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- PDB-4h8j: Structure of GluA2-LBD in complex with MES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h8j
タイトルStructure of GluA2-LBD in complex with MES
要素Glutamate receptor 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / membrane protein / glycoprotein / transmembrane protein / ligand-binding domain / ion transport / ion channel / ionotropic glutamate receptor / AMPA receptor / MES / synapse / postsynaptic cell membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / ligand-gated monoatomic cation channel activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / immunoglobulin binding ...spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / ligand-gated monoatomic cation channel activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / immunoglobulin binding / AMPA glutamate receptor complex / kainate selective glutamate receptor activity / ionotropic glutamate receptor complex / cellular response to glycine / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / asymmetric synapse / regulation of receptor recycling / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / positive regulation of synaptic transmission / glutamate receptor binding / glutamate-gated receptor activity / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / response to fungicide / cytoskeletal protein binding / presynaptic active zone membrane / ionotropic glutamate receptor binding / dendrite membrane / glutamate-gated calcium ion channel activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / somatodendritic compartment / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / dendrite cytoplasm / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / SNARE binding / dendritic shaft / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / synaptic transmission, glutamatergic / PDZ domain binding / protein tetramerization / synaptic membrane / modulation of chemical synaptic transmission / establishment of protein localization / postsynaptic density membrane / terminal bouton / Schaffer collateral - CA1 synapse / cerebral cortex development / receptor internalization / synaptic vesicle membrane / synaptic vesicle / signaling receptor activity / presynapse / amyloid-beta binding / presynaptic membrane / growth cone / scaffold protein binding / chemical synaptic transmission / perikaryon / postsynaptic membrane / dendritic spine / postsynaptic density / neuron projection / axon / neuronal cell body / dendrite / synapse / protein-containing complex binding / protein kinase binding / glutamatergic synapse / cell surface / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region ...Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like II / Periplasmic binding protein-like I / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamate receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Reiter, A. / Skerra, A. / Trauner, D. / Schiefner, A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural basis of an artificial photoreceptor
著者: Reiter, A. / Volgraf, M. / Isacoff, E.Y. / Sumser, M. / Skerra, A. / Trauner, D. / Schiefner, A.
履歴
登録2012年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月26日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate receptor 2
B: Glutamate receptor 2
C: Glutamate receptor 2
D: Glutamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,45723
ポリマ－121,6044
非ポリマー1,85419
水19,6181089
1
A: Glutamate receptor 2
B: Glutamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,76012
ポリマ－60,8022
非ポリマー95810
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3770 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area25130 Å2
手法PISA
2
C: Glutamate receptor 2
D: Glutamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,69811
ポリマ－60,8022
非ポリマー8969
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3610 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area25120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.987, 92.020, 196.505
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Glutamate receptor 2 / GluR-2 / AMPA-selective glutamate receptor 2 / GluR-B / GluR-K2 / Glutamate receptor ionotropic / ...GluR-2 / AMPA-selective glutamate receptor 2 / GluR-B / GluR-K2 / Glutamate receptor ionotropic / AMPA 2 / GluA2


分子量: 30400.891 Da / 分子数: 4 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Glur2, Gria2 / プラスミド: pETGQ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P19491
#2: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1089 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細PROTEIN COMPRISES RESIDUES 413-527 AND RESIDUES 653-797 OF UNP P19491 SEPARATED BY A GT LINKER.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 23-27% w/v PEG3350, 0.2 M lithium sulfate, MES sodium, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月28日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 104956 / Num. obs: 104825 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 21.131 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 15.23
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.8-1.90.5213.89126729154871100
1.9-20.3575.78102665126361100
2-2.50.18510.73302159370341100
2.5-30.09918.61134554165181100
3-40.05330.5610409513223199.9
4-50.03837.04364304790199.9
5-60.04432.751632621441100
6-80.04333.761309817471100
8-100.03240.34506631199.7
10-200.03136.934150615185.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MAR345データ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3BFU

