PDB-4had: Crystal structure of probable oxidoreductase protein from Rhizobi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4had

タイトル

Crystal structure of probable oxidoreductase protein from Rhizobium etli CFN 42

要素

Probable oxidoreductase protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NYSGRC / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhizobium etli (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of probable oxidoreductase protein from Rhizobium etli CFN 42
著者: Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. / Matikainen, B. / Chamala, S. / Lim, S. / Celikgil, A. ...

履歴

登録	2012年9月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4had.cif.gz	528 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4had.ent.gz	434.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4had.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4had_validation.pdf.gz	455.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4had_full_validation.pdf.gz	464.4 KB	表示
XML形式データ	4had_validation.xml.gz	61.7 KB	表示
CIF形式データ	4had_validation.cif.gz	85.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/4had ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/4had	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6a3g-d 5nej-d 6a3i-d 1zba-d 4iv1-d 5d8a-d 5ddj-d 1fmd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NYSGRC-014311

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Probable oxidoreductase protein

B: Probable oxidoreductase protein

C: Probable oxidoreductase protein

D: Probable oxidoreductase protein

ヘテロ分子

159 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.662, 160.081, 192.646
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: _ / Auth seq-ID: 0 - 328 / Label seq-ID: 22 - 350

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D
1	4	B	B
2	4	C	C
1	5	B	B
2	5	D	D
1	6	C	C
2	6	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Probable oxidoreductase protein 分子量: 39793.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhizobium etli (根粒菌) / 株: CFN 42 / 遺伝子: RHE_CH00272 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: Q2KDJ1
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 877 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.39 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.17M ammonium acetate, 0.085 M sodium citrate-HCl, pH 5.6, 25.5% PEG4000, 15% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 0.9791 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 3.4 % / Av σ(I) over netI: 13.02 / 数: 618604 / R_merge(I) obs: 0.132 / Χ²: 1.93 / D res high: 2 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 180659 / % possible obs: 98.3

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.43	50	99.9	1	0.047	2.051	3.9
4.31	5.43	99.8	1	0.057	2.59	3.7
3.76	4.31	99.8	1	0.07	2.924	3.6
3.42	3.76	99.5	1	0.085	2.882	3.5
3.17	3.42	99.2	1	0.102	2.459	3.5
2.99	3.17	99	1	0.127	2.299	3.5
2.84	2.99	98.9	1	0.154	2.107	3.4
2.71	2.84	98.6	1	0.188	1.956	3.4
2.61	2.71	98.7	1	0.218	1.873	3.4
2.52	2.61	98.4	1	0.269	1.757	3.4
2.44	2.52	98	1	0.291	1.72	3.4
2.37	2.44	97.9	1	0.344	1.645	3.3
2.31	2.37	97.8	1	0.365	1.598	3.3
2.25	2.31	97.1	1	0.398	1.588	3.3
2.2	2.25	97.4	1	0.441	1.529	3.3
2.15	2.2	97.2	1	0.515	1.514	3.3
2.11	2.15	97.1	1	0.619	1.431	3.3
2.07	2.11	97	1	0.659	1.427	3.3
2.03	2.07	97.1	1	0.736	1.388	3.3
2	2.03	97.3	1	0.868	1.343	3.3

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 180659 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.132 / Χ²: 1.933 / Net I/σ(I): 7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2-2.03	3.3	0.868	8898	1.343	1	97.3
2.03-2.07	3.3	0.736	9042	1.388	1	97.1
2.07-2.11	3.3	0.659	8792	1.427	1	97
2.11-2.15	3.3	0.619	8947	1.431	1	97.1
2.15-2.2	3.3	0.515	8914	1.514	1	97.2
2.2-2.25	3.3	0.441	8960	1.529	1	97.4
2.25-2.31	3.3	0.398	8934	1.588	1	97.1
2.31-2.37	3.3	0.365	8955	1.598	1	97.8
2.37-2.44	3.3	0.344	9025	1.645	1	97.9
2.44-2.52	3.4	0.291	9045	1.72	1	98
2.52-2.61	3.4	0.269	8964	1.757	1	98.4
2.61-2.71	3.4	0.218	9127	1.873	1	98.7
2.71-2.84	3.4	0.188	9087	1.956	1	98.6
2.84-2.99	3.4	0.154	9041	2.107	1	98.9
2.99-3.17	3.5	0.127	9076	2.299	1	99
3.17-3.42	3.5	0.102	9128	2.459	1	99.2
3.42-3.76	3.5	0.085	9176	2.882	1	99.5
3.76-4.31	3.6	0.07	9137	2.924	1	99.8
4.31-5.43	3.7	0.057	9175	2.59	1	99.8
5.43-50	3.9	0.047	9236	2.051	1	99.9

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-3000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→20.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / WR_factor R_free: 0.2006 / WR_factor R_work: 0.1703 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.11 / FOM work R set: 0.8565 / SU B: 8.108 / SU ML: 0.114 / SU R Cruickshank DPI: 0.1731 / SU R_free: 0.1462 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2056	4762	5 %	RANDOM
R_work	0.1748	-	-	-
obs	0.1763	95313	98.75 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 163.7 Å² / B_iso mean: 32.9759 Å² / B_iso min: 12.74 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.02 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.84 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→20.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10034	0	4	877	10915

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	10293
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	9678
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.248	1.949	13949
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.034	3	22209
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.919	5	1280
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.284	23.537	523
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.754	15	1655
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.855	15	97
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	1525
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	11820
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	2461

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: LOCAL / Weight: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms
1	1	A	19989	0.06
1	2	B	19989	0.06
2	1	A	19950	0.07
2	2	C	19950	0.07
3	1	A	20013	0.07
3	2	D	20013	0.07
4	1	B	19813	0.07
4	2	C	19813	0.07
5	1	B	19971	0.06
5	2	D	19971	0.06
6	1	C	19893	0.07
6	2	D	19893	0.07

LS精密化シェル

解像度: 2.002→2.054 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.288	346	-
R_work	0.256	6506	-
all	-	6852	-
obs	-	-	97.12 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2802	-0.2662	0.0923	1.1723	0.6	1.143	0.0856	0.188	0.0559	-0.1833	-0.1033	-0.1178	0.0787	0.0363	0.0178	0.1759	0.0419	0.035	0.15	0.0535	0.1572	34.614	82.048	93.4
2	0.4707	-0.1664	0.3112	1.2366	0.427	1.3964	0.0236	-0.0385	-0.1514	-0.0359	-0.0191	0.0251	0.3258	-0.0297	-0.0046	0.2112	0.0092	0.0036	0.012	0.0438	0.2017	39.832	60.229	121.559
3	0.5859	-0.2947	-0.0845	1.1051	0.2969	1.2617	-0.0309	0.042	0.3733	0.1046	-0.0323	-0.2353	-0.3353	0.0034	0.0633	0.23	-0.0165	-0.0481	0.0063	0.0459	0.413	41.749	114.698	118.901
4	0.6879	-0.0874	0.0592	1.0851	0.3237	1.0814	-0.1076	-0.2788	0.1513	0.2363	0.0759	-0.1406	-0.1411	-0.0551	0.0318	0.204	0.0521	-0.0492	0.1275	-0.0334	0.1777	33.255	93.344	146.641

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 328
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	0 - 328
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	0 - 328
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	0 - 328

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)