PDB-4h8s: Crystal structure of human APPL2BARPH domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4h8s

タイトル

Crystal structure of human APPL2BARPH domain

要素

DCC-interacting protein 13-beta

キーワード

SIGNALING PROTEIN / BAR domain / pleckstrin homology domain / adaptor protein / Rab binding

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of cellular response to insulin stimulus / positive regulation of Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / early phagosome membrane / negative regulation of fatty acid oxidation / positive regulation of macropinocytosis / adiponectin-activated signaling pathway / macropinosome / regulation of fibroblast migration / negative regulation of neural precursor cell proliferation / cold acclimation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Martin, J.L. / King, G.J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Membrane Curvature Protein Exhibits Interdomain Flexibility and Binds a Small GTPase.
著者: King, G.J. / Stockli, J. / Hu, S.H. / Winnen, B. / Duprez, W.G. / Meoli, C.C. / Junutula, J.R. / Jarrott, R.J. / James, D.E. / Whitten, A.E. / Martin, J.L.

履歴

登録	2012年9月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年10月24日	Group: Database references
改定 1.2	2012年12月19日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4h8s.cif.gz	872.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4h8s.ent.gz	747.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4h8s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4h8s_validation.pdf.gz	461.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4h8s_full_validation.pdf.gz	469.2 KB	表示
XML形式データ	4h8s_validation.xml.gz	49.1 KB	表示
CIF形式データ	4h8s_validation.cif.gz	66.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/4h8s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/4h8s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2q13S 2elb 2q12 2z0n 2z0o S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2q13-1 5c5b-1 5c5b-2 1150 7bvq-d 3eo1-1 3eo1-2 3p11-d 5ocl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (5) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DCC-interacting protein 13-beta

B: DCC-interacting protein 13-beta

C: DCC-interacting protein 13-beta

D: DCC-interacting protein 13-beta

184 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DCC-interacting protein 13-beta

B: DCC-interacting protein 13-beta

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
92.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: DCC-interacting protein 13-beta

D: DCC-interacting protein 13-beta

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
92.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.960, 208.013, 218.359
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	DCC-interacting protein 13-beta / APPL2BARPH / Dip13-beta / Adapter protein containing PH domain / PTB domain and leucine zipper motif 2 分子量: 46121.219 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 2-384 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APPL2, DIP13B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NEU8

#1: タンパク質

DCC-interacting protein 13-beta / APPL2BARPH / Dip13-beta / Adapter protein containing PH domain / PTB domain and leucine zipper motif 2

分子量: 46121.219 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 2-384 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APPL2, DIP13B / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NEU8

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 6.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 79.54 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2.9% w/v PEG8000, 40 mM hexamine cobalt(III) chloride, 20% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953698 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月16日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953698 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.5→46.95 Å / Num. obs: 55792 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.7 % / B_iso Wilson estimate: 98 Å² / R_merge(I) obs: 0.175 / Net I/σ(I): 11.3
反射シェル	最高解像度: 3.5 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: dev_1031)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Q13

2q13

解像度: 3.5→46.95 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2559	2806	5.16 %	RANDOM
R_work	0.2092	-	-	-
obs	0.2116	54413	95.38 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 128 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.5→46.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11958	0	0	0	11958

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	12128
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.976	16337
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.84	4623
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	1841
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2130

