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- PDB-4hc1: Crystal structure of a loop deleted mutant of human MAdCAM-1 D1D2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hc1
タイトルCrystal structure of a loop deleted mutant of human MAdCAM-1 D1D2 complexed with Fab 10G3
要素
  • 10G3 heavy chain
  • 10G3 light chain
  • Mucosal addressin cell adhesion molecule 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunoglobulin superfamily / rolling and firm adhesion / integrin alpha4beta7
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of lymphocyte migration / integrin binding involved in cell-matrix adhesion / leukocyte tethering or rolling / positive regulation of leukocyte migration / heterotypic cell-cell adhesion / receptor clustering / Integrin cell surface interactions / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell ...positive regulation of lymphocyte migration / integrin binding involved in cell-matrix adhesion / leukocyte tethering or rolling / positive regulation of leukocyte migration / heterotypic cell-cell adhesion / receptor clustering / Integrin cell surface interactions / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cell adhesion / immune response / signal transduction / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Adhesion molecule, immunoglobulin-like / Mucosal addressin cell adhesion molecule 1 / Adhesion molecule, immunoglobulin-like / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins ...Adhesion molecule, immunoglobulin-like / Mucosal addressin cell adhesion molecule 1 / Adhesion molecule, immunoglobulin-like / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mucosal addressin cell adhesion molecule 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.871 Å
データ登録者Springer, T. / Yu, Y. / Zhu, J.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: A Different Fold with an Integrin-Binding Loop Specialized for Flexibility in Mucosal Addressin Cell Adhesion Molecule-1
著者: Springer, T. / Yu, Y. / Zhu, J. / Wang, J.-H. / Huang, P.-S.
履歴
登録2012年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mucosal addressin cell adhesion molecule 1
H: 10G3 heavy chain
L: 10G3 light chain
B: Mucosal addressin cell adhesion molecule 1
M: 10G3 heavy chain
N: 10G3 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,3598
ポリマ-137,9166
非ポリマー4422
55831
1
A: Mucosal addressin cell adhesion molecule 1
H: 10G3 heavy chain
L: 10G3 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,1794
ポリマ-68,9583
非ポリマー2211
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mucosal addressin cell adhesion molecule 1
M: 10G3 heavy chain
N: 10G3 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,1794
ポリマ-68,9583
非ポリマー2211
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)317.854, 71.727, 70.557
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.29, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Mucosal addressin cell adhesion molecule 1 / MAdCAM-1 / hMAdCAM-1


分子量: 21699.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MADCAM1 / 細胞株 (発現宿主): 293S / 器官 (発現宿主): kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13477
#2: 抗体 10G3 heavy chain


分子量: 23688.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 10G3 light chain


分子量: 23570.037 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / : C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Tris pH 7.0, 10% (w/v) PEG monomethyl ether (PEGMME) 2000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月17日
放射モノクロメーター: Cryogenically-cooled double crystal Si(111) monochromator.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.871→50 Å / Num. all: 35879 / Num. obs: 35879 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.9→2.97 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.871→49.327 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2529 1791 4.99 %random
Rwork0.2004 ---
all0.232 35861 --
obs0.203 35861 97.99 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.871→49.327 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9556 0 28 31 9615
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0049866
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91613444
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2543529
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461526
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041737
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8707-2.94830.3581980.29191999X-RAY DIFFRACTION75
2.9483-3.0350.36431420.26822615X-RAY DIFFRACTION100
3.035-3.1330.35021300.25572661X-RAY DIFFRACTION100
