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- PDB-4h8l: Crystal structure of a parallel 6-helix coiled coil CC-Hex-D24-A5/7C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h8l
タイトルCrystal structure of a parallel 6-helix coiled coil CC-Hex-D24-A5/7C
要素CC-Hex-D24-A5/7C
キーワードDE NOVO PROTEIN / CC-Hex / hexameric coiled coil / parallel / N-terminal acetylation / C-terminal amidation
生物種Synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7501 Å
データ登録者Chi, B. / Zaccai, N.R. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc.
タイトル: TBA
著者: Chi, B. / Zaccai, N.R. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.
履歴
登録2012年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CC-Hex-D24-A5/7C
B: CC-Hex-D24-A5/7C
C: CC-Hex-D24-A5/7C
D: CC-Hex-D24-A5/7C
E: CC-Hex-D24-A5/7C
F: CC-Hex-D24-A5/7C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5746
ポリマ－20,5746
非ポリマー00
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8140 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area8560 Å2
手法PISA
2
A: CC-Hex-D24-A5/7C
B: CC-Hex-D24-A5/7C
C: CC-Hex-D24-A5/7C
D: CC-Hex-D24-A5/7C
E: CC-Hex-D24-A5/7C
F: CC-Hex-D24-A5/7C

A: CC-Hex-D24-A5/7C
B: CC-Hex-D24-A5/7C
C: CC-Hex-D24-A5/7C
D: CC-Hex-D24-A5/7C
E: CC-Hex-D24-A5/7C
F: CC-Hex-D24-A5/7C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,14912
ポリマ－41,14912
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area19220 Å2
ΔGint-189 kcal/mol
Surface area14180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.540, 54.330, 98.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11F-110-

HOH

詳細Self-assembling. Disulfides form under redox conditions, Cys 5 - Cys 7' inter-chain linkage

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
CC-Hex-D24-A5/7C


分子量: 3429.061 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: standard F-moc solid phase peptide synthesis / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.89 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30 mM sodium nitrate, 30 mM disodium hydrogen phosphate, 30 mM ammonium sulfate, 100 mM bicine/Trizma base pH 8.5, 12.5 % PEG 1K, 12.5 % PEG 3350, 12.5 % MPD, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→36.4 Å / Num. all: 17439 / Num. obs: 16619

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.7_650) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3R46

3r46


解像度: 1.7501→30.031 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2544 816 5 %
Rwork0.2004 --
obs0.203 16306 91.97 %
all-17110 -
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 80 Å2 / ksol: 0.423 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4062 Å2-0 Å2-0 Å2
2---3.0157 Å20 Å2
3---3.4219 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7501→30.031 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1196 0 0 110 1306
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0151222
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3851618
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.997472
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.101184
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005198
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7501-1.85970.31211030.2731832X-RAY DIFFRACTION67
1.8597-2.00330.26731350.22572431X-RAY DIFFRACTION89
2.0033-2.20480.27841470.18242690X-RAY DIFFRACTION98
2.2048-2.52370.23451480.18122761X-RAY DIFFRACTION99
2.5237-3.17910.25561400.17662825X-RAY DIFFRACTION100
3.1791-30.03580.24531430.21432951X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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