750.02380.113753.341954.31837.8851
35.7936-0.36935.05662.7987-0.20086.49590.23350.0358-0.3225-0.14080.02670.05140.25590.2016-0.25510.1688-0.0458-0.01930.11490.03110.136147.905158.465637.1132
45.1885-0.84462.43050.3203-0.80994.3620.03720.12430.08930.0714-0.08720.039-0.0859-0.36720.01940.1597-0.0029-0.01630.1089-0.03150.159121.594369.298219.0947
52.6877-1.95390.72823.9277-0.62641.9271-0.0248-0.1241-0.04090.208-0.01310.1375-0.1819-0.19260.06140.1181-0.00180.02720.1242-0.01350.091620.524675.985223.6972
67.5341-4.50952.67523.0616-2.9114.6085-0.1022-0.4424-0.73980.02010.34210.59910.3585-0.4072-0.13280.1667-0.05220.04480.17430.00110.17316.716667.596225.1133
75.1489-2.15772.22022.6424-1.74094.548-0.06070.20930.2013-0.06260.01210.0886-0.4905-0.33160.05220.16310.04070.00550.11040.00440.116923.496177.47216.4713
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 1:20)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resseq 21:59)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resseq 60:86)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resseq 87:107)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resseq 108:143)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resseq 144:172)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resseq 173:203)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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