3.133-3.24490.28461260.26282694X-RAY DIFFRACTION100
3.2449-3.37480.35561500.24722628X-RAY DIFFRACTION100
3.3748-3.52840.27341480.2312661X-RAY DIFFRACTION100
3.5284-3.71440.28831320.22042677X-RAY DIFFRACTION100
3.7144-3.9470.24181360.20852659X-RAY DIFFRACTION100
3.947-4.25160.21971410.18332640X-RAY DIFFRACTION100
4.2516-4.67910.20311360.15162703X-RAY DIFFRACTION100
4.6791-5.35550.21811450.14592667X-RAY DIFFRACTION100
5.3555-6.74460.2091470.18842704X-RAY DIFFRACTION100
6.7446-49.33460.22291600.17972762X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7348-0.38460.8820.1044-0.18350.4561-0.00040.01420.0104-0.00560.00230.0048-0.00030.00150.00191.0020.05640.0121.01720.02921.054535.63744.837721.8027
2-0.00060.0003-0.00080.0011-0.00280.0019-0.01490.0098-0.01390.0230.06180.02220.0159-0.044-00.38270.10990.24280.07650.1090.373242.022-7.698628.9224
30.00020.00020.0006-0.0004-0.00010.0002-0.0061-0.00540.0055-0.01690.0090.0032-0.004-0.0033-00.0919-0.0536-0.01330.2011-0.09950.267639.7454-8.205110.1325
4-0.0069-0.02630.00590.00460.0090.00180.04950.04420.09080.02880.12990.0340.07170.017900.21510.02180.00460.1735-0.10310.233649.0888-7.98817.382
5-0.0033-0.00010.00380.0007-0.0052-0.00040.02650.10380.03040.07020.06420.0543-0.00210.0124-00.4722-0.09620.08920.3270.02060.281344.13810.32710.7365
60.00950.01550.00540.01170.0112-0.00020.1278-0.1496-0.0027-0.1498-0.1174-0.02270.02180.000300.40150.07330.05670.25320.03750.324940.9871-1.456344.704
70.0181-0.0024-0.00090.02720.003-0.006-0.0907-0.0960.0112-0.10980.06010.0363-0.00980.026500.17370.01820.02020.1629-0.020.23833.64924.205452.2161
8-0.00040.0039-0.00540.0058-0.0022-0.0046-0.03040.03030.0341-0.0199-0.0250.0299-0.04080.064900.4191-0.1463-0.09790.1460.05240.385246.03717.133846.8577
90.00250.0063-0.00020.01280.00120.0001-0.06710.02420.02380.0215-0.02530.0145-0.02010.030100.2920.017-0.04340.14660.01070.39937.66227.963353.7076
100.0030.0033-0.00570.01610.0009-0.0017-0.0424-0.06090.0111-0.0614-0.0564-0.00630.0228-0.0231-00.12280.0251-0.02650.19250.0070.194330.861-1.951653.7272
110.0017-0.00530.00180.0212-0.00690.0029-0.02180.002-0.0075-0.005-0.0151-0.0069-0.01630.001900.39910.07190.13660.5131-0.04220.57819.908211.804556.5921
120.00070.00460.0041-0.0001-0.00070.0007-0.01-0.00890.00860.0012-0.02850.0081-0.027-0.007800.0998-0.16430.21060.1747-0.05650.26065.1184-2.029462.6125
130.0009-0.0025-0.00090-0.0010.0016-0.00990.0082-0.0014-0.01040.02590.0105-0.00520.011600.28990.2271-0.00470.2951-0.08470.37194.34321.903643.6719
140.01330.00410.00050.01430.008-0.0033-0.03620.09070.05890.065-0.0305-0.06020.04-0.028400.1908-0.0097-0.02570.2337-0.08240.246710.727-4.680646.6089
150.00140.0044-0.00010.00530.0030.003-0.0553-0.0572-0.0575-0.0530.05510.0048-0.01870.0296-00.265-0.02940.02520.4399-0.10860.400212.5588-0.761853.6891
160.01950.02620.0041-0.02040.01560.003-0.027-0.0010.0557-0.0141-0.05670.081-0.00170.011600.24880.00240.04520.3802-0.00110.32178.34543.701966.6324
170.00210.00780.00030.00030.00260.00080.0093-0.0147-0.0178-0.00480.02970.0087-0.01090.013900.4201-0.29990.0920.4664-0.05340.27453.415612.045396.7716
180.00280.010.01180.0080.01070.010.07330.0385-0.00370.0436-0.01340.1154-0.00340.139100.2232-0.2440.12490.5304-0.04390.31455.405212.837482.6396
19-0.0003-0.0007-0.0006-00.00110.0065-0.00410.0014-0.0121-0.0113-0.0039-0.00470.00490.005200.69810.0682-0.16950.68570.03630.693317.49-3.488678.9706
200.00790.00750.00280.00310.0042-0.00250.06360.038-0.00630.0137-0.0431-0.01860.02130.088400.3055-0.32620.10250.2773-0.1250.33937.915912.702388.2997
210.01040.0123-0.00310.00090.00370.0004-0.00690.05220.04520.0424-0.15920.09840.05390.0679-00.4273-0.12220.02740.3424-0.03140.313-3.589110.248385.8067
220.00530.0048-0.00480.0046-0.0009-0.00120.0159-0.05950.03790.01520.00520.02370.00380.0554-00.2655-0.1052-0.03790.28010.10180.256882.5592-11.345225.2946
230.0228-0.01170.0308-0.01210.00330.0126-0.03510.00430.0780.0221-0.10990.11410.07950.110100.2609-0.0467-0.02940.1699-0.04680.219570.1376-11.557324.5775
240.0083-0.03190.0046-0.0234-0.0108-0.0255-0.2161-0.02080.0517-0.0212-0.14660.05660.12190.095800.1005-0.0901-0.03520.14270.03340.112475.1432-12.839924.8402
25-0.02830.007-0.0193-0.0426-0.031-0.00830.0421-0.03410.064-0.22230.1885-0.2434-0.11740.0448-00.010.2147-0.13540.09810.09770.1422105.5083-12.11656.5391
260.00060.0017-0.00230.0014-0.00210.00710.01910.0177-0.00640.01980.0395-0.02770.008-0.003200.26130.04260.02040.2320.1160.2272102.7052-1.5191-10.2289
270.0219-0.0231-0.0109-0.0016-0.0393-0.00030.0349-0.0467-0.084-0.0348-0.0012-0.071-0.0907-0.092100.17590.02750.00170.18910.02170.165599.6212-6.98716.9005
