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万見
- PDB-4ha7: Structural insights into the reduction mechanism of Saccharomyces... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ha7
タイトルStructural insights into the reduction mechanism of Saccharomyces cerevisia Riboflavin Biosynthesis Reductase Rib7
要素2,5-diamino-6-ribosylamino-4(3H)-pyrimidinone 5'-phosphate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / reductase / NADPH binding
機能・相同性
機能・相同性情報


2,5-diamino-6-(ribosylamino)-4(3H)-pyrimidinone 5'-phosphate reductase / 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase activity / riboflavin biosynthetic process / NADP binding
類似検索 - 分子機能
Riboflavin-specific deaminase, C-terminal / Bacterial bifunctional deaminase-reductase, C-terminal / RibD C-terminal domain / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,5-diamino-6-ribosylamino-4(3H)-pyrimidinone 5'-phosphate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Lv, Z. / Sun, J. / Liu, Y.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Structural and functional insights into Saccharomyces cerevisiae riboflavin biosynthesis reductase RIB7.
著者: Lv, Z. / Sun, J. / Liu, Y.
履歴
登録2012年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2,5-diamino-6-ribosylamino-4(3H)-pyrimidinone 5'-phosphate reductase
B: 2,5-diamino-6-ribosylamino-4(3H)-pyrimidinone 5'-phosphate reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1152
ポリマ－55,1152
非ポリマー00
水2,540141
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2610 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area20990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.500, 68.623, 148.954
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 2,5-diamino-6-ribosylamino-4(3H)-pyrimidinone 5'-phosphate reductase / DAROPP reductase / DARP reductase / 2 / 5-diamino-6-(5-phospho-D-ribosylamino)pyrimidin-4(3H)-one ...DAROPP reductase / DARP reductase / 2 / 5-diamino-6-(5-phospho-D-ribosylamino)pyrimidin-4(3H)-one reductase / 2 / 5-diamino-6-ribitylamino-4(3H)-pyrimidinone 5'-phosphate synthase / DARIPP synthase


分子量: 27557.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: RIB7, YBR153W, YBR1203 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P33312, 2,5-diamino-6-(ribosylamino)-4(3H)-pyrimidinone 5'-phosphate reductase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.69 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.05M Calcium chloride dihydrate, 0.1M BIS-TRIS, 30% v/v Polyethylene glycol monomethyl ether 550 , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月11日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→36.75 Å / Num. all: 27980 / Num. obs: 27560 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 1.4 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→36.749 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2661 1375 4.99 %
Rwork0.1997 --
obs0.203 27560 97.61 %
all-27560 -
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.15 Å2 / ksol: 0.328 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.4455 Å2-0 Å20 Å2
2---6.5063 Å2-0 Å2
3---7.9517 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→36.749 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3373 0 0 141 3514
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083442
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2354673
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4961281
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.094546
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005590
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0953-2.17010.29621240.23142527X-RAY DIFFRACTION96
2.1701-2.2570.27861390.22072580X-RAY DIFFRACTION99
2.257-2.35970.35071380.22632621X-RAY DIFFRACTION99
2.3597-2.48410.28411320.23072607X-RAY DIFFRACTION99
2.4841-2.63970.30651570.21022633X-RAY DIFFRACTION99
2.6397-2.84340.29641350.22492681X-RAY DIFFRACTION100
2.8434-3.12940.27951380.21632630X-RAY DIFFRACTION99
3.1294-3.58190.25161420.19222686X-RAY DIFFRACTION100
3.5819-4.51160.23921210.17812645X-RAY DIFFRACTION96
4.5116-36.7550.25191490.19152575X-RAY DIFFRACTION90
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.751-1.51070.67642.6205-0.82660.8846-0.04870.0597-0.01920.03830.08040.1522-0.0032-0.1225-0.03640.2265-0.03370.01560.36740.05310.27376.19064.06817.9894
21.4224-0.9690.97383.801-2.60662.46880.17490.0142-0.3055-0.0607-0.02840.09540.66190.0253-0.03130.5165-0.0082-0.05280.2156-0.03280.311318.9503-26.327928.3969
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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