PDB-4hd1: Crystal structure of squalene synthase HpnC from Alicyclobacillus...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hd1

タイトル

Crystal structure of squalene synthase HpnC from Alicyclobacillus acidocaldarius

要素

Squalene synthase HpnC

キーワード

TRANSFERASE / MCSG / STRUCTURAL GENOMICS / PSI-BIOLOGY / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

15-cis-phytoene synthase / geranylgeranyl-diphosphate geranylgeranyltransferase activity / farnesyl-diphosphate farnesyltransferase activity / squalene synthase activity / biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Chang, C. / Bearden, J. / Li, H. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of squalene synthase HpnC from Alicyclobacillus acidocaldarius
著者: Chang, C. / Bearden, J. / Li, H. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2012年10月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hd1.cif.gz	119.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hd1.ent.gz	101.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hd1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4hd1_validation.pdf.gz	436.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4hd1_full_validation.pdf.gz	437.8 KB	表示
XML形式データ	4hd1_validation.xml.gz	11.6 KB	表示
CIF形式データ	4hd1_validation.cif.gz	15 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/4hd1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/4hd1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1r1n-3 4gu9-1 3jw7-6 4elo-1 5lv1-2 3emy-d 1sw1-2 3tyh-8 3ppq-2 1am5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC107166

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Squalene synthase HpnC

ヘテロ分子

33.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.803, 124.803, 95.042
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	Squalene synthase HpnC 分子量: 33222.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius (バクテリア) 株: ATCC 27009 / DSM 446 / 104-1A / 遺伝子: Aaci_2442 / プラスミド: pMCSG57 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: C8WSG3, 15-cis-phytoene synthase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.75 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M Sodium Fluoride, 20% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97935 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月18日
放射	モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 17606 / Num. obs: 17122 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.4 % / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 49.5
反射シェル	解像度: 2.4→2.42 Å / 冗長度: 14.3 % / R_merge(I) obs: 0.985 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 427 / % possible all: 14.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
SBC-Collect	COLLECT	データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
SHELXDE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
RESOLVE		位相決定
CNS		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.4→33.69 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 18.503 / SU ML: 0.184 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.223
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.247	866	5.1 %	RANDOM
R_work	0.198	-	-	-
all	0.2004	17091	-	-
obs	0.2004	17091	97.14 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 280.39 Å² / B_iso mean: 79.1422 Å² / B_iso min: 41.69 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.99 Å²	-0.49 Å²	0 Å²
2-	-	-0.99 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→33.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2116	0	5	43	2164

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	2173
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.046	1.965	2938
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.135	5	264
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.333	21.405	121
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.458	15	359
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.594	15	37
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	314
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	1719
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.519	3	2172
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	21.93	5	25
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	12.569	5	2150

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.463 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.403	54	-
R_work	0.272	1055	-
all	-	1109	-
obs	-	1109	98.23 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.671	0.7623	1.3781	4.6871	0.0469	1.2313	-0.1139	-0.3056	-0.0662	-0.1839	0.2278	-0.2155	-0.0259	-0.345	-0.114	0.4623	-0.0285	-0.1973	0.454	0.122	0.5	39	84.182	43.167
2	15.6579	-0.6855	9.7735	0.1849	-1.1371	10.0918	0.1191	1.9494	0.6329	-0.1948	-0.2172	0.0432	1.1492	2.1701	0.0981	1.2778	-0.1315	-0.5155	0.6739	0.1751	0.5277	38.343	74.162	54.335
3	3.0131	-2.1743	1.1349	2.2275	0.9179	5.0277	0.1756	-0.2891	-0.0936	-0.1966	0.1418	-0.0097	-0.0702	-0.2493	-0.3175	0.4494	-0.0352	-0.1257	0.4337	0.0462	0.4873	45.692	82.77	51.402
4	0.3697	0.8553	1.4911	6.7681	4.7988	6.993	0.1479	-0.0354	-0.0224	0.4102	-0.2936	0.4168	0.2787	-0.5661	0.1457	0.538	-0.0314	-0.2493	0.4097	0.001	0.576	40.575	68.365	40.291
5	48.9336	4.4388	41.0025	84.2092	20.9165	38.443	1.0915	1.8039	0.6139	-5.8893	-2.8513	8.9981	0.3642	0.8954	1.7598	1.8807	-0.275	-1.3622	0.6131	-0.1056	1.5114	39.081	60.428	31.053
6	0.7706	-3.4422	1.563	20.3966	-2.1783	7.779	0.2306	0.0991	-0.007	-1.2331	-0.5107	0.3546	0.2501	0.2041	0.2802	0.6593	-0.0044	-0.2794	0.4461	-0.1315	0.329	45.713	68.417	29.574
7	0.1154	0.0359	-0.043	2.6812	-1.5432	0.9013	0.0774	0.1306	0.1833	-0.3307	0.0211	0.0596	0.1721	0.0107	-0.0985	0.5939	0.0246	-0.1231	0.4976	0.0696	0.5159	48.999	80.537	33.874
8	0.7854	1.1604	-0.4434	3.5991	-0.0412	0.5198	-0.0016	0.2236	-0.1245	-0.0979	0.0158	-0.2322	0.0902	-0.1175	-0.0143	0.6222	0.0489	-0.2384	0.3602	-0.1241	0.4404	52.186	59.191	41.804
9	0.7664	0.5852	-0.1206	1.1807	0.7871	1.1355	0.012	0.072	0.026	0.1156	0.0063	-0.0338	0.2398	-0.0118	-0.0183	0.5939	-0.0123	-0.2224	0.3545	-0.0558	0.4503	50.918	63.087	50.63
10	17.4041	-25.4956	16.1131	37.539	-23.6438	14.9923	0.717	-0.0954	-0.5051	-1.3423	-0.0327	0.7916	0.8815	-0.065	-0.6843	1.152	-0.0515	-0.4199	0.2652	-0.0641	0.5776	53.322	41.889	55.711
11	19.8753	12.6988	-1.7501	8.1222	-1.1133	0.1622	-0.2812	0.3012	-1.2705	-0.1156	0.1755	-0.8384	0.0477	-0.0455	0.1058	1.5683	-0.5099	-0.2015	0.3953	-0.2105	0.441	41.714	40.565	53.449
12	0.4411	0.8323	-0.2837	2.0198	0.2349	1.7368	0.0607	0.0119	0.0336	0.2315	0.0088	-0.086	0.2871	-0.1013	-0.0696	0.5726	-0.0355	-0.2565	0.3835	-0.0219	0.4803	52.924	63.533	61.097
13	3.9251	2.0425	-3.4816	9.6212	-0.2731	3.5237	-0.2479	-0.1635	-0.1207	0.5683	-0.1175	0.4954	0.4652	-0.1028	0.3654	0.8122	-0.3526	-0.1969	0.4573	-0.14	0.3989	43.228	53.438	64.654

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 23
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	24 - 28
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	29 - 43
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	44 - 57
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	58 - 63
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	64 - 72
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	73 - 97
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	98 - 130
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	131 - 184
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	185 - 190
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	191 - 201
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	202 - 247
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	248 - 261

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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