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.5-3.5603	0.3793	126	0.3012	2246	X-RAY DIFFRACTION	85
3.5603-3.6251	0.3446	111	0.2818	2319	X-RAY DIFFRACTION	86
3.6251-3.6948	0.3347	114	0.2777	2366	X-RAY DIFFRACTION	89
3.6948-3.7701	0.3073	144	0.2635	2447	X-RAY DIFFRACTION	91
3.7701-3.8521	0.2596	110	0.2416	2451	X-RAY DIFFRACTION	92
3.8521-3.9416	0.3191	123	0.2312	2479	X-RAY DIFFRACTION	92
3.9416-4.0402	0.2821	165	0.2216	2510	X-RAY DIFFRACTION	94
4.0402-4.1493	0.2612	148	0.2084	2550	X-RAY DIFFRACTION	96
4.1493-4.2714	0.2718	157	0.2038	2604	X-RAY DIFFRACTION	97
4.2714-4.4091	0.2521	130	0.1908	2596	X-RAY DIFFRACTION	97
4.4091-4.5666	0.2406	164	0.1823	2599	X-RAY DIFFRACTION	98
4.5666-4.7493	0.2345	145	0.1809	2648	X-RAY DIFFRACTION	98
4.7493-4.9652	0.2663	152	0.166	2646	X-RAY DIFFRACTION	98
4.9652-5.2266	0.2304	151	0.1757	2675	X-RAY DIFFRACTION	99
5.2266-5.5536	0.2556	149	0.1969	2651	X-RAY DIFFRACTION	98
5.5536-5.9816	0.2663	136	0.2278	2683	X-RAY DIFFRACTION	98
5.9816-6.5821	0.2604	128	0.2384	2730	X-RAY DIFFRACTION	99
6.5821-7.5312	0.2672	154	0.2214	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
7.5312-9.4757	0.2289	161	0.1818	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
9.4757-46.9537	0.2063	138	0.2094	2916	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6172	0.0227	-0.4626	1.8166	0.7097	0.249	0.3685	-0.0686	-0.025	-0.2674	-0.4609	0.165	-0.1665	-0.0768	0.0758	0.9354	0.1123	-0.1368	0.6244	-0.0634	0.8518	19.7881	-53.5348	-67.9183
2	1.7057	-1.7413	-1.5796	1.969	1.7767	1.3601	0.2249	-0.0547	0.4174	-0.1107	0.2168	-0.5421	-0.1541	-0.1076	-0.4922	0.8922	0.0309	-0.0464	0.7956	-0.0654	0.9338	18.9487	-46.9403	-66.624
3	4.1665	1.4434	0.9639	5.702	2.1584	5.8699	0.2963	0.3094	-0.0533	-0.2275	-0.1016	0.1122	0.3218	-0.3226	-0.173	0.6019	0.0225	-0.0983	0.7047	-0.1244	0.7504	-28.4465	10.873	-38.8714
4	4.0887	-4.6077	-3.2662	8.8945	3.0269	1.5345	0.011	-0.553	0.2671	-0.2422	0.4207	-0.1503	-0.0569	0.2812	-0.4303	0.8219	0.1136	-0.3165	0.7279	-0.2213	0.707	3.2379	-35.9715	-52.518
5	2.4742	-1.9582	-1.2565	1.8375	1.0843	0.5865	-0.2297	-0.1508	0.2439	0.4167	0.234	-0.2845	0.1914	0.1318	-0.004	0.9486	0.0613	-0.117	0.8152	-0.1308	0.8564	3.58	-36.0381	-51.0453
6	4.639	-0.9989	0.1523	2.8346	0.0239	3.2477	-0.1224	1.0433	0.0534	0.0043	0.104	-0.5681	0.4414	0.23	0.1352	1.2603	0.2623	-0.1573	1.0361	-0.1598	0.6941	28.0738	-91.0726	-104.1859
7	1.1784	-0.0849	0.5986	2.5131	-2.7658	3.7944	-0.3232	0.1024	-0.6258	1.4571	0.6369	1.2985	1.2999	-1.1428	0.0347	1.6213	-0.0427	0.2115	1.5051	-0.5134	0.9907	-3.2025	14.8191	24.4122
8	1.1491	-1.4451	-1.3583	2.2003	2.4434	1.6499	0.1915	0.2349	-0.0123	-0.5284	-0.3329	0.1832	-0.4995	-0.5203	0.2481	1.1214	-0.0166	0.06	1.0834	-0.1809	0.7506	6.6483	13.2198	-6.3857
9	1.0989	-0.1923	-1.2222	1.2007	1.0283	2.2883	-0.6957	0.0862	-0.5365	0.6672	-0.1864	0.3602	1.1313	-0.3422	1.0167	0.6962	-0.0335	-0.0578	0.815	0.07	0.5649	16.3845	-5.7771	-14.8504
10	3.4075	0.6864	0.8537	5.9452	0.5225	4.5514	-0.0124	0.1284	0.2457	-0.6693	-0.1999	-0.3559	-0.2704	0.025	0.2213	0.8478	-0.0329	0.1552	0.9338	-0.056	0.6831	49.4806	-11.5631	-71.5797
11	5.4034	2.4396	-3.1483	3.9824	-4.0792	4.3259	0.2039	-0.1008	-0.4316	-0.7268	0.0777	0.8433	0.0444	0.0899	-0.05	0.9739	-0.1949	0.0621	1.0644	-0.0824	0.8638	42.7098	-21.6215	-53.5086
12	2.4012	-1.7812	-1.704	1.0847	1.6465	2.2888	-0.1558	-0.3714	0.0009	0.1319	0.0963	0.0432	-0.3119	0.118	-0.0498	0.7948	-0.0838	0.0372	0.7504	-0.1492	0.6175	30.0963	-5.7009	-22.4597
13	2.3883	-1.1927	-2.275	0.8933	1.3336	3.101	-0.6076	0.0527	-0.2473	0.3271	0.0766	0.2726	0.7536	-0.2638	0.7356	0.727	-0.0373	-0.0258	0.6105	-0.1478	0.7551	18.2248	-2.7937	-15.5771
14	4.0152	0.7012	-1.3293	3.7668	-1.2114	3.4223	0.0508	-0.2307	0.6464	1.3813	-0.1446	0.8315	0.9018	-0.3331	0.022	1.3745	-0.1748	0.223	0.8591	-0.2811	0.9594	-0.4431	43.4565	35.0439

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( chain A and resid -4:81 )	A	-4 - 81
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( chain A and resid 82:264 )	A	82 - 264
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( chain A and resid 265:377 )	A	265 - 377
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( chain B and resid 7:82 )	B	7 - 82
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( chain B and resid 83:265 )	B	83 - 265
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( chain B and resid 266:378 )	B	266 - 378
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( chain C and resid -6:18 )	C	-6 - 18
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( chain C and resid 19:163 )	C	19 - 163
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( chain C and resid 164:264 )	C	164 - 264
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( chain C and resid 265:378 )	C	265 - 378
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( chain D and resid 5:18 )	D	5 - 18
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( chain D and resid 19:153 )	D	19 - 153
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( chain D and resid 154:271 )	D	154 - 271
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( chain D and resid 272:377 )	D	272 - 377

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)