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万見
- PDB-4haa: Structure of Ribonuclease Binase Glu43Ala/Phe81Ala Mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4haa
タイトルStructure of Ribonuclease Binase Glu43Ala/Phe81Ala Mutant
要素Ribonuclease
キーワードHYDROLASE / endoribonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA endonuclease activity / RNA binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Barnase / Microbial ribonucleases / Guanine-specific ribonuclease N1/T1/U2 / Ribonuclease/ribotoxin / ribonuclease / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacillus intermedius (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Polyakov, K.M. / Trofimov, A.A. / Mitchevich, V.A. / Dorovatovskii, P.V. / Schulga, A.A. / Makarov, A.A. / Tkach, E.N. / Goncharuk, D.A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structure and functional studies of the ribonuclease binase Glu43Ala/Phe81Ala mutant.
著者: Mitkevich, V.A. / Schulga, A.A. / Trofimov, A.A. / Dorovatovskii, P.V. / Goncharuk, D.A. / Tkach, E.N. / Makarov, A.A. / Polyakov, K.M.
履歴
登録2012年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月29日Group: Database references
改定 1.22014年2月5日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease
B: Ribonuclease
C: Ribonuclease
D: Ribonuclease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3744
ポリマ－48,3744
非ポリマー00
水4,756264
1
A: Ribonuclease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0931
ポリマ－12,0931
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ribonuclease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0931
ポリマ－12,0931
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Ribonuclease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0931
ポリマ－12,0931
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Ribonuclease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0931
ポリマ－12,0931
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.360, 50.360, 196.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質
Ribonuclease / Binase / RNase Bi


分子量: 12093.490 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 54-162 / 変異: E43A/F81A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus intermedius (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P00649, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.15 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5
詳細: 10 mg/mL protein, reservoir: 0.1 M citric acid, pH 3.5, 3 M sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: KURCHATOV SNC / ビームライン: K4.4 / 波長: 0.983 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.983 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.524
11-H, K, -L20.476
反射解像度: 1.89→60 Å / Num. all: 37967 / Num. obs: 37967 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.091
反射 シェル解像度: 1.89→2.01 Å / Rmerge(I) obs: 0.492 / Mean I/σ(I) obs: 2.49 / Num. unique all: 5895 / % possible all: 89.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GOV

1gov


解像度: 1.9→18.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 2.02 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.03 / ESU R Free: 0.027 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20544 1909 5 %RANDOM
Rwork0.17714 ---
obs0.1786 35961 98.95 %-
all-35961 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.062 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.06 Å20 Å20 Å2
2--2.06 Å20 Å2
3----4.12 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.027 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→18.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3424 0 0 264 3688
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0193500
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7821.9324752
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5915432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg22.80121.707164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.06315544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.0161540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2512
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212716
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 133 -
Rwork0.214 2535 -
obs--94.18 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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