280.0011-00.00060.0086-0.00130.0018-0.0386-0.03060.03030.002-0.0229-0.01470.01120.006300.4112-0.0528-0.11350.34880.06980.416134.6335-19.111853.4447
290.0053-0.0430.02160.0212-0.0512-0.0067-0.2742-0.035-0.0573-0.0128-0.20550.1269-0.07310.1824-00.28910.03220.13260.0377-0.02750.251123.8913-26.612857.1536
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35-0.00070.00020.00090.00030.00170.00410.10380.02690.01710.03180.0687-0.04750.0183-0.027300.244-0.0401-0.02360.44020.07160.130171.1026-6.6591-2.5439
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410.00090.00030.00290.00170.00010.00190.0135-0.01210.02780.0157-0.0283-0.00760.03920.006-00.3248-0.0598-0.02490.6304-0.05050.449729.3011-18.216729.3056
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43-0.0775-0.09260.0545-0.0260.02170.00430.10130.41070.1690.20430.39120.3267-0.0787-0.160200.51550.2583-0.08240.43-0.2971-0.064439.2973-45.754527.3517
44-0.00370.00010.00580.00460.0060.00170.0720.09440.00490.02180.0766-0.01080.0075-0.019900.76290.0317-0.08220.3497-0.35770.561742.3542-55.816323.0997
45-0.0028-0.0057-0.00060.00120.00520.0051-0.02460.0007-0.0028-0.02390.02130.02360.00250.0377-00.37230.2734-0.05810.4908-0.06380.27744.0292-49.9517.9326
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 9:10 )A9 - 10
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 11:23 )A11 - 23
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 24:29 )A24 - 29
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 30:67 )A30 - 67
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 68:83 )A68 - 83
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 84:103 )A84 - 103
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 104:139 )A104 - 139
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 140:159 )A140 - 159
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 160:171 )A160 - 171
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN A AND RESID 172:203 )A172 - 203
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 9:11 )B9 - 11
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 12:23 )B12 - 23
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 24:29 )B24 - 29
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN B AND RESID 30:58 )B30 - 58
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN B AND RESID 59:79 )B59 - 79
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN B AND RESID 80:98 )B80 - 98
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN B AND RESID 99:113 )B99 - 113
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN B AND RESID 114:148 )B114 - 148
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN B AND RESID 149:159 )B149 - 159
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN B AND RESID 160:171 )B160 - 171
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN B AND RESID 172:203 )B172 - 203
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN H AND RESID 1:17 )H1 - 17
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN H AND RESID 18:63 )H18 - 63
24X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN H AND RESID 64:118 )H64 - 118
25X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN H AND RESID 119:136 )H119 - 136
26X-RAY DIFFRACTION26( CHAIN H AND RESID 137:142 )H137 - 142
27X-RAY DIFFRACTION27( CHAIN H AND RESID 143:218 )H143 - 218
28X-RAY DIFFRACTION28( CHAIN M AND RESID 1:6 )M1 - 6
29X-RAY DIFFRACTION29( CHAIN M AND RESID 7:63 )M7 - 63
30X-RAY DIFFRACTION30( CHAIN M AND RESID 64:102 )M64 - 102
31X-RAY DIFFRACTION31( CHAIN M AND RESID 103:118 )M103 - 118
32X-RAY DIFFRACTION32( CHAIN M AND RESID 119:138 )M119 - 138
33X-RAY DIFFRACTION33( CHAIN M AND RESID 139:219 )M139 - 219
34X-RAY DIFFRACTION34( CHAIN L AND RESID 1:74 )L1 - 74
35X-RAY DIFFRACTION35( CHAIN L AND RESID 75:86 )L75 - 86
36X-RAY DIFFRACTION36( CHAIN L AND RESID 87:105 )L87 - 105
37X-RAY DIFFRACTION37( CHAIN L AND RESID 106:186 )L106 - 186
38X-RAY DIFFRACTION38( CHAIN L AND RESID 187:201 )L187 - 201
39X-RAY DIFFRACTION39( CHAIN L AND RESID 202:212 )L202 - 212
40X-RAY DIFFRACTION40( CHAIN N AND RESID 1:75 )N1 - 75
41X-RAY DIFFRACTION41( CHAIN N AND RESID 76:85 )N76 - 85
42X-RAY DIFFRACTION42( CHAIN N AND RESID 86:105 )N86 - 105
43X-RAY DIFFRACTION43( CHAIN N AND RESID 106:186 )N106 - 186
44X-RAY DIFFRACTION44( CHAIN N AND RESID 187:198 )N187 - 198
45X-RAY DIFFRACTION45( CHAIN N AND RESID 199:213 )N199 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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