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- PDB-4hb9: Crystal structure of a putative FAD containing monooxygenase from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hb9
タイトルCrystal structure of a putative FAD containing monooxygenase from Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 (Target PSI-012791)
要素Similarities with probable monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / flavin / Structural genomics / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC / PSI / Aromatic ring hydroxylase-like / PSI-Biology
機能・相同性
機能・相同性情報


FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD_binding_3 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Photorhabdus luminescens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Sampathkumar, P. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2017
タイトル: Stilbene epoxidation and detoxification in a Photorhabdus luminescens -nematode symbiosis.
著者: Park, H.B. / Sampathkumar, P. / Perez, C.E. / Lee, J.H. / Tran, J. / Bonanno, J.B. / Hallem, E.A. / Almo, S.C. / Crawford, J.M.
履歴
登録2012年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.22022年6月15日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Similarities with probable monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,66412
ポリマ－46,2581
非ポリマー1,40611
水4,324240
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.008, 71.008, 157.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細The biological assembly is a probable monomer

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要素

#1: タンパク質 Similarities with probable monooxygenase


分子量: 46258.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Photorhabdus luminescens (バクテリア)
株: laumondii TTO1 / 遺伝子: plu2236 / プラスミド: pSGC-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) CodonPlus RIL / 参照: UniProt: Q7N4T1
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.49 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Protein (20 mM Hepes, pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol, Reservoir (MCSG3 #31; C7: 0.1 M Bis-Tris Propane:HCl pH 7.0, 1.0 M Ammonium Citrate Tribasic pH 7.0 ); Cryoprotection (30% Ethylene ...詳細: Protein (20 mM Hepes, pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% glycerol, Reservoir (MCSG3 #31; C7: 0.1 M Bis-Tris Propane:HCl pH 7.0, 1.0 M Ammonium Citrate Tribasic pH 7.0 ); Cryoprotection (30% Ethylene glycol), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月23日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→50 Å / Num. all: 35439 / Num. obs: 35439 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 19.2 % / Biso Wilson estimate: 24 Å2 / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 30.5
反射 シェル解像度: 1.93→1.96 Å / 冗長度: 18.3 % / Mean I/σ(I) obs: 5.38 / Num. unique all: 1728 / Rsym value: 0.772 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.7.0025精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-3000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXC位相決定
SHELXD位相決定
SHELXE(HKL2MAP)モデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.93→48.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 2.795 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2179 1765 5 %RANDOM
Rwork0.1752 ---
obs0.1773 35385 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 102.69 Å2 / Biso mean: 28.9816 Å2 / Biso min: 14.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.53 Å20.77 Å20 Å2
2--1.53 Å20 Å2
3----2.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→48.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2926 0 93 240 3259
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0193128
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022996
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4441.9874246
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.77836885
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.75392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.30723.971136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.62515486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8681520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2476
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213503
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02720
LS精密化 シェル解像度: 1.932→1.982 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 137 -
Rwork0.196 2446 -
all-2583 -
obs--99.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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