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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4hb0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of CRM1 inhibitor Leptomycin B in complex with CRM1(K541Q,K542Q,R543S,K545Q,K548Q,K579Q)-Ran-RanBP1 | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN TRANSPORT/ANTIBIOTIC / HEAT repeat / nuclear export / Ran-RanBP1 / LMB / leptomycin B / PROTEIN TRANSPORT-ANTIBIOTIC complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of mitotic centrosome separation / RNA nuclear export complex / pre-miRNA export from nucleus / nuclear export signal receptor activity / snRNA import into nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / cellular response to mineralocorticoid stimulus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / manchette / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) ...positive regulation of mitotic centrosome separation / RNA nuclear export complex / pre-miRNA export from nucleus / nuclear export signal receptor activity / snRNA import into nucleus / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / cellular response to mineralocorticoid stimulus / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / manchette / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / SUMOylation of SUMOylation proteins / importin-alpha family protein binding / spindle pole body / protein localization to kinetochore / SUMOylation of RNA binding proteins / protein localization to nucleolus / U4 snRNA binding / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / nuclear export / Nuclear import of Rev protein / GTP metabolic process / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / tRNA processing in the nucleus / RNA export from nucleus / SUMOylation of chromatin organization proteins / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / MicroRNA (miRNA) biogenesis / nuclear import signal receptor activity / DNA metabolic process / dynein intermediate chain binding / NLS-bearing protein import into nucleus / MAPK6/MAPK4 signaling / mitotic sister chromatid segregation / spermatid development / ribosomal large subunit export from nucleus / sperm flagellum / U5 snRNA binding / ribosomal small subunit export from nucleus / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / mRNA export from nucleus / ribosomal subunit export from nucleus / nuclear pore / U1 snRNA binding / centriole / protein export from nucleus / viral process / GTPase activator activity / mitotic spindle organization / G protein activity / male germ cell nucleus / hippocampus development / Transcriptional regulation by small RNAs / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / recycling endosome / kinetochore / small GTPase binding / positive regulation of protein import into nucleus / G1/S transition of mitotic cell cycle / protein import into nucleus / GDP binding / melanosome / positive regulation of protein binding / nuclear envelope / mitotic cell cycle / midbody / actin cytoskeleton organization / ubiquitin-dependent protein catabolic process / cadherin binding / protein heterodimerization activity / protein domain specific binding / cell division / GTPase activity / chromatin binding / chromatin / nucleolus / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / magnesium ion binding / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Sun, Q. / Chook, Y.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013 タイトル: Nuclear export inhibition through covalent conjugation and hydrolysis of Leptomycin B by CRM1. 著者: Sun, Q. / Carrasco, Y.P. / Hu, Y. / Guo, X. / Mirzaei, H. / Macmillan, J. / Chook, Y.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4hb0.cif.gz | 574.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4hb0.ent.gz | 479.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4hb0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4hb0_validation.pdf.gz | 976.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4hb0_full_validation.pdf.gz | 988.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4hb0_validation.xml.gz | 55.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4hb0_validation.cif.gz | 82.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/4hb0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hb/4hb0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 3種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 24456.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAN, ARA24, OK/SW-cl.81 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62826 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 16378.788 Da / 分子数: 1 / Fragment: RanDB1 (UNP residues 62-201) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: YRB1, CST20, HTN1, SFO1, YDR002W, YD8119.08 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41920 |
#3: タンパク質 | 分子量: 117323.469 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / Mutation: T539C,K541Q,K542Q,R543S,K545Q,K548Q,K579Q,Y1022C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: CRM1, KAP124, XPO1, YGR218W, G8514 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30822 |
-非ポリマー , 5種, 797分子
#4: 化合物 | ChemComp-GNP / | ||
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#5: 化合物 | ChemComp-MG / | ||
#6: 化合物 | ChemComp-LBF / | ||
#7: 化合物 | ChemComp-CL / #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
配列の詳細 | CHAIN C COMPRISES RESIDUES 1-376 AND 414-1058 OF EXPORTIN-1 (UNP P30822) WITH RESIDUES 377-413 DELETED. |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.19 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: 18% PEG3350, 200 mM ammonium nitrate, 100 mM Bis-Tris, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID |
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検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD |
放射 | モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 87149 / Num. obs: 85406 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.6.0117 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 12.155 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.245 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 50.102 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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