3bfu


解像度: 1.8→19.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / WRfactor Rfree: 0.1995 / WRfactor Rwork: 0.1564 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8519 / SU B: 4.858 / SU ML: 0.081 / SU R Cruickshank DPI: 0.1226 / SU Rfree: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2213 5237 5 %RANDOM
Rwork0.1732 ---
obs0.1755 104824 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 59.61 Å2 / Biso mean: 16.213 Å2 / Biso min: 3.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.47 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8106 0 104 1089 9299
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0228345
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7331.98511222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.92651037
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.42524.321324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.276151575
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2231540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.21229
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0216004
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8491.55127
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4832.58235
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0953.53218
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.001102986
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 354 -
Rwork0.212 7227 -
all-7581 -
obs--99.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9279-0.5964-0.11652.21260.6541.71920.01250.11520.2583-0.103-0.08010.1129-0.1447-0.18110.06760.04760.0234-0.01040.05990.01730.06433.237112.7429-49.122
22.58960.0412-0.86292.72180.25161.5427-0.0754-0.0619-0.12680.0209-0.01790.04140.0728-0.01780.09330.04410.01440.00870.089300.0324-2.342-2.9519-27.7297
32.6574-0.0732-1.22751.5590.40582.16570.0448-0.12810.1460.06560.0563-0.1049-0.07020.075-0.1010.02880.0006-0.01590.0140.00410.061513.805511.3264-41.7012
41.013-0.60950.00012.2938-0.33981.1611-0.00470.1058-0.1455-0.0636-0.0431-0.07540.070.09980.04780.03320.0160.0020.0563-0.0160.044427.5779-11.9577-49.9828
52.4789-0.08550.65413.02090.01411.5402-0.0553-0.04680.1502-0.02480.02640.0093-0.06530.03830.02890.0550.0252-0.00810.1002-0.02750.023632.91980.9195-27.0131
62.41670.33370.67581.6915-0.43322.98680.0296-0.1119-0.15090.02420.00560.08790.1516-0.0653-0.03520.02730.00350.00390.0201-0.01480.062116.8041-11.3387-43.5934
71.6977-1.02470.33363.332-0.85031.70770.07380.17-0.258-0.2136-0.1265-0.10890.19280.20390.05270.06760.03560.00710.0737-0.02860.068530.003-12.3697-0.5109
82.89110.13241.05842.5543-0.03841.3346-0.0879-0.09350.12370.0422-0.0161-0.0038-0.095-0.02050.1040.05460.0242-0.00810.0757-0.00550.01935.58792.509821.4736
93.24760.14011.41481.9018-0.85922.62780.0666-0.1403-0.1915-0.01780.04970.20110.1353-0.0766-0.11630.03470.00610.00170.0248-0.01050.087619.4133-11.29836.9881
101.2908-0.71250.00442.29180.42871.2429-0.01740.0950.1267-0.0463-0.04220.1206-0.0797-0.12480.05970.03720.0049-0.01030.05350.01020.0355.767212.3955-0.363
112.8846-0.2129-0.59852.96860.15731.356-0.0488-0.0684-0.1893-0.02970.00750.00990.0209-0.00340.04130.05890.020.00280.09550.02460.01740.4605-1.365122.1135
122.80320.1132-0.74432.15210.31792.8793-0.0024-0.0610.1620.05140.0265-0.0684-0.14830.0623-0.02410.02020.0007-0.00860.00970.00950.047316.546111.58935.6602
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 108
2X-RAY DIFFRACTION2A109 - 217
3X-RAY DIFFRACTION3A218 - 264
4X-RAY DIFFRACTION4B4 - 109
5X-RAY DIFFRACTION5B110 - 216
6X-RAY DIFFRACTION6B217 - 262
7X-RAY DIFFRACTION7C4 - 108
8X-RAY DIFFRACTION8C109 - 217
9X-RAY DIFFRACTION9C218 - 264
10X-RAY DIFFRACTION10D4 - 109
11X-RAY DIFFRACTION11D110 - 217
12X-RAY DIFFRACTION12D218 - 261

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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