PDB-4hd4: Crystal Structure of Tyrosinase from Bacillus megaterium V218F mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hd4

タイトル

Crystal Structure of Tyrosinase from Bacillus megaterium V218F mutant

要素

Tyrosinase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / tyrosinase / type 3 copper protein

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus megaterium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Goldfeder, M. / Kanteev, M. / Adir, N. / Fishman, A.

引用

ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2013
タイトル: Influencing the monophenolase/diphenolase activity ratio in tyrosinase.
著者: Goldfeder, M. / Kanteev, M. / Adir, N. / Fishman, A.

履歴

登録	2012年10月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年1月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年2月13日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hd4.cif.gz	131.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hd4.ent.gz	103.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hd4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/4hd4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/4hd4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4hd6C 4hd7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4hd6-1 6ei4-1 4hd6-2 4d87-3 4hd7-1 6ei4-2 4d87-2 5tv8-1 4hd7-2 6edm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tyrosinase

B: Tyrosinase

ヘテロ分子

70.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tyrosinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Tyrosinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.000, 78.580, 85.890
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.13, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Tyrosinase 分子量: 35302.520 Da / 分子数: 2 / 変異: S2G, V218F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア) プラスミド: pET9d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B2ZB02
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.19 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 8000, sodium cacodylate, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9763 Å
検出器	日付: 2011年2月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→36.53 Å / Num. all: 54388 / Num. obs: 54388 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.099
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / % possible all: 96.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.7.3_928	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→28.451 Å / Occupancy max: 1.2 / Occupancy min: 0.24 / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.18 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2284	5457	10.04 %
R_work	0.2066	-	-
obs	0.2088	54339	95.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40 Å² / k_sol: 0.408 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.3479 Å²	0 Å²	1.4876 Å²
2-	-	-3.75 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.3924 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→28.451 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4708	0	2	236	4946

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	4884
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.222	6653
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.135	1783
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.096	661
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	884

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8205	0.2835	186	0.2276	1636	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8205-1.8419	0.2511	176	0.2155	1631	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8419-1.8643	0.2423	168	0.2187	1624	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8643-1.8879	0.2485	170	0.2158	1622	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8879-1.9128	0.255	192	0.2251	1676	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9128-1.939	0.2643	193	0.2095	1579	X-RAY DIFFRACTION	96
1.939-1.9667	0.2799	181	0.2125	1640	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9667-1.996	0.2554	175	0.2158	1659	X-RAY DIFFRACTION	97
1.996-2.0272	0.2431	211	0.2322	1571	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0272-2.0604	0.2594	185	0.2214	1654	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0604-2.0959	0.2692	194	0.2325	1665	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0959-2.134	0.2452	175	0.2218	1617	X-RAY DIFFRACTION	97
2.134-2.1751	0.2345	180	0.218	1690	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1751-2.2195	0.2293	196	0.2097	1595	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2195-2.2677	0.2416	176	0.2053	1670	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2677-2.3204	0.233	194	0.2151	1648	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3204-2.3784	0.2168	176	0.2102	1669	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3784-2.4427	0.2377	170	0.2119	1621	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4427-2.5145	0.25	210	0.2179	1645	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5145-2.5956	0.2656	186	0.2196	1652	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5956-2.6884	0.248	174	0.2191	1667	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6884-2.7959	0.2335	165	0.2274	1649	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7959-2.923	0.2087	162	0.2116	1647	X-RAY DIFFRACTION	96
2.923-3.077	0.2417	173	0.213	1655	X-RAY DIFFRACTION	96
3.077-3.2695	0.2338	196	0.2182	1618	X-RAY DIFFRACTION	95
3.2695-3.5215	0.233	198	0.211	1604	X-RAY DIFFRACTION	94
3.5215-3.8751	0.2096	187	0.1862	1622	X-RAY DIFFRACTION	95
3.8751-4.434	0.1835	176	0.1631	1605	X-RAY DIFFRACTION	93
4.434-5.5795	0.1587	175	0.1647	1596	X-RAY DIFFRACTION	92
5.5795-28.4549	0.1797	157	0.1879	1455	X-RAY DIFFRACTION	82

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)