PDB-4hbo: Crystal Structure of Rubella virus capsid protein (residues 127-277)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4hbo

タイトル

Crystal Structure of Rubella virus capsid protein (residues 127-277)

要素

Capsid protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / partial beta barrel / capsid protein

機能・相同性

機能・相同性情報

T=4 icosahedral viral capsid / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / RNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rubella virus (風疹ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.241 Å

データ登録者

Mangala Prasad, V. / Fokine, A. / Rossmann, M.G.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Rubella virus capsid protein structure and its role in virus assembly and infection.
著者: Mangala Prasad, V. / Willows, S.D. / Fokine, A. / Battisti, A.J. / Sun, S. / Plevka, P. / Hobman, T.C. / Rossmann, M.G.

履歴

登録	2012年9月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年12月25日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.3	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4hbo.cif.gz	178.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4hbo.ent.gz	142 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4hbo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4hbo_validation.pdf.gz	465.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4hbo_full_validation.pdf.gz	483.6 KB	表示
XML形式データ	4hbo_validation.xml.gz	17.5 KB	表示
CIF形式データ	4hbo_validation.cif.gz	23.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/4hbo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/4hbo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4harSC 4hbeC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4kg3-3 4kg4-2 2ova-d 1lf7-d 3hyq-d 3gkn-1 2d86-d 4u8t-5 4u8t-2 3l8e-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Capsid protein

B: Capsid protein

C: Capsid protein

D: Capsid protein

E: Capsid protein

74.9 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Capsid protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Capsid protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Capsid protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30 kDa, 2 ポリマー
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4

D: Capsid protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30 kDa, 2 ポリマー
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5

E: Capsid protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.790, 279.700, 76.725
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

詳細

The biological unit is a dimer. There are 5 monomers in the asymmetric unit (chain A, B, C, D and E), which form 5 biological units on application of a 2-fold along 'b' axis.

#1: タンパク質	Capsid protein 分子量: 14987.403 Da / 分子数: 5 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rubella virus (風疹ウイルス) / 株: M33 / 遺伝子: Capsid / プラスミド: pGEX-KG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8QL55, UniProt: P08563*PLUS
Has protein modification	Y
配列の詳細	N-TERMINAL 20 AMINO ACIDS ASN PRO PHE GLN ALA ALA VAL ALA ARG GLY LEU ARG PRO PRO LEU HIS ASP PRO ...N-TERMINAL 20 AMINO ACIDS ASN PRO PHE GLN ALA ALA VAL ALA ARG GLY LEU ARG PRO PRO LEU HIS ASP PRO ASP THR WERE INCLUDED IN CRYSTALLIZATION SET UP BUT WERE DEGRADED DURING CRYSTALLIZATION

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 19.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 18% PEG 4000, 20% 2-propanol, 0.1 M Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 298 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月20日

放射

モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.241→50 Å / Num. obs: 7669 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.7 % / R_merge(I) obs: 0.107 / Χ²: 1.351 / Net I/σ(I): 7.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
3.25-3.31	10.8	0.522	357	1.198	1	92.7
3.31-3.37	12.7	0.432	367	1.238	1	100
3.37-3.43	12.7	0.315	366	1.163	1	100
3.43-3.5	12	0.285	390	1.246	1	100
3.5-3.58	12.6	0.263	357	1.257	1	94.2
3.58-3.66	12.6	0.262	381	1.373	1	99.5
3.66-3.75	12.6	0.18	367	1.309	1	100
3.75-3.85	12.1	0.241	392	1.327	1	99.7
3.85-3.97	12.7	0.182	360	1.27	1	96.5
3.97-4.09	12.6	0.149	372	1.333	1	100
4.09-4.24	12.2	0.12	381	1.341	1	99.7
4.24-4.41	12.4	0.098	389	1.349	1	99
4.41-4.61	12.7	0.099	375	1.394	1	100
4.61-4.85	12.8	0.098	392	1.394	1	99.5
4.85-5.16	13.5	0.09	380	1.399	1	100
5.16-5.56	13.6	0.092	399	1.35	1	100
5.56-6.11	14.1	0.085	396	1.255	1	100
6.11-7	13.9	0.094	394	1.412	1	100
7-8.81	13.6	0.073	414	1.566	1	100
8.81-50	12.3	0.061	440	1.712	1	99.1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.5 Å	46.62 Å
Translation	3.5 Å	46.62 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.3.0	位相決定
PHENIX	1.8_1069	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4HAR

4har

解像度: 3.241→46.617 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.5829 / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 44.33 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3679	1355	9.9 %	Thin resolution shells
R_work	0.3398	-	-	-
all	0.3424	13688	-	-
obs	0.3424	13688	96.69 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 338.52 Å² / B_iso mean: 96.507 Å² / B_iso min: 20 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.241→46.617 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3155	0	0	0	3155

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3250
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.197	4418
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.084	437
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	586
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.395	1144

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.2408-3.3566	0.4101	145	0.3985	1171	1316	93
3.3566-3.491	0.3558	141	0.3268	1278	1419	99
3.491-3.6498	0.4028	145	0.3459	1234	1379	97
3.6498-3.8421	0.384	137	0.3257	1266	1403	99
3.8421-4.0827	0.3905	141	0.3363	1204	1345	98
4.0827-4.3977	0.2847	132	0.2897	1277	1409	99
4.3977-4.8399	0.3152	134	0.2905	1264	1398	99
4.8399-5.5392	0.3372	139	0.3171	1260	1399	99
5.5392-6.9751	0.4425	132	0.374	1261	1393	99
6.9751-46.6215	0.4271	109	0.4499	1118	1227	86

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7779	0.8809	-0.1486	0.5951	0.1963	1.3591	-0.047	-0.6216	-1.0584	-0.0724	0.0406	-0.7743	0.4745	-0.1585	0.1182	1.0564	-0.0297	0.1678	0.669	-0.1704	2.1687	-16.4048	23.2338	15.1755
2	2.716	-0.7913	1.6778	4.4382	-0.1464	3.9173	-0.1033	-0.6573	1.7868	0.5965	-0.2131	-0.596	-0.3035	-0.4546	0.1194	0.4783	0.0569	0.0352	0.6204	-0.2488	1.2492	-15.9444	32.8537	-14.6615
3	4.7848	-1.5601	-0.5653	3.4818	-1.1916	4.3769	0.1229	-0.2285	-0.1694	0.0776	-0.1026	-0.8506	0.2585	0.8293	0.2792	0.8673	-0.0484	-0.2813	0.5017	-0.0079	0.9849	4.4424	60.8908	-16.0054
4	5.5848	1.981	1.2879	4.8428	-0.0931	3.8995	-0.3786	0.5576	-0.5086	0.1738	-0.1669	-0.2476	0.2854	-0.3068	0.5209	0.5036	0.1842	0.0605	0.5088	-0.0848	0.4255	4.4851	50.2864	15.2703
5	6.0551	-1.672	-0.2854	4.7956	0.1535	3.4745	-0.1341	-0.4219	-0.8399	0.8732	-0.3762	-0.7033	0.2327	0.449	0.5089	0.3624	-0.0288	0.0726	0.6049	0.1223	0.5711	4.6354	5.817	-14.9094

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and ((resseq 27:120))	A	27 - 120
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and ((resseq 27:120))	B	27 - 120
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and ((resseq 27:120))	C	27 - 120
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and ((resseq 27:120))	D	27 - 120
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'E' and ((resseq 27:120))	E	27 - 120

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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